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title: "オンラインでタンパク質構造を見る：PDB ID、鎖、配列 | MolDrawブログ"
url: https://www.moldraw.com/ja/blog/protein-structure-viewer-guide.html
description: "無料のMolDrawタンパク質ビューアページの実用ガイド：IDやファイルでPDBエントリーを読み込み、鎖ごとにスタイルを設定し、配列から残基をハイライトし、画像や座標をエクスポートします。"
lang: ja
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
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# 無料のMolDrawタンパク質ビューアでタンパク質構造を調べる方法

公開：2026年10月15日 · 著者：Scidart Academy · 読了時間：約5分

![αヘリックスのリボンとβストランドの矢印を持つタンパク質のカートゥーン（PDB ID 1CRN）と、その下にハイライトされた残基を含む配列の帯](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/protein-viewer-guide.webp)

1CRNなどのPDBエントリーを読み込み、その鎖と残基を調べます。

**要点：**[タンパク質ビューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/protein-viewer/)を開き、4文字のPDB IDを入力して**Load PDB ID**を押すか、**Upload PDB file**を押します。**Default Chain Style**を選んでから、**Chains**の一覧で鎖ごとにスタイルを設定します。**Amino Acid Sequence**上をドラッグして右クリックすると、その区間のスタイルを変えたり非表示にしたりできます。表示はPNGやJPGとして、座標はPDB、XYZ、OBJ、X3Dとして保存できます。

## ここでタンパク質ビューアを試す

下のライブビューアは、フル画面のページと同じツールです。開くとクランビン（1CRN）が読み込まれます。

クリックするとこのページでライブビューアを読み込みます。または[タンパク質ビューアをフル画面で開く](https://www.moldraw.com/ja/tools/protein-viewer/)こともできます。PDB IDで読み込むと、RCSB Protein Data Bankから構造を取得します。

## なぜブラウザでタンパク質ビューアを使うのか？

タンパク質の機能は、その3D形状に依存します。PyMOLやChimeraXなどのデスクトッププログラムは強力ですが、インストールしてコマンドを覚える必要があります。ちょっと見る、授業で見せる、簡単な図を作る、といった用途なら、Webページで十分なことがよくあります。

このページは単体のWebツールです。MolDrawにはエディター内で使える[タンパク質ビューアプラグイン](https://www.moldraw.com/ja/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html)もあります。プラグインは図の横に表示され、より多くの配色、分子表面、追加のエクスポート形式を備えています。単体のページはより軽量で、エディターなしで開けます。

## タンパク質構造の基本

**Protein Data Bank（PDB）**は、実験的に決定されたタンパク質、核酸、それらの複合体の構造を集めた公開アーカイブです。ほとんどはX線結晶構造解析、NMR、クライオ電子顕微鏡によるものです。各**エントリー**には、クランビンの1CRNやヒトデオキシヘモグロビンの4HHBのような4文字のIDがあります。

エントリーには原子座標が記載されています。原子は**残基**（アミノ酸）に属し、残基は各**鎖**に沿って番号が付けられています。鎖には文字のID（A、B、Cなど）があります。たとえばヘモグロビンにはα鎖2本とβ鎖2本があります。リガンド、イオン、水は別のヘテロ原子として格納されています。実験で決定できなかった鎖の部分は、モデルからそのまま欠けています。

表示スタイルごとに、答えられる問いが異なります。**カートゥーン**は主鎖をたどってヘリックスやβストランドを示すので、全体のフォールドがわかります。**スティック**は原子間の結合を示し、側鎖や結合部位の接触を見るのに必要です。**球**は空間を埋めてパッキングを示します。**表面**は外形やポケットを示します。このページでは表面は描けませんが、エディター内のプラグインでは描けます。

## 入力とエクスポートの形式

| 読み込み | RCSBからPDB形式でダウンロードするPDB ID、またはパソコン上の.pdbファイル。 |
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| PNGとJPG | 現在の表示の画像。JPGは背景が白になります。 |
| PDB | 読み込んだファイルをそのまま。 |
| XYZ | ヘテロ原子を含むすべての原子の元素と座標。 |
| OBJとX3D | 原子位置の簡単な点ベースのモデル。画面上のカートゥーンやスタイルは再現されません。 |

## 構造を調べる手順

1. ビューアを開きます。最初にクランビン（1CRN）が読み込まれるので、すぐに操作を試せます。
2. **PDB ID**にIDを入力し（例：4HHB）、**Load PDB ID**を押します。ステータス行に見つかった鎖が表示されます。自分のファイルを開くには、**Upload PDB file**を押します。
3. **Default Chain Style**で**Cartoon**、**Stick**、**Sphere**、**Line**のいずれかを選びます。すべての鎖が一度に設定されます。
4. 3Dビュー上でドラッグすると分子が回転し、スクロールすると拡大縮小します。
5. **Chains**では、各鎖の残基数、スタイルメニュー、カラーピッカー、**Hide**ボックスが表示されます。**Focus**を押すと、その鎖がオレンジのスティックでハイライトされます。
6. **Amino Acid Sequence**で、1本の鎖の残基の上をドラッグします。選択範囲を右クリックすると**Selected Segment Style**が開くので、**Style**、**Color**、**Hide segment**を設定して**Apply**を押します。
7. ダウンロードボタンで結果を保存します。**Clear**でビューアを空にします。

