--- title: "Gratis chemische databases: PubChem, ChEMBL en meer | MolDraw" url: https://www.moldraw.com/nl/blog/free-chemical-databases-guide.html description: "Vergelijk 12 gratis chemische databases (PubChem, ChEMBL, ChEBI, ZINC, PDB, UniChem en meer) met gecontroleerde omvang, licenties en echte API-zoekopdrachten." lang: nl publisher: Scidart Academy generated: 2026-10-26 --- ## Op deze pagina Wat is een chemische database? Hoe verhouden de gratis chemische databases zich tot elkaar? Wat is PubChem? De grootste gratis chemische database Wat is ChEMBL? Dé bioactiviteitsdatabase Wat is ChEBI? Een samengesteld woordenboek van kleine moleculen Wat is ZINC? Miljarden verbindingen voor virtuele screening Wat is de RCSB PDB? 3D-structuren van eiwitten en liganden Wat is UniChem? ID's vertalen tussen databases Wat is nmrshiftdb2? Een gratis database met NMR-spectra Wat is MassBank? Experimentele MS/MS-spectra Wat is COCONUT? De open database van natuurstoffen Wat is SureChEMBL? Chemie uit octrooien En DrugBank en het NIST Chemistry WebBook? Welke chemische database moet ik gebruiken? Hoe gebruik ik deze databases met MolDraw? Uitgewerkt voorbeeld: hoe vergelijk ik analogen van cetirizine? Hoe doorzoek ik chemische databases goed? FAQ Bronnen # Gratis chemische databases: een praktische gids voor studenten en onderzoekers Gepubliceerd: 6 okt. 2026 · Door [Rafeeque Mavoor](https://www.moldraw.com/nl/pages/authors.html) · Categorie: Gidsen · Gegevens gecontroleerd: oktober 2026 ![Illustratie van een chemische database gekoppeld aan verbindingsrecords voor fenol, cafeïne en pyridine, met een zoekvergrootglas](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/free-chemical-databases-guide.webp) Gratis chemische databases bevatten miljoenen doorzoekbare verbindingsrecords, elk met een structuur en identifiers. **Kort antwoord:** de nuttigste gratis chemische databases zijn **PubChem** (de grootste algemene database van verbindingen), **ChEMBL** (samengestelde bioactiviteitsgegevens voor geneesmiddelonderzoek), **ChEBI** (een samengesteld woordenboek van kleine moleculen), **ZINC** (miljarden koopbare verbindingen voor virtuele screening) en de **RCSB PDB** (3D-structuren van eiwit-ligandcomplexen). Gebruik voor spectra **nmrshiftdb2** ([NMR](https://www.moldraw.com/nl/tools/nmr-viewer/)), **MassBank** (MS/MS) en het **NIST Chemistry WebBook**; voor natuurstoffen **COCONUT**; voor octrooien **SureChEMBL**; en **UniChem** koppelt de identifiers ertussen. Scheikundestudenten lopen vroeg of laat tegen hetzelfde probleem aan: je hebt een molecuul en je hebt de eigenschappen nodig, de biologische activiteit, een kristalstructuur, een referentiespectrum of een octrooi. Elk van die vragen hoort bij een andere database. Deze gids legt uit wat elke grote gratis chemische database is, waar hij goed voor is, hoe groot hij is, wat de licentie toestaat en hoe je hem doorzoekt, met echte voorbeeld-URL's die we voor publicatie hebben getest. Alle cijfers hieronder zijn **in oktober 2026 gecontroleerd** aan de hand van de officiële sites of API's. De omvang van databases verandert bij elke release, dus zie ze als momentopnamen, niet als constanten. Gratis chemische databases gegroepeerd naar gegevenstype: verbindingen, bioactiviteit, screening, natuurstoffen, 3D-structuren, spectra en octrooien, gekoppeld door UniChem. ## Wat is een chemische database? Een **chemische database** is een doorzoekbare verzameling chemische structuren gekoppeld aan gegevens erover: namen, identifiers, berekende eigenschappen, experimentele metingen, biologische activiteiten, 3D-coördinaten, spectra of de documenten waarin ze zijn beschreven. De meeste moderne databases kun je doorzoeken op naam, op identifier (CAS-nummer, InChIKey, [SMILES](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/smiles-to-structure.html)) of door een structuur te tekenen, en veel bieden een gratis REST-API voor programmatische toegang. Het belangrijkste om te begrijpen is dat **geen enkele database alles doet**. Ze verschillen in focus: - **Encyclopedieën van verbindingen** (PubChem, ChEBI) beantwoorden "wat is dit molecuul?" - **Bioactiviteitsdatabases** (ChEMBL, DrugBank) beantwoorden "wat doet dit molecuul met een eiwit?" - **Screeningbibliotheken** (ZINC) beantwoorden "welke vergelijkbare moleculen kan ik kopen of docken?" - **Structuurdatabases** (RCSB PDB) beantwoorden "hoe zit dit molecuul in zijn target?" - **Spectrale databases** (nmrshiftdb2, MassBank, NIST WebBook) beantwoorden "hoe zou het spectrum eruit moeten zien?" - **Gespecialiseerde collecties** (COCONUT voor natuurstoffen, SureChEMBL voor octrooien) dekken niches die de grote missen. ## Hoe verhouden de gratis chemische databases zich tot elkaar? | Database | Focus | Omvang (gecontroleerd okt. 2026) | Het best voor | API | Licentie | | --- | --- | --- | --- | --- | --- | | **PubChem** | Algemene verbindingen, stoffen, bioassays | ~124 mln. verbindingen, ~349 mln. stoffen | Identifiers, eigenschappen, brede zoekopdrachten | PUG-REST, PUG-View | Gratis; voorwaarden