---
title: "Просмотр белковых структур PDB в 3D в браузере: плагин Protein viewer | Блог MolDraw"
url: https://www.moldraw.com/ru/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html
description: "Загружайте любую запись PDB по четырёхсимвольному ID, показывайте её лентами или поверхностью, задавайте стиль остатков по последовательности и экспортируйте изображения. Практическое руководство по бесплатному плагину Protein viewer в MolDraw."
lang: ru
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
---
# Просмотр структур белков из PDB в 3D с помощью Protein viewer в MolDraw

Опубликовано: 15 октября 2026 г. · Автор: Scidart Academy · Время чтения: ~5 мин

![Ленточная модель белка с α-спиралью и стрелкой β-тяжа над полосой аминокислотной последовательности с выделенным участком остатков](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/protein-viewer-plugin.webp)

Protein viewer показывает структуры PDB в виде лент и позволяет выбирать остатки по последовательности.

**Коротко:** откройте вкладку **Protein** рядом со Structure, введите четырёхсимвольный PDB ID, например 1HHO, и нажмите **Go**. Структура загрузится в виде лент, окрашенных по цепям. Меняйте вид через **Display** и **Surface**, выбирайте остатки в полосе последовательности, чтобы задать им стиль, и сохраняйте изображение или файл через **Export**. Просмотрщик включён по умолчанию и не требует учётной записи.

## Зачем смотреть на белок в 3D?

Функция белка зависит от его формы. Аминокислотная последовательность сворачивается в спирали и слои, а они упаковываются в трёхмерную структуру с бороздками и карманами. Низкомолекулярное лекарство обычно действует, встраиваясь в один из таких карманов. Ничего этого не видно в последовательности или на 2D-рисунке.

[Protein Data Bank](https://www.rcsb.org/) (PDB) — общедоступный архив экспериментально определённых структур белков, ДНК и РНК. У каждой записи есть четырёхсимвольный ID, например 1HHO для гемоглобина. Protein viewer в MolDraw загружает эти записи рядом с вашим рисунком, так что можно перейти от лиганда к его мишени, не открывая другую программу.

Разные виды отвечают на разные вопросы. **Ленты** повторяют ход основной цепи и показывают вторичную структуру: спирали — спиралями, β-тяжи — стрелками. **Стержни** показывают отдельные атомы — они нужны для боковых цепей и контактов связывания. **Поверхность** показывает внешнюю форму молекулы, на которой хорошо видны карманы и бороздки.

## Что умеет просмотрщик

![Protein viewer в MolDraw: гемоглобин PDB 1HHO в виде зелёных и синих лент-цепей, элементы управления Open, ID, Go, Display, Surface и Export и полоса аминокислотной последовательности внизу](https://www.moldraw.com/docs/img/plugin-proteins-annotated-screenshot.webp)

Гемоглобин (PDB 1HHO) в виде лент, каждая цепь своим цветом. Под просмотрщиком — полоса последовательности.

| Загрузка | Введите PDB ID и нажмите **Go**, чтобы загрузить его из RCSB, нажмите **Open** для локального файла PDB или перетащите файл на просмотрщик. |
| --- | --- |
| Отображение | Cartoon, Ribbon, Stick, Ball & stick, Sphere, Line или Cross. Окраска по Chain, Amino acid, Shapely, Secondary structure, Hydrophobicity, B-factor или Spectrum либо свой цвет. Настройка прозрачности. |
| Поверхность | Показывайте или скрывайте поверхность, выбирайте SAS, SES, VDW или MS и задавайте её прозрачность. |
| Полоса последовательности | Однобуквенная последовательность каждой цепи. Выбирайте остатки, чтобы задать им собственный стиль. |
| Экспорт | GLB, PNG, JPG, PDB, SDF, XYZ, X3D и OBJ, с вариантом Hi-res. |

## Как получить Protein viewer

Нужен быстрый просмотр без открытия редактора? [Самостоятельный просмотрщик структур белков задаёт стиль, цвет и видимость каждой цепи отдельно](https://www.moldraw.com/ru/blog/protein-structure-viewer-guide.html).

Ничего устанавливать не нужно. Protein viewer включён по умолчанию и работает без учётной записи. Если вы отключили его ранее:

1. Откройте [редактор MolDraw](https://www.moldraw.com/ru/).
2. Нажмите **Settings** (шестерёнка), затем **Plugins**.
3. Нажмите **Install** рядом с Proteins. Рядом со Structure появится вкладка **Protein**.

