--- title: "無料の化学データベース：PubChem、ChEMBLなど | MolDraw" url: https://www.moldraw.com/ja/blog/free-chemical-databases-guide.html description: "12の無料化学データベース（PubChem、ChEMBL、ChEBI、ZINC、PDB、UniChemなど）を、確認済みの規模、ライセンス、実際のAPIクエリで比較します。" lang: ja publisher: Scidart Academy generated: 2026-10-26 --- ## このページの内容 化学データベースとは？ 無料の化学データベースを比較すると？ PubChemとは？最大の無料化学データベース ChEMBLとは？定番の生物活性データベース ChEBIとは？キュレーションされた低分子の辞書 ZINCとは？バーチャルスクリーニング用の数十億の化合物 RCSB PDBとは？タンパク質とリガンドの3D構造 UniChemとは？データベース間でIDを変換 nmrshiftdb2とは？無料のNMRスペクトルデータベース MassBankとは？実験MS/MSスペクトル COCONUTとは？オープンな天然物データベース SureChEMBLとは？特許から得た化学情報 DrugBankとNIST Chemistry WebBookは？ どの化学データベースを使うべき？ これらのデータベースをMolDrawと一緒に使うには？ 実例：セチリジンの類縁体を比較するには？ 化学データベースを上手に検索するには？ FAQ 出典 # 無料の化学データベース：学生と研究者のための実践ガイド 公開：2026年10月6日 · 著者：[Rafeeque Mavoor](https://www.moldraw.com/ja/pages/authors.html) · カテゴリー：ガイド · データ確認：2026年10月 ![フェノール、カフェイン、ピリジンの化合物レコードにつながった化学データベースと虫眼鏡のイラスト](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/free-chemical-databases-guide.webp) 無料の化学データベースには、構造と識別子を持つ検索可能な化合物レコードが数百万件も収録されています。 **要点：**最も役立つ無料の化学データベースは、**PubChem**（最大の総合化合物データベース）、**ChEMBL**（創薬のためにキュレーションされた生物活性データ）、**ChEBI**（キュレーションされた低分子の辞書）、**ZINC**（バーチャルスクリーニング用の購入可能な数十億の化合物）、**RCSB PDB**（タンパク質–リガンドの3D構造）です。スペクトルには**nmrshiftdb2**（[NMR](https://www.moldraw.com/ja/tools/nmr-viewer/)）、**MassBank**（MS/MS）、**NIST Chemistry WebBook**を、天然物には**COCONUT**を、特許には**SureChEMBL**を使いましょう。**UniChem**はこれらの間で識別子を結びつけます。 化学を学ぶ学生は遅かれ早かれ同じ問題に出会います：手元に分子があり、その物性、生物活性、結晶構造、標準スペクトル、特許が必要になるのです。それぞれの疑問は別々のデータベースにあります。このガイドでは、主要な無料化学データベースがそれぞれ何であり、何に向いていて、どれくらいの規模で、ライセンスで何が許され、どう検索するかを、公開前にテストした実際のURL例とともに解説します。 以下の数値はすべて、公式サイトやAPIで**2026年10月に確認**したものです。データベースの規模はリリースごとに変わるので、定数ではなくスナップショットとして扱ってください。 データの種類別にまとめた無料化学データベース：化合物、生物活性、スクリーニング、天然物、3D構造、スペクトル、特許。UniChemでリンクされています。 ## 化学データベースとは？ **化学データベース**とは、化学構造と、それに関するデータ（名前、識別子、計算物性、実験測定値、生物活性、3D座標、スペクトル、報告された文献）を結びつけた検索可能なコレクションです。最近のデータベースのほとんどは、名前、識別子（CAS番号、InChIKey、[SMILES](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/smiles-to-structure.html)）、または構造の描画で検索でき、多くはプログラムからアクセスするための無料REST APIを提供しています。 重要なのは、**1つのデータベースですべてをまかなえるわけではない**ということです。それぞれ重点が異なります： - **化合物の百科事典**（PubChem、ChEBI）は「この分子は何か？」に答えます。 - **生物活性データベース**（ChEMBL、DrugBank）は「この分子はタンパク質に何をするか？」に答えます。 - **スクリーニングライブラリ**（ZINC）は「どんな類似分子を購入したりドッキングしたりできるか？」に答えます。 - **構造データベース**（RCSB PDB）は「この分子は標的の中でどのように収まっているか？」に答えます。 - **スペクトルデータベース**（nmrshiftdb2、MassBank、NIST WebBook）は「そのスペクトルはどう見えるはずか？」に答えます。 - **専門コレクション**（天然物のCOCONUT、特許のSureChEMBL）は、大規模データベースが取りこぼす分野をカバーします。 ## 無料の化学データベースを比較すると？ | データベース | 重点 | 規模（2026年10月確認） | 適した用途 | API | ライセンス | | --- | --- | --- | --- | --- | --- | | **PubChem** | 一般的な化合物、物質、バイオアッセイ | 約1億2,400万化合物、約3億4,900万物質 | 識別子、物性、幅広い検索 | PUG-REST, PUG-View | 無料。再利用の条件は登録者により異なる | | **ChEMBL** | キュレーションされた生物活性 | 292万化合物、2,450万活性値、18,552標的（ChEMBL 37） | SAR、活性値、創薬標的 | REST（JSON/XML） | CC BY-SA 3.0 | | **ChEBI** | キュレーションされた低分子の辞書＋オントロジー | 201,471エントリー、うち61,961件が完全キュレーション済み（リリース244） | 定義、分類、生物学的役割 | REST（ChEBI 2.0） | CC BY 4.0 | | **ZINC-22** | 購入可能な「受注合成型」化合物 | 約549億（2D）、約59億（3D） | バーチャルスクリーニング、類縁体の購入 | ウェブ（CartBlanche）、一括ダウンロード | 無料で利用可能。許可なく主要部分を再配布することは不可 | | **RCSB PDB** | 3D高分子構造 | 260,724エントリー | タンパク質–リガンド複合体、ドッキングの準備 | Data API, Search API | CC0 1.0 | | **UniChem** | 識別子の相互対応付け | 25のソース | データベース間のID変換 | REST | 無料（EMBL-EBIの規約）。各ソースのライセンスが適用 | | **nmrshiftdb2** | NMRスペクトル＋予測 | 271,817構造、70,030の実測スペクトル | ¹H/¹³C NMRの参照と予測 | ウェブ。新しいRESTインターフェース | オープンコンテンツライセンス | | **MassBank（ヨーロッパ）** | 実験マススペクトル | 139,006レコード | MS/MSの照合、メタボロミクス | REST | レコードごとのクリエイティブ・コモンズ | | **COCONUT 2.0** | 天然物 | 738,829のユニークな分子、71のコレクション | 天然物の探索 | REST（ログインが必要） | CC0（データ） | | **SureChEMBL** | 特許から得た化学情報 | 1億1,660万件の特許文書（2025年5月） | 先行技術調査、特許ランドスケープ | REST | CC BY 4.0 | | **DrugBank** | 医薬品と創薬標的 | 該当なし（未確認） | 承認医薬品の詳細 | 有料API | 学術利用は無料（CC BY-NC 4.0）。商用はライセンスが必要 | | **NIST Chemistry WebBook** | 熱化学、IR、EI-MS | 該当なし（未確認） | IR/MSの参照、物理データ | ウェブのみ | NIST標準参照データ（著作権あり） | ## PubChemとは？最大の無料化学データベース **PubChemは、米国国立生物工学情報センター（NCBI）が運営する世界最大の無料化学データベースです。**1,000以上の提供者からのデータを、リンクされたコレクションに集約しています：Substance（登録者が提出したもの）、Compound（標準化されたユニークな構造）、BioAssay、Protein、Gene、Pathway、Patent。 - **規模：**PubChemのホームページによると、約1億2,400万の化合物と3億4,900万の物質（2026年10月確認）。査読付きの[PubChem 2025年アップデート論文](https://doi.org/10.1093/nar/gkae1059)では、2024年9月時点で1億1,860万化合物と報告されています。 - **用途：**名前、同義語、CAS番号、化学式、計算物性（XLogP、TPSA）、安全性データ、供給業者、文献の検索。 - **利用者：**学生、教員、分析化学者、毒性学者、ケモインフォマティクスの研究者、そして手早く確実な識別子が必要なすべての人。 - **アクセス：**構造描画機能付きのウェブ検索と、無料のPUG-REST API。PubChemはプログラムからの利用者に**1秒あたり5リクエスト未満**に抑えるよう求めています。 - **ライセンス：**無料で利用可能。再利用の権利は各データソースに従うので、データを再配布する前にソースを確認してください。 **平易な言葉でのクエリ：**「アスピリンの化学式、[分子量](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/molecular-weight-calculator.html)、SMILES、InChIKeyを教えて。」 ``` https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/aspirin/property/MolecularFormula,MolecularWeight,SMILES,InChIKey/JSON ``` 実際のレスポンス（抜粋）： ``` {"PropertyTable": {"Properties": [{ "CID": 2244, "MolecularFormula": "C9H8O4", "MolecularWeight": "180.16", "SMILES": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "InChIKey": "BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}]}} ``` **注意：**PubChemはSMILESのプロパティ名を変更しました。旧名の`CanonicalSMILES`を要求しても動作しますが、回答は`ConnectivitySMILES`（立体化学なし）というラベルで返されます。立体化学を含む完全な文字列が必要なら`SMILES`を要求してください。 テスト済みのその他のPubChemクエリ： - InChIKeyからCID：`https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/inchikey/BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N/cids/JSON`は`2244`を返します。 - セチリジンとの2D類似度（90%以上）：`https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsimilarity_2d/cid/2678/cids/JSON?Threshold=90&MaxRecords=10` - SMILESによる部分構造検索：`https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsubstructure/smiles/c1ccc(cc1)C(c1ccc(Cl)cc1)N1CCNCC1/cids/JSON?MaxRecords=10` ## ChEMBLとは？定番の生物活性データベース **ChEMBLは、EMBLの欧州バイオインフォマティクス研究所（EMBL-EBI）が管理する、生物活性を持つドラッグライクな分子の手動キュレーションデータベースです。**中心となるのは、学術論文や登録データセットから抽出されたIC50、Ki、EC50などの測定活性データで、それぞれが化合物、アッセイ、生物学的標的に結びついています。 - **規模（ChEMBL 37、2026年5月）：**ChEMBL APIのステータスエンドポイントによると、2,921,148の異なる化合物、24,527,044の活性値、18,552の標的、101,100の文献。 - **用途：**構造活性相関（SAR）、標的に対する既知の活性化合物の検索、機械学習用の学習データセットの構築、医薬品の承認段階の確認。 - **利用者：**創薬化学者、薬理学者、計算化学者、データサイエンティスト。 - **アクセス：**ウェブインターフェースと無料のREST API（JSONまたはXML）、そして完全なダウンロード（SQLite、PostgreSQL、SDF）。 - **ライセンス：**CC BY-SA 3.0。ChEMBLは、データを再利用する際にChEMBL IDとリリース番号を保持するよう求めています。 **平易な言葉でのクエリ：**「ChEMBLでアスピリンを探して。」 ``` https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule/search.json?q=aspirin ``` 最初のヒットは`CHEMBL25`（ASPIRIN、max phase 4、つまり承認済み）で、SMILESは`CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O`です。 **平易な言葉でのクエリ：**「ヒトヒスタミンH1受容体（CHEMBL231）に対するセチリジン（CHEMBL1000）の活性値として、ChEMBLには何がある？」 ``` https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?molecule_chembl_id=CHEMBL1000&target_chembl_id=CHEMBL231&pchembl_value__isnull=false ``` 実際のレスポンス（返された12レコードのうち2つに抜粋）： ``` {"activities": [ {"standard_type": "Ki", "standard_value": "14.0", "standard_units": "nM", "pchembl_value": "7.85", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}, {"standard_type": "Ki", "standard_value": "5.89", "standard_units": "nM", "pchembl_value": "8.23", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}]} ``` ### PubChemとChEMBLの違いは？ **PubChemは広く、ChEMBLは深い。**PubChemは誰かが登録したあらゆる化学物質を含めようとするので、化合物の同定に最適です。ChEMBLは化合物の数ははるかに少ないものの、生物活性を一貫した形式（標準単位、pChEMBL値、対応付けられた標的）でキュレーションしているので、「どれくらい強く、何に作用するか？」を調べるのに適しています。実際には両方を使います：PubChemで構造と識別子を確認し、ChEMBLで薬理を読み取ります。 ## ChEBIとは？キュレーションされた低分子の辞書 **ChEBI（Chemical Entities of Biological Interest）は、EMBL-EBIが運営する、手動でキュレーションされた低分子の辞書兼オントロジーです。**キュレーション済みのエントリーには、定義、構造、同義語、そして分子が*何であるか*（例：「安息香酸類の一員」）と、どのような*役割*を持つか（例：「非ステロイド性抗炎症薬」）を示すオントロジーのリンクがあります。 - **規模：**201,471エントリー、うち61,961件が完全キュレーション済みの「3つ星」エントリー（リリース244、2026年の*Nucleic Acids Research*論文で報告）。 - **用途：**一貫した命名と分類、メタボロミクスやシステム生物学のデータへのアノテーション、官能基や化合物の分類の授業。 - **アクセス：**ChEBI 2.0（2025年10月公開）には新しいウェブサイトとREST APIがあります。旧SOAPサービスは廃止されました。 - **ライセンス：**CC BY 4.0。 **平易な言葉でのクエリ：**「CHEBI:15365は何？」 ``` https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/compound/CHEBI:15365/ ``` レスポンスは`"name": "acetylsalicylic acid"`、化学式`C9H8O4`、モノアイソトピック質量`180.04226`、そして定義の文章を返します。テキスト検索も使えます：`https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/es_search/?term=aspirin`。 ## ZINCとは？バーチャルスクリーニング用の数十億の化合物 **ZINCは、UCSFのIrwin研究室とShoichet研究室が構築した、バーチャルスクリーニング用に準備された市販（「実在する」）化合物の無料データベースです。**ZINC-22はEnamine、WuXi、Mculeの巨大な受注合成カタログに重点を置き、姉妹データベースのZINC20はより小規模な在庫品カタログを扱います。ZINC15は旧世代で、多くの[チュートリアル](https://www.moldraw.com/learn/)でいまだに言及されています。 - **規模：**2Dで約549億分子、すぐにドッキングできる3D形式で59億分子（CartBlanche22のホームページ、2026年10月確認）。[ZINC-22の論文](https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c01253)では、発表時点で370億の2D分子と報告されており、その成長の速さがわかります。 - **用途：**ドッキングキャンペーン、購入可能な類縁体の検索、電荷と配座を含むドッキング用3Dファイルのダウンロード。 - **利用者：**計算化学者、構造生物学者、大学のスクリーニンググループ。 - **アクセス：**CartBlancheウェブインターフェース（類似性、部分構造、ID検索）、一括ダウンロード、クラウド上のコピー。 - **ライセンス：**「誰でも無料で利用・ダウンロード可能」。書面による許可なく主要部分を再配布することはできません（UCSF ZINCライセンス）。 **平易な言葉でのクエリ：**「セチリジンに似た購入可能な化合物を探して。」SMILES `OC(=O)COCCN1CCN(CC1)C(c1ccccc1)c1ccc(Cl)cc1`を[cartblanche22.docking.org](https://cartblanche22.docking.org/)の類似性検索に貼り付けます。 **正直に言うと：**このガイドの執筆中、ZINCのクエリをスクリプトで安定して実行することはできませんでした。ZINC15/ZINC20のページはCAPTCHAの奥にあり、プログラムから送信したCartBlanche22の検索タスクは空の結果を返しました。ほとんどのユーザーにはウェブインターフェースをおすすめします。 ## RCSB PDBとは？タンパク質とリガンドの3D構造 **Protein Data Bank（PDB）は、実験で決定されたタンパク質、核酸、それらの複合体の3D構造を収める世界で唯一のアーカイブです。RCSB PDBはその米国のデータセンター兼検索ポータルです。**化学者にとっての価値は結合したリガンドにあります：低分子が結合ポケットにどのように収まっているかを正確に見られます。 - **規模：**現在260,724エントリー（RCSB holdings API、2026年10月確認）。 - **用途：**結合様式の研究、ドッキング用の受容体の準備、タンパク質構造の授業、特定のリガンドを含むすべての構造の検索。 - **アクセス：**ウェブ、Data API（`data.rcsb.org`）、Search API（`search.rcsb.org`）。Search APIはテキスト、配列、化学構造の検索に対応しています。 - **ライセンス：**PDBのデータはCC0 1.0（パブリックドメイン）で公開されています。 **平易な言葉でのクエリ：**「アスピリン（コンポーネントID `AIN`）のリガンドレコードを見せて。」 ``` https://data.rcsb.org/rest/v1/core/chemcomp/AIN ``` これは名前`2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID`と化学式`C9 H8 O4`を返します。 **平易な言葉でのクエリ：**「アスピリンを含むPDBエントリーは？」（Search API。ブラウザに貼り付けると、JSONが自動でURLエンコードされます）： ``` https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query?json={"query":{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_nonpolymer_instance_annotation.comp_id","operator":"exact_match","value":"AIN"}},"return_type":"entry"} ``` 実際のレスポンス（抜粋）：`"total_count": 8`で、`1OXR`、`1TGM`、`3GCL`などのエントリーがあります。アスピリンのSMILESで送信した化学構造検索（`service: "chemical"`）でも、最上位の一致として`AIN`が返されました。これらのエントリーはどれも、[MolDrawタンパク質ビューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/protein-viewer/)でPDB IDを指定して読み込むか、rcsb.orgで開けます。 ## UniChemとは？データベース間でIDを変換 **UniChemはEMBL-EBIの識別子相互参照サービスです：構造の識別子を1つ与えると、他のデータベースで対応するIDを返します。**標準InChI/InChIKeyでレコードを結びつけるので、2つのデータベースが同じ構造を持っていれば機能します。 - **規模：**UniChem APIに掲載された25のソース。ChEMBL、PubChem、ChEBI、DrugBank、RCSB PDB、PDBe、SureChEMBL、HMDB、BindingDB、nmrshiftdb2を含みます（2026年10月確認）。 - **用途：**データセットの統合、ChEMBL IDからPDBリガンドコードへの移動、化合物が他のどこに登場するかの確認。 - **アクセス：**ウェブとREST API（`/unichem/api/v1/`）。 - **ライセンス：**EMBL-EBIの利用規約のもとで無料で利用可能。対応付けられた各IDの背後のデータは、そのソースのライセンスに従います。 **平易な言葉でのクエリ：**「アスピリンのInChIKeyは他にどこに登場する？」 ``` curl -X POST https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/v1/compounds \ -H "Content-Type: application/json" \ -d '{"type":"inchikey","compound":"BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}' ``` レスポンスでは、`CHEMBL25`、`CHEBI:15365`、PubChem CID `2244`、DrugBank `DB00945`、PDBリガンド`AIN`、Guide to Pharmacology `4139`などに対応付けられます。 UniChemは、アスピリンのInChIKeyをChEMBL、ChEBI、PubChem、RCSB PDB、DrugBank、Guide to PharmacologyのIDに対応付けます。 ## nmrshiftdb2とは？無料のNMRスペクトルデータベース **nmrshiftdb2は、有機化合物の構造とそのNMRスペクトルを収めたオープンな査読付きウェブデータベースで、¹Hと¹³Cの化学シフト予測機能を備えています。**中心となるのは完全に帰属されたスペクトルで、多くは生データ付きです。 - **規模：**271,817構造、70,030の実測スペクトル、396,583の計算スペクトル（ホームページのカウンター、2026年10月確認）。 - **用途：**帰属の確認、化合物クラスの参照化学シフトの検索、NMR解釈の授業。 - **アクセス：**構造、部分構造、スペクトル、その他の性質によるウェブ検索。サイトは2026年6月に新しいRESTインターフェースを発表しました（未テスト）。 - **ライセンス：**ソフトウェアはオープンソースで、データはオープンコンテンツライセンスで公開されています。 **平易な言葉でのクエリ：**「4-クロロベンズヒドリル基を含む化合物の実測¹³Cスペクトルを探して。」nmrshiftdb2の検索タブでフラグメントを描き、部分構造検索を実行します。検索前に手早く見当をつけたいなら、MolDrawの[構造式からNMR](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/structure-to-nmr.html)ツールが描画からスペクトルを予測します。 ## MassBankとは？実験MS/MSスペクトル **MassBankは、世界中の研究室が提供した低分子の実験マススペクトルのオープンなリポジトリです。**ここでの例ではMassBank Europe（massbank.eu）を使っています。各レコードは1つのスペクトルを記述します：化合物、装置、イオン化法、衝突エネルギー、ピークリストです。 - **規模：**139,006レコード（MassBank APIの件数、2026年10月確認）。 - **用途：**LC-MS/MSやメタボロミクスでの未知物質の同定、フラグメンテーションパターンの比較、質量分析の授業。 - **アクセス：**ウェブ検索（名前、化学式、ピーク）とREST API。 - **ライセンス：**各レコードに独自のクリエイティブ・コモンズライセンスがあります（初期設定はCC BYですが、CC0、CC BY-SA、非営利のものもあります）。再利用前に`license`フィールドを確認してください。 **平易な言葉でのクエリ：**「カフェインのMassBankスペクトルを一覧表示して。」 ``` https://massbank.eu/MassBank-api/records/search?compound_name=caffeine ``` これは134件のレコードのアクセッション番号を返しました。そのうちの1つ`https://massbank.eu/MassBank-api/records/MSBNK-ACES_SU-AS000088`を取得すると、プリカーサーが*m/z* 195.088、主要フラグメントが*m/z* 138.067にある[M+H]⁺のLC-APCI Orbitrap MS2スペクトルが得られ、ライセンスはCC BYです。 ## COCONUTとは？オープンな天然物データベース **COCONUT（COlleCtion of Open NatUral producTs）は、フリードリヒ・シラー大学イエナのSteinbeckグループがキュレーションする、天然物構造の最大のオープンコレクションです。**バージョン2.0では、各分子をその起源生物、文献、立体化学的なバリエーションに結びつけています。 - **規模：**71のコレクションから738,829のユニークな分子、73,137の生物種（COCONUTの統計ページ、2026年10月確認）。[COCONUT 2.0の論文](https://doi.org/10.1093/nar/gkae1063)では、2024年9月のリリース時点で695,133と報告されています。 - **用途：**天然物のデレプリケーション、骨格のアイデア、スクリーニングセットの構築。 - **アクセス：**ウェブ検索（名前、構造、部分構造、類似性）とSDF/SQLの完全ダウンロード。REST APIもありますが、無料アカウントでのログインが必要なため、このガイドでは実行していません。 - **ライセンス：**データはCC0、コードはMIT。 **平易な言葉でのクエリ：**「カフェインに似た天然物を見せて。」カフェインのSMILES `CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C`を[coconut.naturalproducts.net](https://coconut.naturalproducts.net/search)の構造検索に貼り付けます。 ## SureChEMBLとは？特許から得た化学情報 **SureChEMBLはEMBL-EBIの無料の特許化学データベースです：特許文書のテキストと画像をマイニングし、言及されている化学構造を抽出します。**「この構造を含む特許はどれか？」を調べる最も簡単な無料の方法です。 - **規模：**SureChEMBL 2.0（2025年5月）は、5つの特許庁（CNIPA、EPO、JPO、USPTO、WIPO）の約1億1,660万件の特許文書をカバーしています。USPTOだけで約1,990万のユニークな化合物が得られています。 - **用途：**先行技術調査、特許ランドスケープ、学術誌に載る前の化合物シリーズの把握。 - **アクセス：**構造やキーワードによるウェブ検索、REST API、2週間ごとに更新される一括のParquetファイル。 - **ライセンス：**CC BY 4.0。 **平易な言葉でのクエリ：**「cetirizineという名前をSureChEMBLの化合物に変換して。」 ``` https://www.surechembl.org/api/chemical/name/cetirizine ``` 実際のレスポンス（抜粋）：`"chemical_id": "4176"`、`"inchi_key": "ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N"`。その後、ウェブインターフェースでその構造を含む特許を検索できます。 ## DrugBankとNIST Chemistry WebBookは？ **DrugBank**は、承認済みおよび治験中の医薬品、その標的、代謝、相互作用についての詳細な知識ベースです。閲覧は無料ですが、ダウンロードにはアカウントが必要です。学術用データセットは非営利利用向けにCC BY-NC 4.0でライセンスされ、商用利用には有料ライセンスが必要です。「読むのは無料、再利用は無料ではない」と考えましょう。 **NIST Chemistry WebBook**（NIST標準参照データベース69）は、多くの低分子について熱化学データ、気相IRスペクトル、電子イオン化マススペクトルを提供しています。オンライン検索は無料です（例：`https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Name=caffeine&Units=SI`）が、データには著作権があり、大量の再配布にはNISTの許可が必要です。 ## どの化学データベースを使うべき？ | あなたの疑問 | まずはこれ | 次に試す | | --- | --- | --- | | この化合物は何？名前、化学式、CAS、物性 | PubChem | ChEBI | | どれくらい強く、どの標的に作用する？ | ChEMBL | PubChem BioAssay | | どの分類で、生物学的役割は何？ | ChEBI | PubChem | | どんな類似化合物を購入・ドッキングできる？ | ZINC-22 | PubChem（販売業者） | | リガンドはタンパク質にどのように結合する？ | RCSB PDB | ChEMBL（標的データ） | | データベースAのIDがある。データベースBでは何？ | UniChem | PubChemの相互参照 | | その¹H/¹³C NMRはどう見えるはず？ | nmrshiftdb2 | MolDrawのNMR予測 | | 自分のMS/MSスペクトルは既知の化合物と一致する？ | MassBank | NIST WebBook（EI-MS） | | 天然物か？どの生物由来か？ | COCONUT | ChEBI | | この構造は特許に載っている？ | SureChEMBL | PubChem Patent | | 承認医薬品の詳細は？ | DrugBank（閲覧） | ChEMBL | | 熱化学や参照IRは？ | NIST WebBook | PubChem | ## これらのデータベースをMolDrawと一緒に使うには？ ほとんどのデータベースは、名前よりも機械可読な識別子で検索したほうがうまくいきます。MolDrawなら描画から直接そうした識別子が得られます： 1. [MolDrawエディター](https://www.moldraw.com/ja/)で構造を**描きます**（または[名前から構造式へ](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/name-to-structure.html)で名前を貼り付けます）。 2. 上部のオプション行から**Copy SMILES**を使います。コンテキストメニューの*Copy as…*ではInChIやMOL形式も得られます（[MolDrawコースのSMILESの章](https://www.moldraw.com/docs/import-export/how-to-copy-and-paste-smiles-inchi-and-mol/)を参照）。 3. [SMILES→InChIKey変換ツール](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/smiles-to-inchikey-converter.html)で**InChIKeyを作成**します。InChIKeyは、PubChem、ChEMBL、ChEBI、UniChemで共通して使える最も確実な完全一致キーです。 4. **検索**：SMILESをデータベースの構造検索に貼り付けるか、InChIKeyを上記のREST URLのいずれかに入れます。 5. **結果を取り込む**：PubChem CIDは[CID→SMILES変換ツール](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/cid-to-smiles-converter.html)で、InChIKeyは[InChIKey→SMILES](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/inchikey-to-smiles-converter.html)で変換し、MolDrawに貼り付けて編集します。 ワークフロー：MolDrawで描き、SMILESをコピーするかInChIKeyを作成し、データベースを検索して、結果を読みます。 ## 実例：セチリジンの類縁体を比較するには？ 抗ヒスタミン薬**セチリジン**を研究していて、どんな近い類縁体が存在し、それらがどれくらい強力で、新しいものを購入できるかを知りたいとします。以下は3つのデータベースを使うワークフローで、数値はすべて私たちが実行したライブクエリによるものです。 **ステップ1：PubChemで同定する。