--- title: "Peptit ve DNA Dizisinden Yapıya: SMILES, Formül ve Kütle | MolDraw Blog" url: https://www.moldraw.com/tr/blog/peptide-dna-sequence-to-structure-guide.html description: "Peptit bağları ve DNA ile RNA'nın fosfodiester omurgası bir diziyi nasıl yapıya dönüştürür; çözümlü formüller, kesin kütleler, pI, GC içeriği ve Tm ile ücretsiz bir araç." lang: tr publisher: Scidart Academy generated: 2026-10-26 --- # Diziden Yapıya: Peptit ve DNA için SMILES, Formül ve Kütle, Ücretsiz Bir Araçla Yayın: 19 Eki 2026 · Yazar: Scidart Academy · Okuma süresi: ~8 dk ![Peptit bağları ve molekül formülüyle Tyr-Gly-Gly-Phe tetrapeptidinin iskelet yapısı](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/peptide-dna-sequence-to-structure-guide.webp) Enkefalinlerin ilk dört kalıntısı olan Tyr-Gly-Gly-Phe, dizisinden oluşturulmuş. **Kısa yanıt:** Bir peptit yapısı, N-ucundan C-ucuna yazılan, peptit bağlarıyla birleşmiş amino asitlerinden oluşur. Bir DNA veya RNA yapısı, 5′'ten 3′'e yazılan, 3′-5′ fosfodiester bağlarıyla birleşmiş nükleotitlerinden oluşur. Tam izomerik SMILES'ı, bir çizimi, formülü ve kütleleri almak için bir diziyi [peptit ve DNA diziden yapıya](https://www.moldraw.com/tr/tools/free-chem-tools/peptide-dna-sequence-to-structure.html) aracına yapıştırın. GGG C6H11N3O4 (189,0750 Da), 5′-ATGC-3′ ise C39H50N15O22P3'tür (1173,82 g/mol). ## Her biri tek satırda temel terimler | Peptit bağı | Bir amino asidin karboksil karbonu ile bir sonrakinin amino azotu arasındaki amit C(=O)–NH bağlantısı. | | --- | --- | | Kalıntı | Bir zincir içindeki amino asit: serbest amino asit eksi bir H2O. | | N-ucu, C-ucu | Serbest amino ucu ve serbest karboksil ucu. Diziler N'den C'ye yazılır. | | Nükleotit | Bir şekerin 1′ karbonu üzerinde bir baz ve bir fosfat. DNA 2-deoksiriboz, RNA riboz kullanır. | | Fosfodiester bağı | Bir şekerin 3′-oksijeninden bir sonrakinin 5′-oksijenine uzanan O–P–O bağlantısı. | | Monoizotopik kütle | Her elementin en bol izotopu kullanılarak hesaplanan kütle. Yüksek çözünürlüklü MS'teki ilk pikle eşleşir. | | Ortalama kütle | Doğal izotop bolluklarıyla hesaplanan kütle. Tartım ve molarite için kullanın. | ## Peptit dizisinden yapıya Her peptit bağı bir su açığa çıkarır. Bu yüzden doğrusal bir peptidin formülü, kalıntı formüllerinin toplamı artı iki serbest uç için bir H2O'dur. **Çözümlü sayım, GGG:** glisin C2H5NO2'dir. Üç glisin C6H15N3O6 verir. İki peptit bağı 2 H2O uzaklaştırır. Sonuç: **C6H11N3O4**, monoizotopik 189,0750 Da. Sıra önemlidir. Asp-Phe (DF) dizisinde serbest NH2 aspartik asit üzerindeyken Phe-Asp (FD) dizisinde fenilalanin üzerindedir. Aynı formüle sahip farklı moleküllerdir. Her alfa karbonu L'dir. CIP kurallarına göre bu, kükürt karboksil grubundan öncelikli olduğu için R olan sistein dışındaki tüm standart kalıntılar için S demektir. Glisinin stereomerkezi yoktur. İzolösin (2S,3S), treonin (2S,3R) yapılandırmasındadır. Uç gruplar formülü değiştirir: - **N-uç asetil:** + C2H2O, +42,0106 Da. - **C-uç amit:** −OH, −NH2 olur, −0,9840 Da. - **Baş-kuyruk halkalı:** bir peptit bağı daha, −H2O, −18,0106 Da. - **Disülfit bağı:** her S–S bağı için −2 H, −2,0157 Da. ## pI, yük ve sönüm katsayısı Bir peptidin net yükü, tüm iyonlaşabilen grupların toplamıdır. Bazik bir grup +1 / (1 + 10pH − pKa) ekler. Asidik bir grup −1 / (1 + 10pKa − pH) ekler. **İzoelektrik nokta (pI)**, net yükün sıfır olduğu pH'tır. Araç EMBOSS pKa setini kullanır: N-ucu 8,6, C-ucu 3,6, Asp 3,9, Glu 4,1, His 6,5, Cys 8,5, Tyr 10,1, Lys 10,8, Arg 12,5. GGG'de yalnızca iki uç grup bulunduğundan pI = (3,6 + 8,6) / 2 = 6,10'dur. 280 nm'deki molar sönüm katsayısı Trp, Tyr ve sistinlerden gelir: ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(sistin) M−1 cm−1 (Pace ve ark., 1995). Trp, Tyr veya Cys içermeyen bir peptit 280 nm'de absorbans vermez. ## DNA veya RNA dizisinden yapıya Her nükleotidin şekerin 1′ karbonunda bir bazı vardır: adenin ve guanin N9 üzerinden, sitozin, timin ve urasil N1 üzerinden bağlanır. Tüm şekerler β-D'dir. Bir fosfat, bir nükleotidin 3′-oksijenini bir sonrakinin 5′-oksijenine bağlar; bu yüzden her zincirin bir 5′ ucu ve bir 3′ ucu vardır. **Çözümlü sayım, 5′-ATGC-3′:** dört deoksinükleozit dA C10H13N5O3, dT C10H14N2O5, dG C10H13N5O4 ve dC C9H13N3O4'tür; toplamı C39H53N15O16'dır. 3 fosfodiester bağının her biri H3PO4 ekler ve 2 H2O uzaklaştırır; net olarak PO2 eksi bir H. Sonuç: **C39H50N15O22P3**, 1173,82 g/mol. Bir 5′-fosfat HPO3 ekler (+79,9663 Da). RNA'da her ribozda bir 2′-OH, yani nükleotit başına bir oksijen fazlası, ve T yerine U bulunur. - **GC içeriği:** (G + C) / N × %100. - **Tamamlayıcı:** A, T ile (RNA'da U), G, C ile eşleşir; 3′'ten 5′'e okunur. - **Ters tamamlayıcı:** 5′'ten 3′'e yazılan tamamlayıcı. - **Tm, Wallace kuralı (14 nt'nin altı):** 2 × (A + T) + 4 × (G + C) °C. - **Tm, temel GC formülü (14 nt veya daha fazla):** 64,9 + 41 × (G + C − 16,4) / N °C. ## MolDraw diziden yapıya aracı nasıl kullanılır? 1. [Peptit ve DNA diziden yapıya](https://www.moldraw.com/tr/tools/free-chem-tools/peptide-dna-sequence-to-structure.html) sayfasını açın ve **Peptit** veya **DNA veya RNA** seçeneğini seçin. 2. Diziyi yazın veya yapıştırın. Boşluklar, sayılar, tireler ve FASTA başlık satırları yok sayılır. **Girdi biçimi** tek veya üç harfli kodu kendiliğinden algılar. 3. Peptitler için gerektiği gibi **N-uç asetil (Ac-)**, **C-uç amit (-NH₂)**, **Baş-kuyruk halkalı** veya **Disülfit bağları (Cys 1–2, 3–4…)** seçeneklerini işaretleyin. DNA veya RNA için 5′ ucu fosforillenmişse **5′-fosfat** seçeneğini işaretleyin. 4. **Yapıyı oluştur** düğmesine basın. Sonuçlar siz yazarken güncellenir. 5. **SMILES’ı kopyala**, **MOL indir**, **SDF indir** veya **MolDraw editöründe aç** seçeneklerini kullanın. 