---
title: "Struktury białek z PDB w 3D w przeglądarce: wtyczka Protein viewer | Blog MolDraw"
url: https://www.moldraw.com/pl/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html
description: "Wczytaj dowolny wpis PDB po czteroznakowym identyfikatorze, pokaż go jako model wstążkowy lub powierzchnię, nadaj styl resztom z sekwencji i eksportuj obrazy. Praktyczny przewodnik po darmowej przeglądarce Protein viewer w MolDraw."
lang: pl
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
---
# Przeglądaj struktury białek z PDB w 3D za pomocą Protein viewer w MolDraw

Opublikowano: 15 paź 2026 · Autor: Scidart Academy · Czas czytania: ~5 min

![Model wstążkowy białka ze wstęgą helisy alfa i strzałką nici beta nad paskiem sekwencji aminokwasów z wyróżnionym fragmentem reszt](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/protein-viewer-plugin.webp)

Protein viewer pokazuje struktury PDB jako modele wstążkowe i pozwala zaznaczać reszty z sekwencji.

**Krótka odpowiedź:** otwórz kartę **Protein** obok karty Structure, wpisz czteroznakowy identyfikator PDB, np. 1HHO, i naciśnij **Go**. Struktura wczyta się jako model wstążkowy pokolorowany według łańcuchów. Użyj **Display** i **Surface**, aby zmienić widok, zaznacz reszty na pasku sekwencji, aby nadać im styl, i użyj **Export**, aby zapisać obraz lub plik. Przeglądarka jest domyślnie włączona i nie wymaga konta.

## Po co oglądać białko w 3D?

Funkcja białka zależy od jego kształtu. Sekwencja aminokwasów zwija się w helisy i harmonijki, które upakowują się w trójwymiarową strukturę z rowkami i kieszeniami. Lek małocząsteczkowy działa zwykle, dopasowując się do jednej z tych kieszeni. Niczego z tego nie widać w sekwencji ani na rysunku 2D.

[Protein Data Bank](https://www.rcsb.org/) (PDB) to publiczne archiwum eksperymentalnie wyznaczonych struktur białek, DNA i RNA. Każdy wpis ma czteroznakowy identyfikator, np. 1HHO dla hemoglobiny. Protein viewer w MolDraw wczytuje te wpisy obok Twojego rysunku, więc możesz przejść od ligandu do jego celu bez otwierania innego programu.

Różne widoki odpowiadają na różne pytania. Model **wstążkowy** śledzi szkielet i pokazuje strukturę drugorzędową: helisy jako spirale i nici β jako strzałki. **Pręciki** pokazują poszczególne atomy, potrzebne dla łańcuchów bocznych i kontaktów wiązania. **Powierzchnia** pokazuje zewnętrzny kształt cząsteczki, dzięki czemu kieszenie i rowki są dobrze widoczne.

## Co oferuje przeglądarka

![Protein viewer w MolDraw z hemoglobiną PDB 1HHO jako zielonymi i niebieskimi łańcuchami w modelu wstążkowym, z elementami sterującymi Open, ID, Go, Display, Surface i Export oraz paskiem sekwencji aminokwasów poniżej](https://www.moldraw.com/docs/img/plugin-proteins-annotated-screenshot.webp)

Hemoglobina (PDB 1HHO) jako model wstążkowy, każdy łańcuch w innym kolorze. Pasek sekwencji znajduje się pod przeglądarką.

| Wczytywanie | Wpisz identyfikator PDB i naciśnij **Go**, aby pobrać go z RCSB, naciśnij **Open**, aby otworzyć lokalny plik PDB, lub upuść plik na przeglądarkę. |
| --- | --- |
| Widok | Style Cartoon, Ribbon, Stick, Ball & stick, Sphere, Line lub Cross. Kolorowanie według Chain, Amino acid, Shapely, Secondary structure, Hydrophobicity, B-factor lub Spectrum albo własny kolor. Ustawianie krycia. |
| Powierzchnia | Pokazywanie lub ukrywanie powierzchni, wybór typu SAS, SES, VDW lub MS i ustawianie jej krycia. |
| Pasek sekwencji | Sekwencja w kodzie jednoliterowym dla każdego łańcucha. Zaznacz reszty, aby nadać im własny styl. |
| Eksport | GLB, PNG, JPG, PDB, SDF, XYZ, X3D i OBJ, z opcją Hi-res. |

## Jak uzyskać Protein viewer

Potrzebujesz szybkiego podglądu bez otwierania edytora? [Samodzielna przeglądarka struktur białek pozwala osobno nadawać styl, kolorować i ukrywać każdy łańcuch](https://www.moldraw.com/pl/blog/protein-structure-viewer-guide.html).

Nie musisz niczego instalować. Protein viewer jest domyślnie włączony i działa bez konta. Jeśli wcześniej go wyłączyłeś:

1. Otwórz [edytor MolDraw](https://www.moldraw.com/pl/).
2. Kliknij **Settings** (koło zębate), a potem **Plugins**.
3. Kliknij **Install** obok Proteins. Obok karty Structure pojawi się karta **Protein**.

