--- title: "Darmowe chemiczne bazy danych: PubChem, ChEMBL i inne | MolDraw" url: https://www.moldraw.com/pl/blog/free-chemical-databases-guide.html description: "Porównanie 12 darmowych chemicznych baz danych (PubChem, ChEMBL, ChEBI, ZINC, PDB, UniChem i inne) ze sprawdzonymi rozmiarami, licencjami i prawdziwymi zapytaniami API." lang: pl publisher: Scidart Academy generated: 2026-10-26 --- ## Na tej stronie Czym jest chemiczna baza danych? Jak wypadają darmowe chemiczne bazy danych w porównaniu? Czym jest PubChem? Największa darmowa chemiczna baza danych Czym jest ChEMBL? Podstawowa baza danych bioaktywności Czym jest ChEBI? Kuratorowany słownik małych cząsteczek Czym jest ZINC? Miliardy związków do wirtualnych badań przesiewowych Czym jest RCSB PDB? Struktury 3D białek i ligandów Czym jest UniChem? Tłumaczenie identyfikatorów między bazami Czym jest nmrshiftdb2? Darmowa baza widm NMR Czym jest MassBank? Eksperymentalne widma MS/MS Czym jest COCONUT? Otwarta baza produktów naturalnych Czym jest SureChEMBL? Chemia z patentów A co z DrugBank i NIST Chemistry WebBook? Której chemicznej bazy danych powinienem użyć? Jak używać tych baz danych z MolDraw? Przykład: jak porównać analogi cetyryzyny? Jak dobrze przeszukiwać chemiczne bazy danych? FAQ Źródła # Darmowe chemiczne bazy danych: praktyczny przewodnik dla studentów i naukowców Opublikowano: 6 paź 2026 · Autor: [Rafeeque Mavoor](https://www.moldraw.com/pl/pages/authors.html) · Kategoria: Przewodniki · Dane sprawdzone: październik 2026 ![Ilustracja chemicznej bazy danych połączonej z rekordami związków fenolu, kofeiny i pirydyny, z lupą wyszukiwania](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/free-chemical-databases-guide.webp) Darmowe chemiczne bazy danych przechowują miliony przeszukiwalnych rekordów związków, każdy ze strukturą i identyfikatorami. **Krótka odpowiedź:** Najbardziej przydatne darmowe chemiczne bazy danych to **PubChem** (największa ogólna baza związków), **ChEMBL** (kuratorowane dane o bioaktywności do projektowania leków), **ChEBI** (kuratorowany słownik małych cząsteczek), **ZINC** (miliardy dostępnych w handlu związków do wirtualnych badań przesiewowych) i **RCSB PDB** (struktury 3D kompleksów białko–ligand). Do widm używaj **nmrshiftdb2** ([NMR](https://www.moldraw.com/pl/tools/nmr-viewer/)), **MassBank** (MS/MS) i **NIST Chemistry WebBook**; do produktów naturalnych – **COCONUT**; do patentów – **SureChEMBL**; a **UniChem** łączy identyfikatory między nimi. Każdy student chemii prędzej czy później trafia na ten sam problem: masz cząsteczkę i potrzebujesz jej właściwości, aktywności biologicznej, struktury krystalicznej, widma referencyjnego lub patentu. Każde z tych pytań należy do innej bazy danych. Ten przewodnik wyjaśnia, czym jest każda ważna darmowa chemiczna baza danych, do czego się nadaje, jak jest duża, na co pozwala licencja i jak ją przeszukiwać – z prawdziwymi przykładowymi adresami URL, które przetestowaliśmy przed publikacją. Wszystkie poniższe liczby zostały **sprawdzone w październiku 2026** na oficjalnych stronach lub w API. Rozmiary baz zmieniają się z każdym wydaniem, więc traktuj je jako migawki, a nie stałe. Darmowe chemiczne bazy danych pogrupowane według rodzaju danych: związki, bioaktywność, badania przesiewowe, produkty naturalne, struktury 3D, widma i patenty, połączone przez UniChem. ## Czym jest chemiczna baza danych? **Chemiczna baza danych** to przeszukiwalny zbiór struktur chemicznych powiązanych z danymi o nich: nazwami, identyfikatorami, obliczonymi właściwościami, pomiarami eksperymentalnymi, aktywnościami biologicznymi, współrzędnymi 3D, widmami lub dokumentami, w których je opisano. Większość nowoczesnych baz można przeszukiwać po nazwie, identyfikatorze (numer CAS, InChIKey, [SMILES](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/smiles-to-structure.html)) lub przez narysowanie struktury, a wiele z nich oferuje darmowe REST API do dostępu programowego. Najważniejsze jest zrozumienie, że **żadna pojedyncza baza danych nie robi wszystkiego**. Różnią się profilem: - **Encyklopedie związków** (PubChem, ChEBI) odpowiadają na pytanie „co to za cząsteczka?” - **Bazy bioaktywności** (ChEMBL, DrugBank) odpowiadają na pytanie „co ta cząsteczka robi z białkiem?” - **Biblioteki do badań przesiewowych** (ZINC) odpowiadają na pytanie „jakie podobne cząsteczki mogę kupić lub zadokować?” - **Bazy strukturalne** (RCSB PDB) odpowiadają na pytanie „jak ta cząsteczka układa się w swoim celu?” - **Bazy widm** (nmrshiftdb2, MassBank, NIST WebBook) odpowiadają na pytanie „jak powinno wyglądać jej widmo?” - **Kolekcje specjalistyczne** (COCONUT dla produktów naturalnych, SureChEMBL dla patentów) obejmują nisze pomijane przez duże bazy. ## Jak wypadają darmowe chemiczne bazy danych w porównaniu? | Baza danych | Profil | Rozmiar (stan na paź 2026) | Najlepszy do | API | Licencja | | --- | --- | --- | --- | --- | --- | | **PubChem** | Związki ogólne, substancje, testy biologiczne | ~124 mln związków, ~349 