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title: "ブラウザでPDBのタンパク質構造を3D表示：タンパク質ビューアプラグイン | MolDrawブログ"
url: https://www.moldraw.com/ja/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html
description: "4文字のIDで任意のPDBエントリーを読み込み、カートゥーンや表面で表示し、配列から残基のスタイルを設定し、画像をエクスポート。無料のMolDrawタンパク質ビューアの実用ガイド。"
lang: ja
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
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# MolDrawタンパク質ビューアでPDBのタンパク質構造を3D表示する

公開：2026年10月15日 · 著者：Scidart Academy · 読了時間：約5分

![αヘリックスのリボンとβストランドの矢印を持つタンパク質のカートゥーンと、その下にある、一部の残基がハイライトされたアミノ酸配列の帯](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/protein-viewer-plugin.webp)

タンパク質ビューアはPDB構造をカートゥーンで表示し、配列から残基を選択できます。

**要点：**Structureの横の**Protein**タブを開き、1HHOなどの4文字のPDB IDを入力して**Go**を押します。構造が鎖ごとに色分けされたカートゥーンで読み込まれます。**Display**と**Surface**で表示を変え、配列の帯で残基を選択してスタイルを設定し、**Export**で画像やファイルを保存します。ビューアは初期状態で有効になっており、アカウントは不要です。

## なぜタンパク質を3Dで見るのか？

タンパク質の機能はその形に依存します。アミノ酸配列はヘリックスやシートに折りたたまれ、それらが溝やポケットのある三次元構造に詰め込まれます。低分子医薬品は、通常そのポケットの1つにはまり込んで働きます。こうしたことは配列や2Dの図からはまったく見えません。

[Protein Data Bank](https://www.rcsb.org/)（PDB）は、実験的に決定されたタンパク質、DNA、RNAの構造を集めた公開アーカイブです。各エントリーには、ヘモグロビンの1HHOのような4文字のIDがあります。MolDrawのタンパク質ビューアはこれらのエントリーを図の横に読み込むので、別のプログラムを開かずにリガンドからその標的へと移れます。

表示方法によって答えられる問いが異なります。**カートゥーン**は主鎖をたどって二次構造を示します。ヘリックスはらせん、βストランドは矢印です。**スティック**は個々の原子を示し、側鎖や結合部位の接触を見るのに必要です。**表面**は分子の外形を示し、ポケットや溝が見やすくなります。

## ビューアの機能

![ヘモグロビン（PDB 1HHO）を緑と青のカートゥーンの鎖で表示したMolDrawタンパク質ビューア。Open、ID、Go、Display、Surface、Exportの操作部と、下にアミノ酸配列の帯があります](https://www.moldraw.com/docs/img/plugin-proteins-annotated-screenshot.webp)

各鎖を独自の色で表したヘモグロビン（PDB 1HHO）のカートゥーン。配列の帯はビューアの下にあります。

| 読み込み | PDB IDを入力して**Go**を押すとRCSBから取得します。ローカルのPDBファイルなら**Open**を押すか、ファイルをビューアにドロップします。 |
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| 表示 | Cartoon、Ribbon、Stick、Ball & stick、Sphere、Line、Cross。色分けはChain、Amino acid、Shapely、Secondary structure、Hydrophobicity、B-factor、Spectrumから選ぶか、任意の色を指定できます。不透明度も設定できます。 |
| 表面 | 表面の表示・非表示、SAS、SES、VDW、MSの選択、不透明度の設定。 |
| 配列の帯 | 各鎖の1文字表記の配列。残基を選択すると独自のスタイルを設定できます。 |
| エクスポート | GLB、PNG、JPG、PDB、SDF、XYZ、X3D、OBJ。Hi-resオプション付き。 |

## タンパク質ビューアの入手方法

エディターを開かずにちょっと見たいときは、[鎖ごとにスタイル・色・表示を設定できる単体のタンパク質構造ビューア](https://www.moldraw.com/ja/blog/protein-structure-viewer-guide.html)があります。

何もインストールする必要はありません。タンパク質ビューアは初期状態で有効になっており、アカウントなしで使えます。以前にオフにした場合は：

1. [MolDrawエディター](https://www.moldraw.com/ja/)を開きます。
2. **Settings**（歯車）をクリックし、**Plugins**をクリックします。
3. Proteinsの横の**Install**をクリックします。Structureの横に**Protein**タブが表示されます。