voor hergebruik verschillen per inzender | | **ChEMBL** | Samengestelde bioactiviteit | 2,92 mln. verbindingen, 24,5 mln. activiteiten, 18.552 targets (ChEMBL 37) | SAR, potentie, drug targets | REST (JSON/XML) | CC BY-SA 3.0 | | **ChEBI** | Samengesteld woordenboek van kleine moleculen + ontologie | 201.471 items, 61.961 volledig samengesteld (release 244) | Definities, klassen, biologische rollen | REST (ChEBI 2.0) | CC BY 4.0 | | **ZINC-22** | Koopbare "make-on-demand"-verbindingen | ~54,9 mld. (2D), ~5,9 mld. (3D) | Virtuele screening, analogen kopen | Web (CartBlanche), bulkdownload | Gratis te gebruiken; geen herdistributie van grote delen zonder toestemming | | **RCSB PDB** | 3D-structuren van macromoleculen | 260.724 items | Eiwit-ligandcomplexen, voorbereiding voor docking | Data API, Search API | CC0 1.0 | | **UniChem** | Koppeling van identifiers | 25 bronnen | ID's omzetten tussen databases | REST | Gratis (voorwaarden van EMBL-EBI); licenties van de bronnen gelden | | **nmrshiftdb2** | NMR-spectra + voorspelling | 271.817 structuren, 70.030 gemeten spectra | Referentie en voorspelling voor ¹H/¹³C-NMR | Web; nieuwe REST-interface | Open-contentlicentie | | **MassBank (Europa)** | Experimentele massaspectra | 139.006 records | MS/MS-matching, metabolomics | REST | Creative Commons per record | | **COCONUT 2.0** | Natuurstoffen | 738.829 unieke moleculen, 71 collecties | Ontdekking van natuurstoffen | REST (inloggen vereist) | CC0 (gegevens) | | **SureChEMBL** | Chemie uit octrooien | 116,6 mln. octrooidocumenten (mei 2025) | Stand van de techniek, octrooilandschap | REST | CC BY 4.0 | | **DrugBank** | Geneesmiddelen en drug targets | n.v.t. (niet gecontroleerd) | Details van goedgekeurde geneesmiddelen | Betaalde API | Gratis voor academisch gebruik, CC BY-NC 4.0; commerciële licentie nodig | | **NIST Chemistry WebBook** | Thermochemie, IR, EI-MS | n.v.t. (niet gecontroleerd) | Referentie-IR/MS, fysische gegevens | Alleen web | NIST Standard Reference Data (auteursrechtelijk beschermd) | ## Wat is PubChem? De grootste gratis chemische database **PubChem is de grootste gratis chemische database ter wereld, beheerd door het Amerikaanse National Center for Biotechnology Information (NCBI).** Het bundelt gegevens van meer dan duizend bijdragers in gekoppelde collecties: Substance (wat inzenders hebben ingediend), Compound (unieke gestandaardiseerde structuren), BioAssay, Protein, Gene, Pathway en Patent. - **Omvang:** ongeveer 124 miljoen verbindingen en 349 miljoen stoffen op de homepage van PubChem (gecontroleerd in oktober 2026). De peer-reviewed [PubChem-update van 2025](https://doi.org/10.1093/nar/gkae1059) meldde 118,6 miljoen verbindingen per september 2024. - **Gebruikt voor:** opzoeken van namen, synoniemen, CAS-nummers, formules, berekende eigenschappen (XLogP, TPSA), veiligheidsgegevens, leveranciers en literatuur. - **Wie gebruikt het:** studenten, docenten, analytisch chemici, toxicologen, chemo-informatici en iedereen die snel een betrouwbare identifier nodig heeft. - **Toegang:** zoeken op het web met een structuurtekenaar, en de gratis PUG-REST-API. PubChem vraagt programmatische gebruikers onder **5 verzoeken per seconde** te blijven. - **Licentie:** gratis te gebruiken; hergebruiksrechten volgen de afzonderlijke gegevensbron, dus controleer de bron voordat je gegevens herdistribueert. **Zoekvraag in gewone taal:** "Geef me de formule, [molecuulmassa](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/molecular-weight-calculator.html), SMILES en InChIKey van aspirine." ``` https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/aspirin/property/MolecularFormula,MolecularWeight,SMILES,InChIKey/JSON ``` Echt antwoord (ingekort): ``` {"PropertyTable": {"Properties": [{ "CID": 2244, "MolecularFormula": "C9H8O4", "MolecularWeight": "180.16", "SMILES": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "InChIKey": "BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}]}} ``` **Let op:** PubChem heeft zijn SMILES-eigenschappen hernoemd. Vragen naar het oude `CanonicalSMILES` werkt nog, maar het antwoord heet nu `ConnectivitySMILES` (zonder stereochemie). Vraag naar `SMILES` als je de volledige string met stereochemie wilt. Meer geteste zoekopdrachten in PubChem: - InChIKey naar CID: `https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/inchikey/BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N/cids/JSON` geeft `2244`. - 2D-similariteit (≥90%) met cetirizine: `https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsimilarity_2d/cid/2678/cids/JSON?Threshold=90&MaxRecords=10` - Substructuurzoekopdracht vanuit SMILES: `https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsubstructure/smiles/c1ccc(cc1)C(c1ccc(Cl)cc1)N1CCNCC1/cids/JSON?MaxRecords=10` ## Wat is ChEMBL? Dé bioactiviteitsdatabase **ChEMBL is een handmatig samengestelde database van bioactieve, geneesmiddelachtige moleculen, beheerd door het European Bioinformatics Institute van EMBL (EMBL-EBI).