30'a kadar kalıntı veya nükleotit çizilir. 2000'e kadar daha uzun diziler de formülü, kütleleri ve SMILES'ı verir. ## Çözümlü örnekler ### Örnek 1: kütle spektrometrisi için anjiyotensin II DRVYIHPF, C50H71N13O12 verir. Monoizotopik kütle 1045,5345 Da, [M+H]+ 1046,5418, [M+2H]2+ 523,7745. pI 7,54, pH 7'de yük +0,22. Bir Tyr, ε280 = 1490 M−1 cm−1 verir. ### Örnek 2: disülfit bağı ve amitle oksitosin CYIQNPCLG yazın ve **C-uç amit** ile **Disülfit bağları** seçeneklerini işaretleyin. Cys1 ve Cys6 birleşerek 20 üyeli bir halka kapatır. Sonuç: C43H66N12O12S2, 1007,19 g/mol, monoizotopik 1006,4365 Da. ### Örnek 3: M13 ileri dizileme primeri 5′-GTAAAACGACGGCCAGT-3′, 9'u G veya C olan 17 nt içerir; bu yüzden GC = %52,9'dur. 14 nt veya daha fazlası için temel GC formülü geçerlidir: Tm = 64,9 + 41 × (9 − 16,4) / 17 = **47,1 °C**. Ters tamamlayıcı 5′-ACTGGCCGTCGTTTTAC-3′'tür. ### Örnek 4: EcoRI kesim yeri 5′-GAATTC-3′, kesim yerlerinin genellikle olduğu gibi kendi ters tamamlayıcısıdır. GC = %33,3, Wallace Tm = 2 × 4 + 4 × 2 = 16 °C. Serbest uçlu tek bir zincir olarak C59H75N22O34P5, 1791,22 g/mol'dür. ## Özet tablo | GGG | C6H11N3O4, 189,0750 Da, pI 6,10 | | --- | --- | | Asp-Phe (DF) | C13H16N2O5, 280,1059 Da, pI 3,75 | | Anjiyotensin II | C50H71N13O12, 1045,5345 Da, pI 7,54 | | Oksitosin | C43H66N12O12S2, 1007,19 g/mol | | DNA ATGC | C39H50N15O22P3, 1173,82 g/mol, GC %50, Tm 12 °C | | M13 ileri primeri | 17 nt, GC %52,9, Tm 47,1 °C | ## Sık yapılan hatalar - **Bir peptidi yanlış uçtan yazmak.** YGGFL, Leu-enkefalindir. LFGGY farklı bir peptittir. - **Her kalıntı için bir su eklemek.** Doğrusal bir zincir kalıntı başına değil, toplamda bir H2O alır. Halkalı bir peptit hiç almaz. - **MS pikleri için ortalama kütle kullanmak.** Yüksek çözünürlüklü pikler monoizotopik kütleyle eşleşir. - **Disülfitleri unutmak.** Her S–S bağı −2,016 Da'dır. - **T ve U'yu karıştırmak.** T DNA'da, U RNA'da bulunur. - **Bir primeri düz tamamlayıcı olarak sipariş etmek.** Oligolar 5′'ten 3′'e sentezlenir; bu yüzden genellikle ters tamamlayıcıya ihtiyacınız vardır. - **Uzun primerler için Wallace kuralını kullanmak.** Yaklaşık 14 nt'nin üzerinde Tm'yi olduğundan yüksek tahmin eder. ## Sorular ve yanıtlar ### Bir peptit dizisini kimyasal yapıya nasıl dönüştürürüm? Amino asitleri N-ucundan C-ucuna peptit bağlarıyla birleştirin; her bağda bir su kaybedilir. MolDraw aracı bunu sizin için yapar: DRVYIHPF veya Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe yazın; izomerik SMILES'ı, bir çizimi, formülü ve kütleleri döndürür. ### GGG'nin molekül formülü ve kütlesi nedir? Triglisin (GGG) C6H11N3O4'tür. Monoizotopik kütlesi 189,0750 Da, ortalama molar kütlesi 189,17 g/mol'dür. ### Anjiyotensin II'nin kesin kütlesi nedir? Anjiyotensin II, DRVYIHPF, C50H71N13O12'dir. Monoizotopik kütle 1045,5345 Da, [M+H]+ iyonu m/z 1046,5418'de ve ortalama kütle 1046,18 g/mol'dür. ### Bir DNA dizisi neden 5'ten 3'e yazılır? Her nükleotit, bir şekerin 3'-oksijeninden bir sonrakinin 5'-karbon tarafına bir fosfat üzerinden bağlanır. Bu nedenle zincirin bir 5' ucu ve bir 3' ucu vardır ve geleneksel olarak 5' ucundan başlanarak yazılır. ### Bir primerin Tm değeri nasıl hesaplanır? 