## タンパク質の読み込みとスタイル設定の方法

1. **Protein**タブをクリックします。最初に小さな例の構造、クランビン（1CRN）が読み込まれます。
2. **ID**ボックスにPDB IDを入力し（例：`1HHO`）、**Go**またはEnterを押します。
3. **Display**を開きます。Cartoonのままで、ヘリックスとストランドを色分けするには**Secondary structure**を、サブユニットを区別するには**Chain**を選びます。
4. **Surface**を開いて**Show**を押し、下のカートゥーンが見えるように不透明度を下げます。
5. 配列の帯で、残基を1つクリックするか、範囲をドラッグするか、Ctrl/Cmd+クリックで残基を追加・削除します。開いたスタイルパネルで**Style**をStickにし、色を選びます。
6. **Export**を開き、大きな画像が必要なら**Hi-res**にチェックを入れて、PNGを選びます。

## 授業や研究での活用法

- **タンパク質の構造を教える：**1HHOを読み込み、二次構造で色分けしてヘリックスを示します。次に鎖で色分けして、ヘモグロビンに4つのサブユニットがあることを示します。
- **疎水性コア：**Hydrophobicityで色分けして、非極性残基がフォールドの内側に集まる傾向を示します。
- **創薬標的：**SARS-CoV-2メインプロテアーゼの6LU7を読み込み、表面を追加して、阻害剤がどこに結合しうるかを議論します。
- **図の作成：**カートゥーンを背景に重要な残基をいくつかスティックで表示し、スライドやレポート用に高解像度画像をエクスポートします。
- **次のステップ：**[タンパク質分子量計算ツール](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html)で鎖の質量を求めたり、[PDB→PDBQT](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/pdb-to-pdbqt-converter.html)でドッキング用に受容体を準備したりできます。

## ヒントと限界

- 最初に試すのにおすすめのID：1HHO（ヘモグロビン）、1BNA（B型DNA）、6LU7（SARS-CoV-2メインプロテアーゼ）、1GFL（緑色蛍光タンパク質）。
- スタイルを設定した選択範囲はそれぞれ独立した領域になるので、複数の部位を別々の色にできます。元に戻すには、スタイルパネルの**Remove style**または**Clear selection**を使います。
- B-factorによる色分けは、モデル内で原子の位置がどれだけばらつくかを示します。値が高い部分は柔軟なループであることが多いです。
- 以前に保存した構造を開くには、パソコンから.pdbファイルをビューアにドラッグします。

IDでの取得には、ファイルがRCSBから来るのでインターネット接続が必要です。ビューアにはWebGLが必要で、ブラウザが対応していない場合はメッセージが表示されます。配列の帯にはアミノ酸残基だけが表示されるので、リガンド、水、核酸は現れません。PDBエントリーは実験に基づくモデルで、その品質は手法と分解能に依存します。これはエントリーのRCSBページで確認できます。

低分子を3Dで見たい場合は、[分子を3Dで表示する方法](https://www.moldraw.com/docs/analyze/how-to-view-molecules-in-3d/)をご覧ください。

## 質問と回答

### タンパク質を見るのにアカウントは必要ですか？

いいえ。タンパク質ビューアは初期状態でインストールされており、サインインせずに使えます。

### 構造はどこから取得されますか？

PDB IDを入力してGoを押すと、プラグインはRCSB Protein Data Bankからエントリーをダウンロードします。パソコン上のPDBファイルを開くこともできます。

### 活性部位や数個の残基をハイライトするには？

ビューアの下にある配列の帯で残基を選択します。小さなスタイルパネルが開くので、スティック表示に切り替えたり、色を変えたり、表面を追加したりできます。

### どのエクスポート形式がありますか？

Exportメニューには、GLB、PNG、JPG、PDB、SDF、XYZ、X3D、OBJがあります。大きな画像にするにはHi-resにチェックを入れます。

## その他のMolDrawプラグイン

[タンパク質ビューアのドキュメント](https://www.moldraw.com/docs/plugins/protein-viewer-plugin-view-pdb-structures-in-3d/) [ChEMBLの生物活性検索](https://www.moldraw.com/ja/blog/chembl-plugin-bioactivity-lookup.html) [pKaとミクロスピーシーズ](https://www.moldraw.com/ja/blog/pka-plugin-protonation-states-microspecies.html) [対称性と点群](https://www.moldraw.com/ja/blog/symmetry-plugin-point-groups-3d.html) [すべてのプラグイン](https://www.moldraw.com/docs/plugins/moldraw-plugins-overview-and-how-to-install/)

最終更新：2026年10月15日