** De kern bestaat uit gemeten activiteitsgegevens, zoals IC50-, Ki- en EC50-waarden, gehaald uit tijdschriftartikelen en gedeponeerde datasets, elk gekoppeld aan een verbinding, een assay en een biologisch target. - **Omvang (ChEMBL 37, mei 2026):** 2.921.148 verschillende verbindingen, 24.527.044 activiteiten, 18.552 targets en 101.100 publicaties, volgens het statusendpoint van de ChEMBL-API. - **Gebruikt voor:** structuur-activiteitsrelaties (SAR), bekende actieve stoffen voor een target vinden, trainingssets voor machine learning bouwen en de goedkeuringsfase van geneesmiddelen controleren. - **Wie gebruikt het:** medicinaal chemici, farmacologen, computationeel chemici en datawetenschappers. - **Toegang:** webinterface en een gratis REST-API (JSON of XML), plus volledige downloads (SQLite, PostgreSQL, SDF). - **Licentie:** CC BY-SA 3.0. ChEMBL vraagt de ChEMBL-ID's en het releasenummer te behouden als je de gegevens hergebruikt. **Zoekvraag in gewone taal:** "Zoek aspirine in ChEMBL." ``` https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule/search.json?q=aspirin ``` De eerste treffer is `CHEMBL25` (ASPIRIN, max. fase 4, dus goedgekeurd), met SMILES `CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O`. **Zoekvraag in gewone taal:** "Welke potentiewaarden heeft ChEMBL voor cetirizine (CHEMBL1000) op de humane histamine-H1-receptor (CHEMBL231)?" ``` https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?molecule_chembl_id=CHEMBL1000&target_chembl_id=CHEMBL231&pchembl_value__isnull=false ``` Echt antwoord (ingekort tot twee van de 12 teruggegeven records): ``` {"activities": [ {"standard_type": "Ki", "standard_value": "14.0", "standard_units": "nM", "pchembl_value": "7.85", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}, {"standard_type": "Ki", "standard_value": "5.89", "standard_units": "nM", "pchembl_value": "8.23", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}]} ``` ### PubChem vs. ChEMBL: wat is het verschil? **PubChem is breed; ChEMBL is diep.** PubChem probeert elke chemische stof op te nemen die iemand ooit heeft gedeponeerd, en is dus de beste plek om een verbinding te identificeren. ChEMBL bevat veel minder verbindingen, maar stelt hun biologische activiteit samen in een consistent formaat (standaardeenheden, pChEMBL-waarden, gekoppelde targets), en is dus de betere plek voor de vraag "hoe potent is het, en waarop?" In de praktijk gebruik je beide: PubChem om de structuur en identifiers te bevestigen, ChEMBL om de farmacologie te lezen. ## Wat is ChEBI? Een samengesteld woordenboek van kleine moleculen **ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) is een handmatig samengesteld woordenboek en ontologie van kleine moleculen, beheerd door EMBL-EBI.** Samengestelde items hebben een definitie, structuur, synoniemen en ontologielinks die zeggen wat het molecuul *is* (bijv. "a member of the class of benzoic acids") en welke *rol* het heeft (bijv. "non-steroidal anti-inflammatory drug"). - **Omvang:** 201.471 items, waarvan 61.961 volledig samengestelde "3-sterren"-items (release 244, vermeld in het artikel uit 2026 in *Nucleic Acids Research*). - **Gebruikt voor:** consistente naamgeving en classificatie, annotatie van gegevens uit metabolomics en systeembiologie, en onderwijs over functionele groepen en stofklassen. - **Toegang:** ChEBI 2.0 (gelanceerd in oktober 2025) heeft een nieuwe website en REST-API; de oude SOAP-services zijn uitgefaseerd. - **Licentie:** CC BY 4.0. **Zoekvraag in gewone taal:** "Wat is CHEBI:15365?" ``` https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/compound/CHEBI:15365/ ``` Het antwoord geeft `"name": "acetylsalicylic acid"`, formule `C9H8O4`, monoisotopische massa `180.04226` en de definitietekst. Zoeken op tekst werkt ook: `https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/es_search/?term=aspirin`. ## Wat is ZINC? Miljarden verbindingen voor virtuele screening **ZINC is een gratis database van commercieel verkrijgbare ("tastbare") verbindingen, voorbereid voor virtuele screening en gebouwd door de groepen van Irwin en Shoichet aan UCSF.** ZINC-22 richt zich op enorme make-on-demandcatalogi van Enamine, WuXi en Mcule, terwijl zusterdatabase ZINC20 kleinere catalogi met voorraad dekt. ZINC15 is de oudere generatie die veel [tutorials](https://www.moldraw.com/learn/) nog noemen. - **Omvang:** ongeveer 54,9 miljard moleculen in 2D en 5,9 miljard in 3D-formaten die klaar zijn voor docking (homepage van CartBlanche22, gecontroleerd in oktober 2026). Het [artikel over ZINC-22](https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c01253) meldde bij publicatie 37 miljard 2D-moleculen, wat laat zien hoe snel het groeit. - **Gebruikt voor:** dockingcampagnes, koopbare analogen vinden en 3D-bestanden downloaden die klaar zijn voor docking, met ladingen en conformaties. - **Wie gebruikt het:** computationeel chemici, structuurbiologen en academische screeninggroepen. - **Toegang:** de webinterface CartBlanche (zoeken op similariteit, substructuur en ID), bulkdownloads en kopieën in de cloud. - **Licentie:** "free to use and download for everyone"; je mag geen