14'ten az nükleotit için Wallace kuralını kullanın: °C cinsinden Tm = 2(A+T) + 4(G+C). 14 veya daha fazlası için Tm = 64,9 + 41(G+C − 16,4)/N kullanın. M13 ileri primeri GTAAAACGACGGCCAGT (17 nt, 9 G veya C) 47,1 °C verir. ### Bir DNA dizisinin ters tamamlayıcısı nedir? Her bazı eşiyle değiştirin (A ile T, G ile C), ardından sonucun 5'ten 3'e okunması için sırayı ters çevirin. 5'-ATGC-3' dizisinin ters tamamlayıcısı 5'-GCAT-3''tür. EcoRI kesim yeri olan GAATTC kendi ters tamamlayıcısıdır. ### Peptit pI'sı için hangi pKa değerleri kullanılır? EMBOSS seti: N-ucu 8,6, C-ucu 3,6, Asp 3,9, Glu 4,1, His 6,5, Cys 8,5, Tyr 10,1, Lys 10,8 ve Arg 12,5. Diğer pKa setleri birkaç onda bir birim farklı pI değerleri verir. ### Bir disülfit bağı peptidin kütlesini değiştirir mi? Evet. Her S–S bağı iki hidrojen atomunu uzaklaştırır; bu yüzden monoizotopik kütle 2,0157 Da azalır. Bir disülfit bağı ve C-uç amidiyle oksitosin C43H66N12O12S2, 1007,19 g/mol'dür. ## İlgili araçlar [Peptit ve DNA diziden yapıya](https://www.moldraw.com/tr/tools/free-chem-tools/peptide-dna-sequence-to-structure.html) [Molekül benzerliği ve alt yapı araması](https://www.moldraw.com/tr/tools/free-chem-tools/molecular-similarity-substructure-search.html) [Protein molekül ağırlığı hesaplayıcı](https://www.moldraw.com/tr/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html) [Kesin kütle hesaplayıcı](https://www.moldraw.com/tr/tools/free-chem-tools/exact-mass-calculator.html) [SMILES’tan SDF’ye dönüştürücü](https://www.moldraw.com/tr/tools/free-chem-tools/smiles-to-sdf-converter.html) [Beer–Lambert yasası hesaplayıcı](https://www.moldraw.com/tr/tools/free-chem-tools/beer-lambert-law-calculator.html) [Protein görüntüleyici](https://www.moldraw.com/tr/tools/protein-viewer/) ## İlgili rehberler [Tanimoto benzerliği ve SMARTS rehberi](https://www.moldraw.com/tr/blog/tanimoto-similarity-substructure-search-guide.html) [Protein yapısı görüntüleyici rehberi](https://www.moldraw.com/tr/blog/protein-structure-viewer-guide.html) [Protein görüntüleyici eklentisi](https://www.moldraw.com/tr/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html) [Kütle spektrumu görüntüleyici rehberi](https://www.moldraw.com/tr/blog/mass-spectrum-viewer-guide.html) [pKa ve mikrotür eklentisi](https://www.moldraw.com/tr/blog/pka-plugin-protonation-states-microspecies.html) [Tüm ücretsiz MolDraw kimya araçları](https://www.moldraw.com/tr/blog/moldraw-all-free-chemistry-tools-guide.html) Son güncelleme: 19 Ekim 2026