mln substancji | Identyfikatory, właściwości, szerokie wyszukiwanie | PUG-REST, PUG-View | Darmowy; warunki ponownego wykorzystania zależą od deponenta | | **ChEMBL** | Kuratorowana bioaktywność | 2,92 mln związków, 24,5 mln aktywności, 18 552 cele (ChEMBL 37) | SAR, siła działania, cele leków | REST (JSON/XML) | CC BY-SA 3.0 | | **ChEBI** | Kuratorowany słownik małych cząsteczek + ontologia | 201 471 wpisów, 61 961 w pełni kuratorowanych (wydanie 244) | Definicje, klasy, role biologiczne | REST (ChEBI 2.0) | CC BY 4.0 | | **ZINC-22** | Związki „na zamówienie” dostępne w handlu | ~54,9 mld (2D), ~5,9 mld (3D) | Wirtualne badania przesiewowe, zakup analogów | Strona (CartBlanche), pobieranie hurtowe | Darmowy w użyciu; bez redystrybucji dużych części bez zgody | | **RCSB PDB** | Struktury 3D makrocząsteczek | 260 724 wpisy | Kompleksy białko–ligand, przygotowanie do dokowania | Data API, Search API | CC0 1.0 | | **UniChem** | Mapowanie identyfikatorów | 25 źródeł | Konwersja identyfikatorów między bazami | REST | Darmowy (warunki EMBL-EBI); obowiązują licencje źródeł | | **nmrshiftdb2** | Widma NMR + przewidywanie | 271 817 struktur, 70 030 zmierzonych widm | Referencje i przewidywanie ¹H/¹³C NMR | Strona; nowy interfejs REST | Licencja otwartych treści | | **MassBank (Europa)** | Eksperymentalne widma masowe | 139 006 rekordów | Dopasowywanie MS/MS, metabolomika | REST | Creative Commons dla każdego rekordu | | **COCONUT 2.0** | Produkty naturalne | 738 829 unikalnych cząsteczek, 71 kolekcji | Odkrywanie produktów naturalnych | REST (wymaga logowania) | CC0 (dane) | | **SureChEMBL** | Chemia z patentów | 116,6 mln dokumentów patentowych (maj 2025) | Stan techniki, analiza krajobrazu patentowego | REST | CC BY 4.0 | | **DrugBank** | Leki i cele leków | b.d. (niesprawdzone) | Szczegóły dopuszczonych leków | Płatne API | Darmowy akademicko, CC BY-NC 4.0; wymagana licencja komercyjna | | **NIST Chemistry WebBook** | Termochemia, IR, EI-MS | b.d. (niesprawdzone) | Referencyjne IR/MS, dane fizyczne | Tylko strona internetowa | NIST Standard Reference Data (chronione prawem autorskim) | ## Czym jest PubChem? Największa darmowa chemiczna baza danych **PubChem to największa na świecie darmowa baza danych chemicznych, prowadzona przez amerykańskie National Center for Biotechnology Information (NCBI).** Agreguje dane od ponad tysiąca dostawców w powiązane kolekcje: Substance (co zgłosili deponenci), Compound (unikalne, standaryzowane struktury), BioAssay, Protein, Gene, Pathway i Patent. - **Rozmiar:** około 124 mln związków i 349 mln substancji według strony głównej PubChem (stan na październik 2026). Recenzowana [aktualizacja PubChem 2025](https://doi.org/10.1093/nar/gkae1059) podawała 118,6 mln związków na wrzesień 2024. - **Zastosowanie:** wyszukiwanie nazw, synonimów, numerów CAS, wzorów, obliczonych właściwości (XLogP, TPSA), danych o bezpieczeństwie, dostawców i literatury. - **Kto go używa:** uczniowie, studenci, nauczyciele, chemicy analitycy, toksykolodzy, chemoinformatycy i każdy, kto potrzebuje szybkiego, wiarygodnego identyfikatora. - **Dostęp:** wyszukiwarka internetowa z edytorem struktur i darmowe PUG-REST API. PubChem prosi użytkowników programowych, by nie przekraczali **5 zapytań na sekundę**. - **Licencja:** darmowy w użyciu; prawa do ponownego wykorzystania zależą od źródła danych, więc przed redystrybucją sprawdź źródło. **Zapytanie prostym językiem:** „Podaj wzór, [masę cząsteczkową](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/molecular-weight-calculator.html), SMILES i InChIKey aspiryny.” ``` https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/aspirin/property/MolecularFormula,MolecularWeight,SMILES,InChIKey/JSON ``` Prawdziwa odpowiedź (skrócona): ``` {"PropertyTable": {"Properties": [{ "CID": 2244, "MolecularFormula": "C9H8O4", "MolecularWeight": "180.16", "SMILES": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "InChIKey": "BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}]}} ``` **Uwaga:** PubChem zmienił nazwy właściwości SMILES. Zapytanie o dawne `CanonicalSMILES` nadal działa, ale odpowiedź ma teraz etykietę `ConnectivitySMILES` (bez stereochemii). Poproś o `SMILES`, jeśli chcesz pełny ciąg uwzględniający stereochemię. Więcej przetestowanych zapytań do PubChem: - InChIKey na CID: `https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/inchikey/BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N/cids/JSON` zwraca `2244`. - Podobieństwo 2D (≥90%) do cetyryzyny: `https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsimilarity_2d/cid/2678/cids/JSON?Threshold=90&MaxRecords=10` - Wyszukiwanie podstruktury z SMILES: `https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsubstructure/smiles/c1ccc(cc1)C(c1ccc(Cl)cc1)N1CCNCC1/cids/JSON?MaxRecords=10` ## Czym jest ChEMBL? Podstawowa baza danych bioaktywności **ChEMBL to ręcznie kuratorowana baza danych bioaktywnych, lekopodobnych cząsteczek, prowadzona przez European Bioinformatics Institute EMBL (EMBL-EBI).