grote delen herdistribueren zonder schriftelijke toestemming (UCSF ZINC-licentie). **Zoekvraag in gewone taal:** "Zoek koopbare verbindingen die lijken op cetirizine." Plak de SMILES `OC(=O)COCCN1CCN(CC1)C(c1ccccc1)c1ccc(Cl)cc1` in de similariteitszoekopdracht op [cartblanche22.docking.org](https://cartblanche22.docking.org/). **Eerlijke opmerking:** tijdens het schrijven van deze gids konden we zoekopdrachten in ZINC niet betrouwbaar via scripts uitvoeren. De pagina's van ZINC15/ZINC20 zitten achter een captcha, en de zoektaken die we programmatisch bij CartBlanche22 indienden, kwamen leeg terug. Voor de meeste gebruikers is de webinterface de aanbevolen route. ## Wat is de RCSB PDB? 3D-structuren van eiwitten en liganden **De Protein Data Bank (PDB) is het enige wereldwijde archief van experimenteel bepaalde 3D-structuren van eiwitten, nucleïnezuren en hun complexen; RCSB PDB is het Amerikaanse datacentrum en zoekportaal ervan.** Voor chemici zit de waarde in de gebonden liganden: je ziet precies hoe een klein molecuul in zijn bindingsholte zit. - **Omvang:** 260.724 actuele items (holdings-API van RCSB, gecontroleerd in oktober 2026). - **Gebruikt voor:** bindingswijzen bestuderen, receptoren voorbereiden voor docking, onderwijs over eiwitstructuur en elke structuur vinden die een bepaald ligand bevat. - **Toegang:** web, de Data API (`data.rcsb.org`) en de Search API (`search.rcsb.org`), die zoeken op tekst, sequentie en chemie ondersteunt. - **Licentie:** PDB-gegevens worden vrijgegeven onder CC0 1.0 (publiek domein). **Zoekvraag in gewone taal:** "Toon het ligandrecord van aspirine (component-ID `AIN`)." ``` https://data.rcsb.org/rest/v1/core/chemcomp/AIN ``` Dit geeft de naam `2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID` en de formule `C9 H8 O4`. **Zoekvraag in gewone taal:** "Welke PDB-items bevatten aspirine?" (Search API; plak het in een browser, die de JSON voor je URL-codeert): ``` https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query?json={"query":{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_nonpolymer_instance_annotation.comp_id","operator":"exact_match","value":"AIN"}},"return_type":"entry"} ``` Echt antwoord (ingekort): `"total_count": 8`, met items zoals `1OXR`, `1TGM` en `3GCL`. Een chemische zoekopdracht met de SMILES van aspirine (`service: "chemical"`) gaf ook `AIN` als beste match. Je kunt elk van deze items via zijn PDB-ID laden in de [eiwitviewer van MolDraw](https://www.moldraw.com/nl/tools/protein-viewer/) of het openen op rcsb.org. ## Wat is UniChem? ID's vertalen tussen databases **UniChem is de dienst van EMBL-EBI voor het kruislings koppelen van identifiers: geef één structuuridentifier en je krijgt de bijbehorende ID's in andere databases.** Het koppelt records via de standaard-InChI/InChIKey, en werkt dus zodra twee databases dezelfde structuur bevatten. - **Omvang:** 25 bronnen in de UniChem-API, waaronder ChEMBL, PubChem, ChEBI, DrugBank, RCSB PDB, PDBe, SureChEMBL, HMDB, BindingDB en nmrshiftdb2 (gecontroleerd in oktober 2026). - **Gebruikt voor:** datasets samenvoegen, van een ChEMBL-ID naar een PDB-ligandcode springen en controleren waar een verbinding nog meer voorkomt. - **Toegang:** web en REST-API (`/unichem/api/v1/`). - **Licentie:** gratis te gebruiken onder de gebruiksvoorwaarden van EMBL-EBI; de gegevens achter elk gekoppeld ID houden de licentie van hun bron. **Zoekvraag in gewone taal:** "Waar komt de InChIKey van aspirine nog meer voor?" ``` curl -X POST https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/v1/compounds \ -H "Content-Type: application/json" \ -d '{"type":"inchikey","compound":"BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}' ``` Het antwoord koppelt hem onder meer aan `CHEMBL25`, `CHEBI:15365`, PubChem-CID `2244`, DrugBank `DB00945`, PDB-ligand `AIN` en Guide to Pharmacology `4139`. UniChem koppelt de InChIKey van aspirine aan de ID's in ChEMBL, ChEBI, PubChem, RCSB PDB, DrugBank en Guide to Pharmacology. ## Wat is nmrshiftdb2? Een gratis database met NMR-spectra **nmrshiftdb2 is een open, peer-reviewed webdatabase van organische structuren en hun NMR-spectra, met ingebouwde voorspelling van ¹H- en ¹³C-verschuivingen.** De kern bestaat uit volledig toegekende spectra, vaak met ruwe data. - **Omvang:** 271.817 structuren, 70.030 gemeten spectra en 396.583 berekende spectra (teller op de homepage, gecontroleerd in oktober 2026). - **Gebruikt voor:** een toekenning controleren, referentieverschuivingen voor een stofklasse vinden en onderwijs over het interpreteren van NMR. - **Toegang:** zoeken op het web op structuur, substructuur, spectrum en andere eigenschappen; de site kondigde in juni 2026 een nieuwe REST-interface aan (die hebben we niet getest). - **Licentie:** de software is open source en de gegevens worden gepubliceerd onder een open-contentlicentie. **Zoekvraag in gewone taal:** "Zoek gemeten ¹³C-spectra van verbindingen met een 4-chloorbenzhydrylgroep." Teken het fragment in het zoektabblad van nmrshiftdb2 en voer een substructuurzoekopdracht uit. Voor een snelle schatting vooraf voorspelt de tool [structuur naar NMR](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/structure-to-nmr.html) van MolDraw een spectrum uit je tekening. ## Wat is MassBank? Experimentele MS/MS-spectra **MassBank is een open verzameling van experimentele massaspectra van kleine moleculen, bijgedragen door laboratoria over de hele wereld.