## Jak wczytać białko i nadać mu styl

1. Kliknij kartę **Protein**. Najpierw wczytuje się mała przykładowa struktura, krambina (1CRN).
2. Wpisz identyfikator PDB w polu **ID**, np. `1HHO`, i naciśnij **Go** lub Enter.
3. Otwórz **Display**. Pozostaw Cartoon i wybierz **Secondary structure**, aby pokolorować helisy i nici inaczej, albo wybierz **Chain**, aby odróżnić podjednostki.
4. Otwórz **Surface**, naciśnij **Show** i zmniejsz krycie, aby model wstążkowy był widoczny pod spodem.
5. Na pasku sekwencji kliknij jedną resztę, przeciągnij przez zakres lub użyj Ctrl/Cmd+kliknięcia, aby dodać lub usunąć resztę. W panelu stylu, który się otworzy, ustaw **Style** na Stick i wybierz kolor.
6. Otwórz **Export**, zaznacz **Hi-res**, jeśli potrzebujesz dużego obrazu, i wybierz PNG.

## Jak używać jej na zajęciach i w badaniach

- **Nauczanie struktury białek:** wczytaj 1HHO, pokoloruj według struktury drugorzędowej i wskaż helisy. Następnie pokoloruj według łańcuchów, aby pokazać, że hemoglobina ma cztery podjednostki.
- **Rdzeń hydrofobowy:** pokoloruj według Hydrophobicity, aby pokazać, że reszty niepolarne zwykle leżą wewnątrz struktury.
- **Cele leków:** wczytaj 6LU7, główną proteazę SARS-CoV-2, dodaj powierzchnię i omów, gdzie mógłby się wiązać inhibitor.
- **Rysunki:** wyświetl kilka kluczowych reszt jako pręciki na tle modelu wstążkowego i wyeksportuj obraz w wysokiej rozdzielczości do slajdu lub raportu.
- **Kolejne kroki:** oblicz masę łańcucha [kalkulatorem masy cząsteczkowej białek](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html) lub przygotuj receptor do dokowania za pomocą [konwertera PDB na PDBQT](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/pdb-to-pdbqt-converter.html).

## Wskazówki i ograniczenia

- Dobre identyfikatory na początek: 1HHO (hemoglobina), 1BNA (B-DNA), 6LU7 (główna proteaza SARS-CoV-2) i 1GFL (białko zielonej fluorescencji).
- Każde zaznaczenie, któremu nadasz styl, staje się osobnym obszarem, więc możesz pokolorować kilka miejsc inaczej. Aby cofnąć, użyj **Remove style** lub **Clear selection** w panelu stylu.
- Kolorowanie według B-factor pokazuje, jak bardzo zmieniają się położenia atomów w modelu. Wysokie wartości często oznaczają elastyczne pętle.
- Aby otworzyć wcześniej zapisaną strukturę, przeciągnij plik .pdb z komputera na przeglądarkę.

Pobieranie po identyfikatorze wymaga połączenia z internetem, bo plik pochodzi z RCSB. Przeglądarka wymaga WebGL; jeśli Twoja przeglądarka go nie obsługuje, pojawi się komunikat. Pasek sekwencji wymienia tylko reszty aminokwasowe, więc ligandy, woda i kwasy nukleinowe się tam nie pojawiają. Wpis PDB to model eksperymentalny, a jego jakość zależy od metody i rozdzielczości, które możesz sprawdzić na stronie wpisu w RCSB.

Chcesz zamiast tego obejrzeć małą cząsteczkę w 3D? Zobacz poradnik [jak oglądać cząsteczki w 3D](https://www.moldraw.com/docs/analyze/how-to-view-molecules-in-3d/).

## Pytania i odpowiedzi

### Czy potrzebuję konta, aby oglądać białka?

Nie. Protein viewer jest instalowany domyślnie i działa bez logowania.

### Skąd pochodzą struktury?

Gdy wpiszesz identyfikator PDB i naciśniesz Go, wtyczka pobiera wpis z RCSB Protein Data Bank. Możesz też otworzyć plik PDB z komputera.

### Jak wyróżnić centrum aktywne lub kilka reszt?

Zaznacz reszty na pasku sekwencji pod przeglądarką. Otworzy się mały panel stylu, w którym możesz przełączyć je na pręciki, zmienić ich kolor lub dodać powierzchnię.

### Jakie formaty eksportu są dostępne?

Menu Export oferuje GLB, PNG, JPG, PDB, SDF, XYZ, X3D i OBJ. Zaznacz Hi-res, aby uzyskać większy obraz.

## Więcej wtyczek MolDraw

[Dokumentacja Protein viewer](https://www.moldraw.com/docs/plugins/protein-viewer-plugin-view-pdb-structures-in-3d/) [Wyszukiwanie bioaktywności w ChEMBL](https://www.moldraw.com/pl/blog/chembl-plugin-bioactivity-lookup.html) [pKa i mikroformy](https://www.moldraw.com/pl/blog/pka-plugin-protonation-states-microspecies.html) [Symetria i grupy punktowe](https://www.moldraw.com/pl/blog/symmetry-plugin-point-groups-3d.html) [Wszystkie wtyczki](https://www.moldraw.com/docs/plugins/moldraw-plugins-overview-and-how-to-install/)

Ostatnia aktualizacja: 15 października 2026