** Jej rdzeniem są zmierzone dane o aktywności, takie jak wartości IC50, Ki i EC50, wydobyte z artykułów naukowych i zdeponowanych zbiorów danych, każda powiązana ze związkiem, testem i celem biologicznym. - **Rozmiar (ChEMBL 37, maj 2026):** 2 921 148 różnych związków, 24 527 044 aktywności, 18 552 cele i 101 100 publikacji według endpointu statusu API ChEMBL. - **Zastosowanie:** zależności struktura–aktywność (SAR), wyszukiwanie znanych związków aktywnych wobec celu, budowanie zbiorów treningowych do uczenia maszynowego i sprawdzanie fazy dopuszczenia leku. - **Kto go używa:** chemicy medyczni, farmakolodzy, chemicy obliczeniowi i analitycy danych. - **Dostęp:** interfejs internetowy i darmowe REST API (JSON lub XML) oraz pełne pliki do pobrania (SQLite, PostgreSQL, SDF). - **Licencja:** CC BY-SA 3.0. ChEMBL prosi o zachowanie identyfikatorów ChEMBL i numeru wydania przy ponownym wykorzystaniu danych. **Zapytanie prostym językiem:** „Znajdź aspirynę w ChEMBL.” ``` https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule/search.json?q=aspirin ``` Pierwsze trafienie to `CHEMBL25` (ASPIRIN, max phase 4, czyli lek dopuszczony), z SMILES `CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O`. **Zapytanie prostym językiem:** „Jakie wartości siły działania ChEMBL ma dla cetyryzyny (CHEMBL1000) wobec ludzkiego receptora histaminowego H1 (CHEMBL231)?” ``` https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?molecule_chembl_id=CHEMBL1000&target_chembl_id=CHEMBL231&pchembl_value__isnull=false ``` Prawdziwa odpowiedź (skrócona do dwóch z 12 zwróconych rekordów): ``` {"activities": [ {"standard_type": "Ki", "standard_value": "14.0", "standard_units": "nM", "pchembl_value": "7.85", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}, {"standard_type": "Ki", "standard_value": "5.89", "standard_units": "nM", "pchembl_value": "8.23", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}]} ``` ### PubChem a ChEMBL: jaka jest różnica? **PubChem jest szeroki, ChEMBL jest głęboki.** PubChem stara się obejmować każdą substancję chemiczną, którą ktokolwiek zdeponował, więc to najlepsze miejsce do identyfikacji związku. ChEMBL zawiera znacznie mniej związków, ale kuratoruje ich aktywność biologiczną w spójnym formacie (standardowe jednostki, wartości pChEMBL, zmapowane cele), więc lepiej sprawdza się przy pytaniu „jak silnie działa i na co?”. W praktyce używa się obu: PubChem do potwierdzenia struktury i identyfikatorów, ChEMBL do odczytania farmakologii. ## Czym jest ChEBI? Kuratorowany słownik małych cząsteczek **ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) to ręcznie kuratorowany słownik i ontologia małych cząsteczek, prowadzony przez EMBL-EBI.** Kuratorowane wpisy mają definicję, strukturę, synonimy i powiązania ontologiczne, które mówią, czym cząsteczka *jest* (np. „członek klasy kwasów benzoesowych”) i jaką pełni *rolę* (np. „niesteroidowy lek przeciwzapalny”). - **Rozmiar:** 201 471 wpisów, z czego 61 961 to w pełni kuratorowane wpisy „3-gwiazdkowe” (wydanie 244, według artykułu w *Nucleic Acids Research* z 2026 roku). - **Zastosowanie:** spójne nazewnictwo i klasyfikacja, opisywanie danych metabolomicznych i z biologii systemów oraz nauczanie grup funkcyjnych i klas związków. - **Dostęp:** ChEBI 2.0 (uruchomione w październiku 2025) ma nową stronę i REST API; dawne usługi SOAP wycofano. - **Licencja:** CC BY 4.0. **Zapytanie prostym językiem:** „Czym jest CHEBI:15365?” ``` https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/compound/CHEBI:15365/ ``` Odpowiedź zwraca `"name": "acetylsalicylic acid"`, wzór `C9H8O4`, masę monoizotopową `180.04226` i tekst definicji. Działa też wyszukiwanie tekstowe: `https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/es_search/?term=aspirin`. ## Czym jest ZINC? Miliardy związków do wirtualnych badań przesiewowych **ZINC to darmowa baza związków dostępnych w handlu („tangible”), przygotowanych do wirtualnych badań przesiewowych, stworzona przez laboratoria Irwina i Shoicheta na UCSF.** ZINC-22 skupia się na ogromnych katalogach związków na zamówienie od Enamine, WuXi i Mcule, a siostrzana baza ZINC20 obejmuje mniejsze katalogi związków dostępnych od ręki. ZINC15 to starsza generacja, o której wciąż wspomina wiele [poradników](https://www.moldraw.com/learn/). - **Rozmiar:** około 54,9 mld cząsteczek w 2D i 5,9 mld w formatach 3D gotowych do dokowania (strona główna CartBlanche22, stan na październik 2026). [Artykuł o ZINC-22](https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c01253) podawał w chwili publikacji 37 mld cząsteczek 2D, co pokazuje, jak szybko baza rośnie. - **Zastosowanie:** kampanie dokowania, wyszukiwanie analogów dostępnych w handlu i pobieranie gotowych do dokowania plików 3D z ładunkami i konformacjami. - **Kto go używa:** chemicy obliczeniowi, biolodzy strukturalni i akademickie grupy prowadzące badania przesiewowe. - **Dostęp:** interfejs CartBlanche (wyszukiwanie po podobieństwie, podstrukturze i identyfikatorze), pobieranie