** De voorbeelden hier gebruiken MassBank Europe (massbank.eu). Elk record beschrijft één spectrum: verbinding, instrument, ionisatie, botsingsenergie en de piekenlijst. - **Omvang:** 139.006 records (telling via de MassBank-API, gecontroleerd in oktober 2026). - **Gebruikt voor:** onbekenden identificeren in LC-MS/MS en metabolomics, fragmentatiepatronen vergelijken en onderwijs over massaspectrometrie. - **Toegang:** zoeken op het web (naam, formule, pieken) en een REST-API. - **Licentie:** elk record heeft een eigen Creative Commons-licentie (standaard CC BY, maar sommige zijn CC0, CC BY-SA of niet-commercieel), dus controleer het veld `license` voordat je hergebruikt. **Zoekvraag in gewone taal:** "Toon MassBank-spectra van cafeïne." ``` https://massbank.eu/MassBank-api/records/search?compound_name=caffeine ``` Dit gaf 134 recordnummers. Eén ervan ophalen, `https://massbank.eu/MassBank-api/records/MSBNK-ACES_SU-AS000088`, geeft een LC-APCI-Orbitrap-MS2-spectrum van [M+H]⁺ met de precursor bij *m/z* 195,088 en een belangrijk fragment bij *m/z* 138,067, met licentie CC BY. ## Wat is COCONUT? De open database van natuurstoffen **COCONUT (COlleCtion of Open NatUral producTs) is de grootste open verzameling structuren van natuurstoffen, samengesteld door de groep van Steinbeck aan de Friedrich-Schiller-Universität Jena.** Versie 2.0 koppelt elk molecuul aan de organismen waaruit het komt, de literatuur en stereochemische varianten. - **Omvang:** 738.829 unieke moleculen uit 71 collecties, met 73.137 organismen (statistiekpagina van COCONUT, gecontroleerd in oktober 2026). Het [artikel over COCONUT 2.0](https://doi.org/10.1093/nar/gkae1063) meldde 695.133 bij de release in september 2024. - **Gebruikt voor:** dereplicatie van natuurstoffen, ideeën voor scaffolds en screeningsets samenstellen. - **Toegang:** zoeken op het web (naam, structuur, substructuur, similariteit) en volledige downloads als SDF/SQL. De REST-API bestaat, maar vereist inloggen met een gratis account, dus die hebben we voor deze gids niet gebruikt. - **Licentie:** gegevens CC0; code MIT. **Zoekvraag in gewone taal:** "Toon natuurstoffen die lijken op cafeïne." Plak de SMILES van cafeïne `CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C` in de structuurzoekopdracht op [coconut.naturalproducts.net](https://coconut.naturalproducts.net/search). ## Wat is SureChEMBL? Chemie uit octrooien **SureChEMBL is de gratis octrooichemiedatabase van EMBL-EBI: het doorzoekt de tekst en afbeeldingen van octrooidocumenten en haalt de genoemde chemische structuren eruit.** Het is de makkelijkste gratis manier om te vragen "welke octrooien bevatten deze structuur?" - **Omvang:** SureChEMBL 2.0 (mei 2025) dekt ongeveer 116,6 miljoen octrooidocumenten van vijf instanties (CNIPA, EPO, JPO, USPTO, WIPO); USPTO alleen leverde ongeveer 19,9 miljoen unieke verbindingen. - **Gebruikt voor:** controles op de stand van de techniek, octrooilandschappen en reeksen verbindingen opmerken voordat ze in tijdschriften verschijnen. - **Toegang:** zoeken op het web op structuur of trefwoord, een REST-API en Parquet-bulkbestanden die elke twee weken worden bijgewerkt. - **Licentie:** CC BY 4.0. **Zoekvraag in gewone taal:** "Zoek de naam cetirizine op als verbinding in SureChEMBL." ``` https://www.surechembl.org/api/chemical/name/cetirizine ``` Echt antwoord (ingekort): `"chemical_id": "4176"`, `"inchi_key": "ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N"`. Daarna kun je in de webinterface zoeken naar octrooien die die structuur bevatten. ## En DrugBank en het NIST Chemistry WebBook? **DrugBank** is een gedetailleerde kennisbank van goedgekeurde geneesmiddelen en geneesmiddelen in onderzoek, hun targets, metabolisme en interacties. Bekijken is gratis, maar voor downloads heb je een account nodig; academische datasets hebben een CC BY-NC 4.0-licentie voor niet-commercieel gebruik, en voor commercieel gebruik is een betaalde licentie nodig. Zie het als "gratis te lezen, niet gratis te hergebruiken". **Het NIST Chemistry WebBook** (NIST Standard Reference Database 69) biedt thermochemische gegevens, IR-spectra in de gasfase en massaspectra met elektronionisatie voor veel kleine moleculen. Je kunt er gratis online in zoeken, bijvoorbeeld `https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Name=caffeine&Units=SI`, maar de gegevens zijn auteursrechtelijk beschermd en voor herdistributie in bulk is toestemming van NIST nodig. ## Welke chemische database moet ik gebruiken? | Jouw vraag | Begin met | Probeer daarna | | --- | --- | --- | | Wat is deze verbinding? Naam, formule, CAS, eigenschappen | PubChem | ChEBI | | Hoe potent is het, en op welk target? | ChEMBL | PubChem BioAssay | | Tot welke klasse hoort het, en wat is de biologische rol? | ChEBI | PubChem | | Welke vergelijkbare verbindingen kan ik kopen of docken? | ZINC-22 | PubChem (leveranciers) | | Hoe bindt een ligand aan zijn eiwit? | RCSB PDB | ChEMBL (targetgegevens) | | Ik heb een ID uit database A; wat is het in database B? | UniChem | Kruisverwijzingen in PubChem | | Hoe zou het ¹H/¹³C-NMR eruit moeten zien? | nmrshiftdb2 | NMR-voorspelling van MolDraw | | Past mijn MS/MS-spectrum bij een bekende verbinding? | MassBank | NIST WebBook (EI-MS) | | Is het een natuurstof, en uit welk organisme? | COCONUT | ChEBI | | Staat deze structuur in een octrooi? | SureChEMBL | PubChem Patent | | Details over een goedgekeurd geneesmiddel? | DrugBank (bekijken) | ChEMBL | | Thermochemie of referentie-IR? | NIST WebBook | PubChem | ## Hoe gebruik ik deze databases met MolDraw? De meeste databases zoeken het best met een machineleesbare identifier in plaats van een naam. MolDraw geeft je die identifiers rechtstreeks uit een tekening: 1. **Teken** de structuur in de [MolDraw-editor](https://www.moldraw.com/nl/) (of plak een naam met [naam naar structuur](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/name-to-structure.html)). 2. **Copy SMILES** in de bovenste optierij. *Copy as…* in het contextmenu geeft ook de formaten InChI en MOL (zie het [hoofdstuk over SMILES in de MolDraw-cursus](https://www.moldraw.com/docs/import-export/how-to-copy-and-paste-smiles-inchi-and-mol/)). 3. **Maak een InChIKey** met de [converter van SMILES naar InChIKey](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/smiles-to-inchikey-converter.html). InChIKeys zijn de betrouwbaarste sleutel voor exacte matches in PubChem, ChEMBL, ChEBI en UniChem. 4. **Doorzoek**: plak de SMILES in het structuurzoekvak van een database, of zet de InChIKey in een van de REST-URL's hierboven. 5. **Haal resultaten terug**: zet een PubChem-CID om met de [converter van CID naar SMILES](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/cid-to-smiles-converter.html) of een InChIKey met [InChIKey naar SMILES](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/inchikey-to-smiles-converter.html) en plak die daarna in MolDraw om te bewerken. Werkwijze: teken in MolDraw, kopieer de SMILES of maak een InChIKey, doorzoek een database en lees de resultaten. ## Uitgewerkt voorbeeld: hoe vergelijk ik analogen van cetirizine? Stel dat je het antihistaminicum **cetirizine** bestudeert en wilt weten welke nauwe analogen er bestaan, hoe potent ze zijn en of je nieuwe kunt kopen. Hier is een werkwijze met drie databases; elk getal komt uit de live zoekopdrachten die we hebben uitgevoerd. **Stap 1: identificeer het in PubChem.** Teken cetirizine in MolDraw, kopieer de SMILES en zoek het op: ``` https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/cetirizine/property/MolecularFormula,MolecularWeight,InChIKey,XLogP,TPSA/JSON ``` PubChem geeft CID 2678, C21H25ClN2O3, MW 388,9, XLogP 1,7, TPSA 53 en InChIKey `ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N`. **Stap 2: zoek analogen in PubChem.** De zoekopdracht op 2D-similariteit (drempel 90) geeft verwanten, waaronder hydroxyzine (CID 3658, het moedergeneesmiddel van cetirizine) en levocetirizine (CID 1549000, het enkelvoudige enantiomeer), plus hun zouten. Een substructuurzoekopdracht op de chloorbenzhydrylpiperazinekern voegt chloorcyclizine, meclizine en buclizine toe. **Stap 3: vergelijk de activiteit in ChEMBL.** Zoek de InChIKey op in ChEMBL: ``` https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule.json?molecule_structures__standard_inchi_key=ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N ``` Dit geeft `CHEMBL1000` (max. fase 4, voor het eerst goedgekeurd in 1995). De activiteitsrecords omvatten Ki-waarden voor de humane H1-receptor tussen 5,89 en 79 nM (pChEMBL 7,1–8,2) en een veel zwakkere IC50 voor hERG (KCNH2) van ongeveer 30 µM (pChEMBL ongeveer 4,5). Zo'n venster van ruwweg drie ordegroottes is het soort selectiviteitsvergelijking die ChEMBL makkelijk maakt. Een similariteitszoekopdracht, `https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/similarity/ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N/80.json`, toont levocetirizine en zoutvormen van cetirizine om op dezelfde manier te vergelijken. **Stap 4: zoek koopbare analogen in ZINC.** Plak de SMILES in de similariteitszoekopdracht van CartBlanche22 om make-on-demandverbindingen te zien die de zure zijketen of de arylringen variëren. Controleer daarna de eigenschappen van interessante treffers in MolDraw, bijvoorbeeld met de [calculator regel van Lipinski](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/lipinski-rule-calculator.html). **Tip voor de interpretatie:** activiteitswaarden uit verschillende artikelen zijn in verschillende assays gemeten. Vergelijk pChEMBL-waarden voor hetzelfde target en hetzelfde type assay, en wees voorzichtig met losse metingen. ## Hoe doorzoek ik chemische databases goed? - **Gebruik bij voorkeur InChIKeys voor exacte matches** en SMILES voor similariteits- of substructuurzoekopdrachten. Namen zijn dubbelzinnig ("vitamine C", zouten, merknamen). - **Let op zouten en stereo-isomeren.