## ビューアでできること

- **鎖ごとのスタイル：**各鎖に独自のスタイルと色を設定したり非表示にしたりして、サブユニットのパッキングを確認できます。
- **配列表示：**各鎖の1文字表記で、3Dモデルと連動しています。
- **区間のスタイル：**選択した残基の区間のスタイルや色を変えたり、非表示にしたりできます。適用した区間はそれぞれ独自のスタイルを保つので、複数の部位に印を付けられます。
- **ダウンロード：**PNG、JPG、PDB、XYZ、OBJ、X3D。

## 授業や研究室での活用法

- **四次構造を教える：**4HHBを読み込み、鎖ごとに異なる色を付け、1〜2本の鎖を非表示にして、サブユニットがどう組み合わさっているかを見せます。
- **部位を強調する：**タンパク質はカートゥーンのままにして、結合ループや変異部位を色付きのスティックで表示します。
- **手早く図を作る：**表示を整えて、スライドやレポート用にPNGをダウンロードします。
- **次のステップ：**結合しているリガンドを[PDBからSMILESへ](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/pdb-to-smiles-converter.html)でSMILESにしたり、[タンパク質分子量計算ツール](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html)で鎖の質量を求めたり、[PDB→PDBQT](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/pdb-to-pdbqt-converter.html)で受容体を準備したりできます。

## ヒントと限界

- カートゥーンは鎖の主鎖のトレースだけを描き、リガンド、イオン、水は描きません。それらを見るには、鎖をStick、Sphere、Lineに切り替えてください。
- 大きな構造では、Lineが最も軽いスタイルです。
- 配列はモデル内の残基から作られます。決定されていない残基は表示されず、ヌクレオチドなどビューアが認識できない残基はXと表示されます。
- 選択は1本の鎖の中に限られます。配列の選択にはドラッグと右クリックを使うので、マウスがあると便利です。
- IDでの読み込みにはインターネット接続が必要です。

表面表示、より多くの配色、GLBエクスポートが必要ですか？MolDrawエディターの[タンパク質ビューアプラグイン](https://www.moldraw.com/ja/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html)を使ってください。

## 質問と回答

### このページとMolDrawエディターのProteinプラグインはどう違いますか？

このページは、エディターなしで開ける軽量な単体ビューアです。Proteinプラグインはエディター内で図の横に表示され、より多くの配色、分子表面、GLBやSDFなどの追加のエクスポート形式を備えています。

### 構造はどこから取得されますか？

Load PDB IDを押すと、ページはRCSB Protein Data Bankからエントリーをダウンロードするので、インターネット接続が必要です。Upload PDB fileでは、ページがブラウザ内でファイルを読み込みます。

### リガンドや水分子が見えないのはなぜですか？

カートゥーンは鎖の主鎖のトレースだけを描きます。Chainsの一覧で鎖をStick、Sphere、Lineに設定すると、リガンド、イオン、水が原子として表示されます。

### mmCIFファイルを開けますか？

いいえ。このページはPDB形式のみを読み込みます。ほとんどのエントリーはRCSBから.pdbファイルとしてダウンロードできますが、非常に大きな構造の一部はmmCIFでしか提供されていません。それらはここでは読み込めません。

## その他のMolDrawビューアとガイド

[タンパク質ビューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/protein-viewer/) [タンパク質ビューアプラグイン](https://www.moldraw.com/ja/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html) [NMRビューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/nmr-viewer/) [IRビューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/ir-viewer/) [マススペクトルビューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/mass-spec-viewer/) [UV-Visビューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/uv-vis-viewer/) [ラマンビューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/raman-viewer/) [XPSビューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/xps-viewer/) [サイクリックボルタンメトリービューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/cv-viewer/) [TGA・DSCビューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/tga-dsc-viewer/) [NMRガイド](https://www.moldraw.com/ja/blog/nmr-spectrum-viewer-guide.html) [IRガイド](https://www.moldraw.com/ja/blog/ir-spectrum-viewer-guide.html) [マススペクトルガイド](https://www.moldraw.com/ja/blog/mass-spectrum-viewer-guide.html) [UV-Visガイド](https://www.moldraw.com/ja/blog/uv-vis-spectrum-viewer-guide.html) [ラマンガイド](https://www.moldraw.com/ja/blog/raman-spectrum-viewer-guide.html) [XPSピークフィッティングガイド](https://www.moldraw.com/ja/blog/xps-viewer-peak-fitting-guide.html) [サイクリックボルタンメトリーのガイド](https://www.moldraw.com/ja/blog/cyclic-voltammetry-viewer-guide.html) [TGA・DSCガイド](https://www.moldraw.com/ja/blog/tga-dsc-viewer-guide.html)

最終更新：2026年10月15日