hurtowe i kopie w chmurze. - **Licencja:** „darmowy do używania i pobierania dla wszystkich”; nie wolno rozpowszechniać dużych części bez pisemnej zgody (licencja UCSF ZINC). **Zapytanie prostym językiem:** „Znajdź dostępne w handlu związki podobne do cetyryzyny.” Wklej SMILES `OC(=O)COCCN1CCN(CC1)C(c1ccccc1)c1ccc(Cl)cc1` do wyszukiwania podobieństwa na [cartblanche22.docking.org](https://cartblanche22.docking.org/). **Szczera uwaga:** podczas pisania tego przewodnika nie udało nam się niezawodnie automatyzować zapytań do ZINC. Strony ZINC15/ZINC20 są chronione captchą, a zadania wyszukiwania CartBlanche22 wysłane programowo wracały puste. Dla większości użytkowników zalecaną drogą jest interfejs internetowy. ## Czym jest RCSB PDB? Struktury 3D białek i ligandów **Protein Data Bank (PDB) to jedyne światowe archiwum eksperymentalnie wyznaczonych struktur 3D białek, kwasów nukleinowych i ich kompleksów; RCSB PDB to jego amerykańskie centrum danych i portal wyszukiwania.** Dla chemików jego wartość stanowią związane ligandy: widać dokładnie, jak mała cząsteczka układa się w kieszeni wiążącej. - **Rozmiar:** 260 724 aktualne wpisy (API zasobów RCSB, stan na październik 2026). - **Zastosowanie:** badanie sposobów wiązania, przygotowanie receptorów do dokowania, nauczanie struktury białek i wyszukiwanie wszystkich struktur zawierających dany ligand. - **Dostęp:** strona internetowa, Data API (`data.rcsb.org`) i Search API (`search.rcsb.org`), które obsługuje wyszukiwanie tekstowe, sekwencyjne i chemiczne. - **Licencja:** dane PDB są udostępniane na licencji CC0 1.0 (domena publiczna). **Zapytanie prostym językiem:** „Pokaż rekord liganda aspiryny (identyfikator komponentu `AIN`).” ``` https://data.rcsb.org/rest/v1/core/chemcomp/AIN ``` Zwraca to nazwę `2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID` i wzór `C9 H8 O4`. **Zapytanie prostym językiem:** „Które wpisy PDB zawierają aspirynę?” (Search API; wklej je do przeglądarki, która zakoduje JSON w adresie URL): ``` https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query?json={"query":{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_nonpolymer_instance_annotation.comp_id","operator":"exact_match","value":"AIN"}},"return_type":"entry"} ``` Prawdziwa odpowiedź (skrócona): `"total_count": 8`, z wpisami takimi jak `1OXR`, `1TGM` i `3GCL`. Wyszukiwanie chemiczne wysłane z SMILES aspiryny (`service: "chemical"`) również zwróciło `AIN` jako najlepsze dopasowanie. Każdy z tych wpisów możesz wczytać po identyfikatorze PDB w [przeglądarce białek MolDraw](https://www.moldraw.com/pl/tools/protein-viewer/) lub otworzyć na rcsb.org. ## Czym jest UniChem? Tłumaczenie identyfikatorów między bazami **UniChem to usługa EMBL-EBI do mapowania identyfikatorów: podajesz jeden identyfikator struktury, a ona zwraca odpowiadające identyfikatory w innych bazach.** Łączy rekordy przez standardowy InChI/InChIKey, więc działa zawsze, gdy dwie bazy przechowują tę samą strukturę. - **Rozmiar:** 25 źródeł wymienionych przez API UniChem, w tym ChEMBL, PubChem, ChEBI, DrugBank, RCSB PDB, PDBe, SureChEMBL, HMDB, BindingDB i nmrshiftdb2 (stan na październik 2026). - **Zastosowanie:** łączenie zbiorów danych, przechodzenie od identyfikatora ChEMBL do kodu liganda PDB i sprawdzanie, gdzie jeszcze pojawia się związek. - **Dostęp:** strona internetowa i REST API (`/unichem/api/v1/`). - **Licencja:** darmowy w użyciu na warunkach EMBL-EBI; dane stojące za każdym zmapowanym identyfikatorem zachowują licencję swojego źródła. **Zapytanie prostym językiem:** „Gdzie jeszcze pojawia się InChIKey aspiryny?” ``` curl -X POST https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/v1/compounds \ -H "Content-Type: application/json" \ -d '{"type":"inchikey","compound":"BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}' ``` Odpowiedź mapuje go m.in. na `CHEMBL25`, `CHEBI:15365`, PubChem CID `2244`, DrugBank `DB00945`, ligand PDB `AIN` i Guide to Pharmacology `4139`. UniChem mapuje InChIKey aspiryny na jej identyfikatory w ChEMBL, ChEBI, PubChem, RCSB PDB, DrugBank i Guide to Pharmacology. ## Czym jest nmrshiftdb2? Darmowa baza widm NMR **nmrshiftdb2 to otwarta, recenzowana internetowa baza struktur organicznych i ich widm NMR, z wbudowanym przewidywaniem przesunięć ¹H i ¹³C.** Jej rdzeniem są w pełni przypisane widma, wiele z danymi surowymi. - **Rozmiar:** 271 817 struktur, 70 030 zmierzonych widm i 396 583 widma obliczone (licznik na stronie głównej, stan na październik 2026). - **Zastosowanie:** sprawdzanie przypisań, wyszukiwanie referencyjnych przesunięć dla klasy związków i nauczanie interpretacji NMR. - **Dostęp:** wyszukiwanie po strukturze, podstrukturze, widmie i innych właściwościach; w czerwcu 2026 serwis ogłosił nowy interfejs REST (nie testowaliśmy go). - **Licencja:** oprogramowanie jest open source, a dane są publikowane na licencji otwartych treści. **Zapytanie prostym językiem:** „Znajdź zmierzone widma ¹³C związków zawierających grupę 4-chlorobenzhydrylową.” Narysuj fragment w karcie wyszukiwania nmrshiftdb2 i uruchom wyszukiwanie podstruktury. Aby szybko oszacować wynik przed wyszukiwaniem, narzędzie MolDraw [struktura na NMR](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/structure-to-nmr.html) przewiduje widmo z Twojego rysunku. ## Czym jest MassBank? Eksperymentalne widma MS/MS **MassBank to otwarte repozytorium eksperymentalnych widm masowych małych cząsteczek, zasilane przez laboratoria z całego świata.