** Cetirizine, cetirizinedihydrochloride en levocetirizine zijn in elke database verschillende records. - **Noteer de release of datum.** Citeer ChEMBL met het releasenummer en noteer de datum waarop je PubChem hebt doorzocht. - **Respecteer de snelheidslimieten.** PubChem vraagt om niet meer dan 5 verzoeken per seconde; bundel grote taken of download de bulkbestanden. - **Controleer de licentie voordat je herdistribueert.** Bekijken is overal in deze gids gratis; gegevens opnieuw publiceren niet altijd. ### Belangrijkste punten - **PubChem** is de grootste gratis chemische database en de beste eerste stop om een verbinding te identificeren. - **ChEMBL** is de beste gratis bioactiviteitsdatabase: samengestelde potentiegegevens gekoppeld aan targets. - **ChEBI** classificeert moleculen; **UniChem** vertaalt ID's tussen databases. - **ZINC-22** is voor virtuele screening en het kopen van analogen; **RCSB PDB** voor 3D-bindingswijzen. - **nmrshiftdb2**, **MassBank** en het **NIST WebBook** dekken NMR, MS/MS en IR/thermochemie. - **COCONUT** dekt natuurstoffen en **SureChEMBL** octrooien. - Teken in MolDraw, kopieer de SMILES, maak een InChIKey, en je kunt ze allemaal doorzoeken. ## FAQ ### Wat is de grootste gratis chemische database? PubChem is de grootste gratis chemische database, met ongeveer 124 miljoen unieke verbindingen en 349 miljoen gedeponeerde stoffen (gecontroleerd in oktober 2026). ZINC-22 bevat meer moleculen (ongeveer 54,9 miljard), maar de meeste daarvan zijn virtuele make-on-demandverbindingen voor screening, geen gekarakteriseerde stoffen. ### Wat is het verschil tussen PubChem en ChEMBL? PubChem is een brede verzameldatabase die elke gedeponeerde chemische stof probeert te omvatten, en is dus het best voor identificatie en eigenschappen. ChEMBL is kleiner maar handmatig samengesteld voor bioactiviteit, met gestandaardiseerde potentiewaarden gekoppeld aan targets, en is dus het best voor vragen over structuur-activiteit en geneesmiddelonderzoek. ### Is ZINC gratis voor commercieel gebruik? Volgens de UCSF ZINC-licentie is ZINC voor iedereen gratis te gebruiken en te downloaden, ook voor bedrijven. De beperking zit in herdistributie: je mag geen grote delen van ZINC herdistribueren zonder schriftelijke toestemming van het ZINC-team. De verbindingen zelf moeten bij de vermelde leveranciers worden gekocht. ### Welke gratis database heeft NMR-spectra? nmrshiftdb2 is de belangrijkste gratis NMR-database, met 70.030 gemeten spectra voor 271.817 structuren (gecontroleerd in oktober 2026) en ingebouwde ¹H- en ¹³C-voorspelling. Verbindingspagina's in PubChem linken ook naar spectra uit andere bronnen, en het NIST Chemistry WebBook bevat IR- en massaspectra in plaats van NMR. ### Welke gratis database heeft massaspectra? MassBank bevat 139.006 records van experimentele massaspectra (gecontroleerd in oktober 2026), vooral MS/MS-spectra van kleine moleculen, met Creative Commons-licenties per record. Het NIST Chemistry WebBook biedt online massaspectra met elektronionisatie voor veel kleine moleculen. ### Kan ik chemische databases doorzoeken op structuur? Ja. PubChem, ChEMBL, ChEBI, ZINC, RCSB PDB, nmrshiftdb2, COCONUT en SureChEMBL ondersteunen allemaal zoeken op structuur, meestal door te tekenen of SMILES te plakken. Je kunt het molecuul in MolDraw tekenen, de SMILES kopiëren en die in het structuurzoekvak van de database plakken, of exacte, substructuur- of similariteitszoekopdrachten via hun API's gebruiken. ### Welke chemische database is het best voor studenten? Begin met PubChem voor namen, eigenschappen en veiligheidsgegevens, ChEBI voor definities en stofklassen, en de RCSB PDB voor 3D-structuren. Alle drie zijn gratis, vragen geen account en hebben een duidelijke webinterface. Voeg ChEMBL toe als je farmacologie studeert, en nmrshiftdb2 als je NMR leert. ### Wat is een bioactiviteitsdatabase? Een bioactiviteitsdatabase bevat gemeten effecten van verbindingen op biologische targets, zoals IC50-, Ki- of EC50-waarden, gekoppeld aan de assay en het eiwit. ChEMBL is de toonaangevende gratis bioactiviteitsdatabase; PubChem BioAssay bevat screeningresultaten die door laboratoria en screeningcentra zijn gedeponeerd. ### Is DrugBank gratis? DrugBank is gratis online te bekijken, en academische gebruikers kunnen na registratie datasets downloaden onder een CC BY-NC 4.0-licentie. Voor commercieel gebruik, ook in commerciële producten of diensten, is een betaalde licentie van DrugBank nodig. ### Hoe zet ik een PubChem-CID om in een ChEMBL-ID? Gebruik UniChem. Zoek de InChIKey van de verbinding op (PubChem toont die op elke verbindingspagina) en stuur die naar de compounds-API van UniChem, die de bijbehorende identifiers in ChEMBL, ChEBI, DrugBank, PDB en andere teruggeeft. Voor aspirine koppelt de InChIKey BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N CID 2244 aan CHEMBL25. ## Bronnen - PubChem: [pubchem.ncbi.nlm.nih.gov](https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) · [Documentatie PUG-REST](https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/pug-rest) · Kim S. *et al.