## Как загрузить белок и задать ему стиль

1. Нажмите вкладку **Protein**. Сначала загружается небольшая структура-пример — крамбин (1CRN).
2. Введите PDB ID в поле **ID**, например `1HHO`, и нажмите **Go** или Enter.
3. Откройте **Display**. Оставьте Cartoon и выберите **Secondary structure**, чтобы окрасить спирали и тяжи по-разному, или **Chain**, чтобы различать субъединицы.
4. Откройте **Surface**, нажмите **Show** и уменьшите непрозрачность, чтобы ленты оставались видны под поверхностью.
5. В полосе последовательности щёлкните один остаток, протяните по диапазону или используйте Ctrl/Cmd+щелчок, чтобы добавить или убрать остаток. В открывшейся панели стиля задайте **Style** = Stick и выберите цвет.
6. Откройте **Export**, отметьте **Hi-res**, если нужно большое изображение, и выберите PNG.

## Как использовать на занятиях и в исследованиях

- **Изучение структуры белка:** загрузите 1HHO, окрасьте по вторичной структуре и покажите спирали. Затем окрасьте по цепям, чтобы показать, что у гемоглобина четыре субъединицы.
- **Гидрофобное ядро:** окрасьте по Hydrophobicity, чтобы показать, что неполярные остатки обычно находятся внутри укладки.
- **Мишени лекарств:** загрузите 6LU7 — главную протеазу SARS-CoV-2, добавьте поверхность и обсудите, где может связываться ингибитор.
- **Рисунки:** оформите несколько ключевых остатков стержнями на фоне лент и экспортируйте изображение высокого разрешения для слайда или отчёта.
- **Дальше:** рассчитайте массу цепи [калькулятором молекулярной массы белков](https://www.moldraw.com/ru/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html) или подготовьте рецептор к докингу с помощью [PDB в PDBQT](https://www.moldraw.com/ru/tools/free-chem-tools/pdb-to-pdbqt-converter.html).

## Советы и ограничения

- Хорошие ID для начала: 1HHO (гемоглобин), 1BNA (B-ДНК), 6LU7 (главная протеаза SARS-CoV-2) и 1GFL (зелёный флуоресцентный белок).
- Каждое выделение, которому вы задали стиль, становится отдельной областью, поэтому можно окрасить несколько участков по-разному. Для отмены используйте **Remove style** или **Clear selection** в панели стиля.
- Окраска по B-фактору показывает, насколько варьируют положения атомов в модели. Высокие значения часто отмечают гибкие петли.
- Чтобы открыть сохранённую ранее структуру, перетащите файл .pdb с компьютера на просмотрщик.

Загрузка по ID требует подключения к интернету, потому что файл приходит из RCSB. Просмотрщику нужен WebGL; если браузер его не поддерживает, появится сообщение. В полосе последовательности перечислены только аминокислотные остатки, поэтому лиганды, вода и нуклеиновые кислоты там не отображаются. Запись PDB — экспериментальная модель, и её качество зависит от метода и разрешения, которые можно проверить на странице записи в RCSB.

Хотите посмотреть в 3D малую молекулу? См. [как просматривать молекулы в 3D](https://www.moldraw.com/docs/analyze/how-to-view-molecules-in-3d/).

## Вопросы и ответы

### Нужна ли учётная запись для просмотра белков?

Нет. Protein viewer установлен по умолчанию и работает без входа.

### Откуда берутся структуры?

Когда вы вводите PDB ID и нажимаете Go, плагин скачивает запись из RCSB Protein Data Bank. Можно также открыть файл PDB со своего компьютера.

### Как выделить активный центр или несколько остатков?

Выберите остатки в полосе последовательности под просмотрщиком. Откроется небольшая панель стиля, где их можно переключить на стержни, изменить цвет или добавить поверхность.

### Какие форматы экспорта доступны?

В меню Export есть GLB, PNG, JPG, PDB, SDF, XYZ, X3D и OBJ. Отметьте Hi-res для изображения большего размера.

## Другие плагины MolDraw

[Документация Protein viewer](https://www.moldraw.com/docs/plugins/protein-viewer-plugin-view-pdb-structures-in-3d/) [Поиск биоактивности в ChEMBL](https://www.moldraw.com/ru/blog/chembl-plugin-bioactivity-lookup.html) [pKa и микроформы](https://www.moldraw.com/ru/blog/pka-plugin-protonation-states-microspecies.html) [Симметрия и точечные группы](https://www.moldraw.com/ru/blog/symmetry-plugin-point-groups-3d.html) [Все плагины](https://www.moldraw.com/docs/plugins/moldraw-plugins-overview-and-how-to-install/)

Последнее обновление: 15 октября 2026 г.