** Przykłady tutaj korzystają z MassBank Europe (massbank.eu). Każdy rekord opisuje jedno widmo: związek, aparat, jonizację, energię zderzeń i listę pików. - **Rozmiar:** 139 006 rekordów (licznik API MassBank, stan na październik 2026). - **Zastosowanie:** identyfikacja nieznanych związków w LC-MS/MS i metabolomice, porównywanie wzorców fragmentacji i nauczanie spektrometrii mas. - **Dostęp:** wyszukiwanie internetowe (nazwa, wzór, piki) i REST API. - **Licencja:** każdy rekord ma własną licencję Creative Commons (domyślnie CC BY, ale niektóre to CC0, CC BY-SA lub licencje niekomercyjne), więc przed ponownym użyciem sprawdź pole `license`. **Zapytanie prostym językiem:** „Wypisz widma kofeiny w MassBank.” ``` https://massbank.eu/MassBank-api/records/search?compound_name=caffeine ``` Zwróciło to 134 identyfikatory rekordów. Pobranie jednego z nich, `https://massbank.eu/MassBank-api/records/MSBNK-ACES_SU-AS000088`, daje widmo MS2 z LC-APCI Orbitrap dla [M+H]⁺ z jonem macierzystym przy *m/z* 195,088 i głównym fragmentem przy *m/z* 138,067, na licencji CC BY. ## Czym jest COCONUT? Otwarta baza produktów naturalnych **COCONUT (COlleCtion of Open NatUral producTs) to największa otwarta kolekcja struktur produktów naturalnych, kuratorowana przez grupę Steinbecka na Uniwersytecie Fryderyka Schillera w Jenie.** Wersja 2.0 łączy każdą cząsteczkę z organizmami źródłowymi, literaturą i wariantami stereochemicznymi. - **Rozmiar:** 738 829 unikalnych cząsteczek z 71 kolekcji, z 73 137 organizmami (strona statystyk COCONUT, stan na październik 2026). [Artykuł o COCONUT 2.0](https://doi.org/10.1093/nar/gkae1063) podawał 695 133 w chwili wydania we wrześniu 2024. - **Zastosowanie:** dereplikacja produktów naturalnych, pomysły na szkielety i budowanie zestawów do badań przesiewowych. - **Dostęp:** wyszukiwanie internetowe (nazwa, struktura, podstruktura, podobieństwo) i pełne pliki SDF/SQL do pobrania. REST API istnieje, ale wymaga zalogowania na darmowe konto, więc nie uruchamialiśmy go na potrzeby tego przewodnika. - **Licencja:** dane CC0; kod MIT. **Zapytanie prostym językiem:** „Pokaż produkty naturalne podobne do kofeiny.” Wklej SMILES kofeiny `CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C` do wyszukiwania strukturalnego na [coconut.naturalproducts.net](https://coconut.naturalproducts.net/search). ## Czym jest SureChEMBL? Chemia z patentów **SureChEMBL to darmowa baza chemii patentowej EMBL-EBI: przeszukuje teksty i obrazy dokumentów patentowych i wydobywa wymienione w nich struktury chemiczne.** To najprostszy darmowy sposób, by zapytać „które patenty zawierają tę strukturę?” - **Rozmiar:** SureChEMBL 2.0 (maj 2025) obejmuje około 116,6 mln dokumentów patentowych z pięciu urzędów (CNIPA, EPO, JPO, USPTO, WIPO); sam USPTO dostarczył około 19,9 mln unikalnych związków. - **Zastosowanie:** sprawdzanie stanu techniki, analiza krajobrazu patentowego i wychwytywanie serii związków, zanim pojawią się w czasopismach. - **Dostęp:** wyszukiwanie internetowe po strukturze lub słowie kluczowym, REST API i hurtowe pliki Parquet aktualizowane co dwa tygodnie. - **Licencja:** CC BY 4.0. **Zapytanie prostym językiem:** „Przypisz nazwie cetyryzyna związek w SureChEMBL.” ``` https://www.surechembl.org/api/chemical/name/cetirizine ``` Prawdziwa odpowiedź (skrócona): `"chemical_id": "4176"`, `"inchi_key": "ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N"`. Następnie możesz wyszukać w interfejsie internetowym patenty zawierające tę strukturę. ## A co z DrugBank i NIST Chemistry WebBook? **DrugBank** to szczegółowa baza wiedzy o lekach dopuszczonych i badanych, ich celach, metabolizmie i interakcjach. Można ją przeglądać za darmo, ale pobieranie wymaga konta; akademickie zbiory danych są udostępniane na licencji CC BY-NC 4.0 do użytku niekomercyjnego, a użytek komercyjny wymaga płatnej licencji. Traktuj ją jako „darmową do czytania, ale nie do ponownego wykorzystania”. **NIST Chemistry WebBook** (NIST Standard Reference Database 69) udostępnia dane termochemiczne, widma IR w fazie gazowej i widma masowe z jonizacją elektronami dla wielu małych cząsteczek. Można ją przeszukiwać online za darmo, np. `https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Name=caffeine&Units=SI`, ale dane są chronione prawem autorskim, a ich hurtowa redystrybucja wymaga zgody NIST. ## Której chemicznej bazy danych powinienem użyć? | Twoje pytanie | Zacznij od | Potem spróbuj | | --- | --- | --- | | Co to za związek? Nazwa, wzór, CAS, właściwości | PubChem | ChEBI | | Jak