* PubChem 2025 update, *Nucleic Acids Res.* 2025, [doi:10.1093/nar/gkae1059](https://doi.org/10.1093/nar/gkae1059) - ChEMBL: [ebi.ac.uk/chembl](https://www.ebi.ac.uk/chembl/) · [API-documentatie](https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/docs) · [Licentie en over ChEMBL](https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/about) · [Aankondiging release ChEMBL 37](https://chembl.blogspot.com/2026/05/chembl-37-is-here-bigger-cleaner-and.html) - ChEBI: [ebi.ac.uk/chebi](https://www.ebi.ac.uk/chebi/) · [Lancering ChEBI 2.0](https://www.ebi.ac.uk/about/news/updates-from-data-resources/chebi-2-0-launches/) · ChEBI: re-engineered for a sustainable future, *Nucleic Acids Res.* 2026, [academic.oup.com/nar/article/54/D1/D1768/8349173](https://academic.oup.com/nar/article/54/D1/D1768/8349173) - ZINC: [CartBlanche22](https://cartblanche22.docking.org/) · Tingle B. I. *et al.* ZINC-22, *J. Chem. Inf. Model.* 2023, [doi:10.1021/acs.jcim.2c01253](https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c01253) · [UCSF ZINC-licentie](https://wiki.docking.org/index.php?title=UCSF_ZINC_License) - RCSB PDB: [rcsb.org](https://www.rcsb.org/) · [Data API](https://data.rcsb.org/) · [Search API](https://search.rcsb.org/) · [Gebruiksbeleid](https://www.rcsb.org/pages/usage-policy) - UniChem: [ebi.ac.uk/unichem](https://www.ebi.ac.uk/unichem/) · [API-documentatie](https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/docs) - nmrshiftdb2: [nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de](https://nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de/) - MassBank: [massbank.eu](https://massbank.eu/MassBank/) · [MassBank-API](https://massbank.eu/MassBank-api/) · [Recordformaat en licenties](https://github.com/MassBank/MassBank-web/blob/main/Documentation/MassBankRecordFormat.md) - COCONUT: [coconut.naturalproducts.net](https://coconut.naturalproducts.net/) · Chandrasekhar V. *et al.* COCONUT 2.0, *Nucleic Acids Res.* 2025, [doi:10.1093/nar/gkae1063](https://doi.org/10.1093/nar/gkae1063) - SureChEMBL: [surechembl.org](https://www.surechembl.org/) · [Aankondiging SureChEMBL 2.0](https://www.ebi.ac.uk/about/news/updates-from-data-resources/surechembl-2-0-is-here/) · [FAQ en licentie](https://chembl.gitbook.io/surechembl/faq) - DrugBank: [go.drugbank.com](https://go.drugbank.com/) · [Academische licenties](https://www.drugbank.com/academic_research) - NIST Chemistry WebBook: [webbook.nist.gov/chemistry](https://webbook.nist.gov/chemistry/) · [Licenties NIST SRD](https://www.nist.gov/open/license) ## Verwante MolDraw-tools en -gidsen [MolDraw-editor](https://www.moldraw.com/nl/) [Structuur naar SMILES](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/structure-to-smiles-converter.html) [SMILES naar InChIKey](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/smiles-to-inchikey-converter.html) [InChIKey naar SMILES](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/inchikey-to-smiles-converter.html) [CID naar SMILES](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/cid-to-smiles-converter.html) [CAS naar SMILES](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/cas-number-to-smiles-converter.html) [Naam naar structuur](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/name-to-structure.html) [Structuur naar NMR](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/structure-to-nmr.html) [Massaspectrumvoorspeller](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/mass-spectrum-predictor.html) [Lipinski-calculator](https://www.moldraw.com/nl/tools/free-chem-tools/lipinski-rule-calculator.html) [Eiwitviewer](https://www.moldraw.com/nl/tools/protein-viewer/) [Moleculepagina aspirine](https://www.moldraw.com/nl/blog/molecules/aspirin.html) [Gids gratis scheikundetools](https://www.moldraw.com/nl/blog/free-chemistry-tools-and-calculators.html) **Rafeeque Mavoor**, hoofd product en ontwikkeling bij MolDraw. Cijfers zijn in oktober 2026 gecontroleerd aan de hand van officiële sites en live API's; zie onze [redactionele richtlijnen](https://www.moldraw.com/nl/pages/editorial-guidelines.html). Laatst bijgewerkt: 14 oktober 2026 ## Verwante tools & gidsen [**NMR-spectrumviewer**1H- en 13C-NMR-bestanden openen](https://www.moldraw.com/nl/tools/nmr-viewer/)[**Massaspectrumviewer**Isotopen, adducten en fragmentverliezen](https://www.moldraw.com/nl/tools/mass-spec-viewer/)[**IR-spectrumviewer**Pieken en functionele groepen vinden](https://www.moldraw.com/nl/tools/ir-viewer/)[**Moleculepagina's**Structuren en eigenschappen](https://www.moldraw.com/nl/blog/molecules/)[**Alle scheikundetools**Converters, calculators, viewers](https://www.moldraw.com/nl/tools/)[**Gratis scheikundetools en rekenmachines**Snel de juiste tool kiezen](https://www.moldraw.com/nl/blog/free-chemistry-tools-and-calculators.html)[**MolDraw-editor**Teken structuren in je browser](https://www.moldraw.com/nl/)