silnie działa i na jaki cel? | ChEMBL | PubChem BioAssay | | Do jakiej klasy należy i jaka jest jego rola biologiczna? | ChEBI | PubChem | | Jakie podobne związki mogę kupić lub zadokować? | ZINC-22 | PubChem (dostawcy) | | Jak ligand wiąże się ze swoim białkiem? | RCSB PDB | ChEMBL (dane o celach) | | Mam identyfikator z bazy A; jaki jest w bazie B? | UniChem | Odsyłacze w PubChem | | Jak powinno wyglądać jego widmo ¹H/¹³C NMR? | nmrshiftdb2 | Przewidywanie NMR w MolDraw | | Czy moje widmo MS/MS pasuje do znanego związku? | MassBank | NIST WebBook (EI-MS) | | Czy to produkt naturalny i z jakiego organizmu? | COCONUT | ChEBI | | Czy ta struktura jest w patencie? | SureChEMBL | PubChem Patent | | Szczegóły dopuszczonego leku? | DrugBank (przeglądanie) | ChEMBL | | Termochemia lub referencyjne IR? | NIST WebBook | PubChem | ## Jak używać tych baz danych z MolDraw? Większość baz najlepiej przeszukuje się identyfikatorem czytelnym maszynowo, a nie nazwą. MolDraw daje Ci te identyfikatory prosto z rysunku: 1. **Narysuj** strukturę w [edytorze MolDraw](https://www.moldraw.com/pl/) (albo wklej nazwę w narzędziu [nazwa na strukturę](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/name-to-structure.html)). 2. **Skopiuj SMILES** (Copy SMILES) z górnego wiersza opcji. *Copy as…* w menu kontekstowym daje też formaty InChI i MOL (zobacz [rozdział o SMILES w kursie MolDraw](https://www.moldraw.com/docs/import-export/how-to-copy-and-paste-smiles-inchi-and-mol/)). 3. **Utwórz InChIKey** za pomocą [konwertera SMILES na InChIKey](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/smiles-to-inchikey-converter.html). InChIKey to najbardziej wiarygodny klucz dokładnego dopasowania w PubChem, ChEMBL, ChEBI i UniChem. 4. **Wyślij zapytanie**: wklej SMILES do wyszukiwarki strukturalnej bazy albo wstaw InChIKey do jednego z powyższych adresów REST. 5. **Przenieś wyniki z powrotem**: przekonwertuj PubChem CID [konwerterem CID na SMILES](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/cid-to-smiles-converter.html) lub InChIKey narzędziem [InChIKey na SMILES](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/inchikey-to-smiles-converter.html), a potem wklej wynik do MolDraw, aby go edytować. Sposób pracy: narysuj w MolDraw, skopiuj SMILES lub utwórz InChIKey, przeszukaj bazę, odczytaj wyniki. ## Przykład: jak porównać analogi cetyryzyny? Załóżmy, że badasz lek przeciwhistaminowy **cetyryzynę** i chcesz wiedzieć, jakie istnieją bliskie analogi, jak silnie działają i czy możesz kupić nowe. Oto sposób pracy z trzema bazami; każda liczba pochodzi z zapytań, które wykonaliśmy na żywo. **Krok 1: zidentyfikuj ją w PubChem.** Narysuj cetyryzynę w MolDraw, skopiuj SMILES i wyszukaj: ``` https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/cetirizine/property/MolecularFormula,MolecularWeight,InChIKey,XLogP,TPSA/JSON ``` PubChem zwraca CID 2678, C21H25ClN2O3, MW 388,9, XLogP 1,7, TPSA 53 i InChIKey `ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N`. **Krok 2: znajdź analogi w PubChem.** Zapytanie o podobieństwo 2D (próg 90) zwraca pokrewne związki, w tym hydroksyzynę (CID 3658, lek macierzysty cetyryzyny) i lewocetyryzynę (CID 1549000, jej pojedynczy enancjomer) oraz ich sole. Wyszukiwanie podstruktury rdzenia chlorobenzhydrylopiperazyny dodaje chlorcyklizynę, meklizynę i buklizynę. **Krok 3: porównaj aktywność w ChEMBL.** Wyszukaj InChIKey w ChEMBL: ``` https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule.json?molecule_structures__standard_inchi_key=ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N ``` Daje to `CHEMBL1000` (max phase 4, pierwsze dopuszczenie w 1995). Jego rekordy aktywności obejmują wartości Ki dla ludzkiego receptora H1 od 5,89 do 79 nM (pChEMBL 7,1–8,2) oraz znacznie słabsze IC50 wobec hERG (KCNH2), około 30 µM (pChEMBL około 4,5). To okno około trzech rzędów wielkości jest właśnie takim porównaniem selektywności, które ChEMBL ułatwia. Wyszukiwanie podobieństwa, `https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/similarity/ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N/80.json`, wymienia lewocetyryzynę i formy soli cetyryzyny do porównania w ten sam sposób. **Krok 4: poszukaj analogów dostępnych w handlu w ZINC.** Wklej SMILES do wyszukiwania podobieństwa w CartBlanche22, aby zobaczyć związki na zamówienie różniące się łańcuchem bocznym kwasu lub pierścieniami arylowymi. Następnie sprawdź właściwości ciekawych trafień w MolDraw, np. [kalkulatorem reguły Lipinskiego](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/lipinski-rule-calculator.html). **Wskazówka interpretacyjna:** wartości aktywności z różnych artykułów są mierzone w różnych testach. Porównuj wartości pChEMBL dla tego samego celu i typu testu, a pojedyncze pomiary traktuj ostrożnie. ## Jak dobrze przeszukiwać chemiczne bazy danych? - **Wybieraj InChIKey do dokładnych dopasowań**, a SMILES do wyszukiwania podobieństwa lub podstruktury. Nazwy są niejednoznaczne („witamina C”, sole, nazwy handlowe). - **Uważaj na sole i stereoizomery.** Cetyryzyna, dichlorowodorek cetyryzyny i lewocetyryzyna to osobne rekordy w każdej bazie. - **Zapisuj wydanie lub datę.** Cytuj ChEMBL z numerem wydania i zapisuj datę zapytania do PubChem. - **Przestrzegaj limitów zapytań.** PubChem prosi o nie więcej niż 5 zapytań na sekundę; łącz duże zadania w partie lub pobieraj pliki hurtowe. - **Sprawdź licencję przed redystrybucją.** Przeglądanie jest darmowe we wszystkich bazach z tego przewodnika; ponowne publikowanie danych – nie zawsze. ### Najważniejsze wnioski - **PubChem** to największa darmowa chemiczna baza danych i najlepszy pierwszy przystanek przy identyfikacji związku. - **ChEMBL** to najlepsza darmowa baza bioaktywności: kuratorowane dane o sile działania powiązane z celami. - **ChEBI** klasyfikuje cząsteczki; **UniChem** tłumaczy identyfikatory między bazami. - **ZINC-22** służy do wirtualnych badań przesiewowych i zakupu analogów; **RCSB PDB** do trójwymiarowych sposobów wiązania. - **nmrshiftdb2**, **MassBank** i **NIST WebBook** obejmują NMR, MS/MS oraz IR i termochemię. - **COCONUT** obejmuje produkty naturalne, a **SureChEMBL** patenty. - Narysuj w MolDraw, skopiuj SMILES, wygeneruj InChIKey – i możesz przeszukać je wszystkie. ## FAQ ### Jaka jest największa darmowa chemiczna baza danych? PubChem to największa darmowa chemiczna baza danych, z około 124 mln unikalnych związków i 349 mln zdeponowanych substancji (stan na październik 2026). ZINC-22 zawiera więcej cząsteczek (około 54,9 mld), ale większość z nich to wirtualne związki „na zamówienie” do badań przesiewowych, a nie scharakteryzowane substancje. ### Czym różni się PubChem od ChEMBL? PubChem to szeroki agregator, który stara się obejmować każdą zdeponowaną substancję chemiczną, więc najlepiej sprawdza się przy identyfikacji i właściwościach. ChEMBL jest mniejszy, ale ręcznie kuratorowany pod kątem bioaktywności, ze standaryzowanymi wartościami siły działania powiązanymi z celami, więc najlepiej nadaje się do pytań o zależności struktura–aktywność i projektowanie leków. ### Czy ZINC jest darmowy do użytku komercyjnego? Zgodnie z licencją UCSF ZINC jest darmowy do używania i pobierania dla wszystkich, także firm. Ograniczenie dotyczy redystrybucji: nie wolno rozpowszechniać dużych części ZINC bez pisemnej zgody zespołu ZINC. Same związki trzeba kupić u wymienionych dostawców. ### Która darmowa baza danych ma widma NMR? nmrshiftdb2 to główna darmowa baza NMR, z 70 030 zmierzonymi widmami dla 271 817 struktur (stan na październik 2026) i wbudowanym przewidywaniem ¹H i ¹³C. Strony związków w PubChem także linkują do widm z innych źródeł, a NIST Chemistry WebBook obejmuje widma IR i masowe, a nie NMR. ### Która darmowa baza danych ma widma masowe? MassBank zawiera 139 006 eksperymentalnych rekordów widm masowych (stan na październik 2026), głównie widm MS/MS małych cząsteczek, na licencjach Creative Commons określonych dla każdego rekordu. NIST Chemistry WebBook udostępnia online widma masowe z jonizacją elektronami dla wielu małych cząsteczek. ### Czy mogę przeszukiwać chemiczne bazy danych po strukturze? Tak. PubChem, ChEMBL, ChEBI, ZINC, RCSB PDB, nmrshiftdb2, COCONUT i SureChEMBL obsługują wyszukiwanie strukturalne, zwykle przez narysowanie lub wklejenie SMILES. Możesz narysować cząsteczkę w MolDraw, skopiować jej SMILES i wkleić go do wyszukiwarki strukturalnej bazy albo użyć zapytań o identyczność, podstrukturę lub podobieństwo przez ich API. ### Która chemiczna baza danych jest najlepsza dla uczniów i studentów? Zacznij od PubChem do nazw, właściwości i danych o bezpieczeństwie, ChEBI do definicji i klas związków oraz RCSB PDB do struktur 3D. Wszystkie trzy są darmowe, nie wymagają konta i mają przejrzyste interfejsy. Dodaj ChEMBL, gdy uczysz się farmakologii, i nmrshiftdb2, gdy uczysz się NMR. ### Czym jest baza danych bioaktywności? Baza danych bioaktywności przechowuje zmierzone efekty działania związków na cele biologiczne, takie jak wartości IC50, Ki czy EC50, powiązane z testem i białkiem. ChEMBL to wiodąca darmowa baza bioaktywności; PubChem BioAssay zawiera wyniki badań przesiewowych zdeponowane przez laboratoria i centra badawcze. ### Czy DrugBank jest darmowy? DrugBank można za darmo przeglądać online, a użytkownicy akademiccy mogą po rejestracji pobierać zbiory danych na licencji CC BY-NC 4.0. Użytek komercyjny, w tym w komercyjnych produktach lub usługach, wymaga płatnej licencji od DrugBank. ### Jak przekonwertować PubChem CID na identyfikator ChEMBL? Użyj UniChem. Wyszukaj InChIKey związku (PubChem pokazuje go na każdej stronie związku), a potem wyślij go do API związków UniChem, które zwraca odpowiadające identyfikatory ChEMBL, ChEBI, DrugBank, PDB i inne. Dla aspiryny InChIKey BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N mapuje CID 2244 na CHEMBL25. ## Źródła - PubChem: [pubchem.ncbi.nlm.nih.gov](https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) · [Dokumentacja PUG-REST](https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/pug-rest) · Kim S. *et al.* PubChem 2025 update, *Nucleic Acids Res.* 2025, [doi:10.1093/nar/gkae1059](https://doi.org/10.1093/nar/gkae1059) - ChEMBL: [ebi.ac.uk/chembl](https://www.ebi.ac.uk/chembl/) · [Dokumentacja API](https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/docs) · [Licencja i informacje](https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/about) · [Wpis o wydaniu ChEMBL 37](https://chembl.blogspot.com/2026/05/chembl-37-is-here-bigger-cleaner-and.html) - ChEBI: [ebi.ac.uk/chebi](https://www.ebi.ac.uk/chebi/) · [Uruchomienie ChEBI 2.0](https://www.ebi.ac.uk/about/news/updates-from-data-resources/chebi-2-0-launches/) · ChEBI: re-engineered for a sustainable future, *Nucleic Acids Res.* 2026, [academic.oup.com/nar/article/54/D1/D1768/8349173](https://academic.oup.com/nar/article/54/D1/D1768/8349173) - ZINC: [CartBlanche22](https://cartblanche22.docking.org/) · Tingle B. I. *et al.* ZINC-22, *J. Chem. Inf. Model.* 2023, [doi:10.1021/acs.jcim.2c01253](https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c01253) · [Licencja UCSF ZINC](https://wiki.docking.org/index.php?title=UCSF_ZINC_License) - RCSB PDB: [rcsb.org](https://www.rcsb.org/) · [Data API](https://data.rcsb.org/) · [Search API](https://search.rcsb.org/) · [Zasady korzystania](https://www.rcsb.org/pages/usage-policy) - UniChem: [ebi.ac.uk/unichem](https://www.ebi.ac.uk/unichem/) · [Dokumentacja API](https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/docs) - nmrshiftdb2: [nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de](https://nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de/) - MassBank: [massbank.eu](https://massbank.eu/MassBank/) · [MassBank API](https://massbank.eu/MassBank-api/) · [Format rekordów i licencje](https://github.com/MassBank/MassBank-web/blob/main/Documentation/MassBankRecordFormat.md) - COCONUT: [coconut.naturalproducts.net](https://coconut.naturalproducts.net/) · Chandrasekhar V. *et al.* COCONUT 2.0, *Nucleic Acids Res.* 2025, [doi:10.1093/nar/gkae1063](https://doi.org/10.1093/nar/gkae1063) - SureChEMBL: [surechembl.org](https://www.surechembl.org/) · [Ogłoszenie SureChEMBL 2.0](https://www.ebi.ac.uk/about/news/updates-from-data-resources/surechembl-2-0-is-here/) · [FAQ i licencja](https://chembl.gitbook.io/surechembl/faq) - DrugBank: [go.drugbank.com](https://go.drugbank.com/) · [Licencje akademickie](https://www.drugbank.com/academic_research) - NIST Chemistry WebBook: [webbook.nist.gov/chemistry](https://webbook.nist.gov/chemistry/) · [Licencje NIST SRD](https://www.nist.gov/open/license) ## Powiązane narzędzia i przewodniki MolDraw [Edytor MolDraw](https://www.moldraw.com/pl/) [Struktura na SMILES](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/structure-to-smiles-converter.html) [SMILES na InChIKey](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/smiles-to-inchikey-converter.html) [InChIKey na SMILES](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/inchikey-to-smiles-converter.html) [CID na SMILES](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/cid-to-smiles-converter.html) [CAS na SMILES](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/cas-number-to-smiles-converter.html) [Nazwa na strukturę](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/name-to-structure.html) [Struktura na NMR](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/structure-to-nmr.html) [Przewidywanie widma masowego](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/mass-spectrum-predictor.html) [Kalkulator Lipinskiego](https://www.moldraw.com/pl/tools/free-chem-tools/lipinski-rule-calculator.html) [Przeglądarka białek](https://www.moldraw.com/pl/tools/protein-viewer/) [Strona cząsteczki aspiryny](https://www.moldraw.com/pl/blog/molecules/aspirin.html) [Przewodnik po darmowych narzędziach chemicznych](https://www.moldraw.com/pl/blog/free-chemistry-tools-and-calculators.html) **Rafeeque Mavoor**, kierownik produktu i rozwoju w MolDraw. Liczby zostały sprawdzone na oficjalnych stronach i w działających API w październiku 2026; zobacz nasze [zasady redakcyjne](https://www.moldraw.com/pl/pages/editorial-guidelines.html). Ostatnia aktualizacja: 14 października 2026 ## Powiązane narzędzia i przewodniki [**Przeglądarka widm NMR**Otwieraj pliki 1H i 13C NMR](https://www.moldraw.com/pl/tools/nmr-viewer/)[**Przeglądarka widm masowych**Izotopy, addukty i fragmenty odszczepione](https://www.moldraw.com/pl/tools/mass-spec-viewer/)[**Przeglądarka widm IR**Znajdź piki i grupy funkcyjne](https://www.moldraw.com/pl/tools/ir-viewer/)[**Strony cząsteczek**Struktury i właściwości](https://www.moldraw.com/pl/blog/molecules/)[**Wszystkie narzędzia chemiczne**Konwertery, kalkulatory, przeglądarki](https://www.moldraw.com/pl/tools/)[**Darmowe narzędzia i kalkulatory chemiczne**Szybko wybierz właściwe narzędzie](https://www.moldraw.com/pl/blog/free-chemistry-tools-and-calculators.html)[**Edytor MolDraw**Rysuj struktury w przeglądarce](https://www.moldraw.com/pl/)