**MolDrawでセチリジンを描き、SMILESをコピーして検索します： ``` https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/cetirizine/property/MolecularFormula,MolecularWeight,InChIKey,XLogP,TPSA/JSON ``` PubChemはCID 2678、C21H25ClN2O3、MW 388.9、XLogP 1.7、TPSA 53、InChIKey `ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N`を返します。 **ステップ2：PubChemで類縁体を探す。**2D類似性クエリ（しきい値90）は、ヒドロキシジン（CID 3658、セチリジンの親薬物）やレボセチリジン（CID 1549000、その単一エナンチオマー）などの近縁化合物とそれらの塩を返します。クロロベンズヒドリル-ピペラジン骨格で部分構造検索をすると、クロルシクリジン、メクリジン、ブクリジンが加わります。 **ステップ3：ChEMBLで活性を比較する。**InChIKeyをChEMBLで検索します： ``` https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule.json?molecule_structures__standard_inchi_key=ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N ``` これにより`CHEMBL1000`（max phase 4、1995年に初承認）が得られます。その活性レコードには、ヒトH1受容体に対する5.89〜79 nMのKi値（pChEMBL 7.1〜8.2）と、はるかに弱い約30 µMのhERG（KCNH2）IC50（pChEMBL約4.5）が含まれます。約3桁のこの差は、ChEMBLで簡単にできる選択性の比較の好例です。類似性検索`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/similarity/ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N/80.json`では、同じように比較できるレボセチリジンやセチリジンの塩の形が一覧表示されます。 **ステップ4：ZINCで購入可能な類縁体を探す。**SMILESをCartBlanche22の類似性検索に貼り付けると、酸の側鎖やアリール環を変えた受注合成型の化合物が見つかります。気になるヒットがあれば、[リピンスキーの法則計算ツール](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/lipinski-rule-calculator.html)などを使ってMolDrawで物性を確認しましょう。 **解釈のヒント：**異なる論文の活性値は異なるアッセイで測定されています。同じ標的・同じアッセイの種類でpChEMBL値を比較し、単一の測定値は慎重に扱いましょう。 ## 化学データベースを上手に検索するには？ - **完全一致にはInChIKeyを**、類似性検索や部分構造検索にはSMILESを使いましょう。名前はあいまいです（「ビタミンC」、塩、商品名など）。 - **塩と立体異性体に注意しましょう。**セチリジン、セチリジン二塩酸塩、レボセチリジンは、どのデータベースでも別のレコードです。 - **リリースや日付を記録しましょう。**ChEMBLはリリース番号付きで引用し、PubChemを検索した日付を記録しておきます。 - **レート制限を守りましょう。**PubChemは1秒あたり5リクエスト以下を求めています。大きな処理はまとめて行うか、一括ファイルをダウンロードしましょう。 - **再配布の前にライセンスを確認しましょう。**このガイドのデータベースはどれも閲覧は無料ですが、データの再公開は必ずしも自由ではありません。 ### 重要なポイント - **PubChem**は最大の無料化学データベースで、化合物を同定する最初の窓口として最適です。 - **ChEMBL**は最良の無料生物活性データベースで、標的に結びついたキュレーション済みの活性データがあります。 - **ChEBI**は分子を分類し、**UniChem**はデータベース間でIDを変換します。 - **ZINC-22**はバーチャルスクリーニングと類縁体の購入に、**RCSB PDB**は3Dの結合様式に使います。 - **nmrshiftdb2**、**MassBank**、**NIST WebBook**は、NMR、MS/MS、IR/熱化学をカバーします。 - **COCONUT**は天然物を、**SureChEMBL**は特許をカバーします。 - MolDrawで描き、SMILESをコピーし、InChIKeyを生成すれば、これらすべてを検索できます。 ## FAQ ### 最大の無料化学データベースは？ PubChemが最大の無料化学データベースで、約1億2,400万のユニークな化合物と3億4,900万の登録物質を収録しています（2026年10月確認）。ZINC-22にはさらに多くの分子（約549億）が掲載されていますが、そのほとんどは性質が確認された物質ではなく、スクリーニング用の受注合成型の仮想化合物です。 ### PubChemとChEMBLの違いは何ですか？ PubChemは登録されたあらゆる化学物質を網羅しようとする幅広い集約データベースなので、同定や物性の確認に最適です。ChEMBLは規模は小さいものの生物活性について手動でキュレーションされており、標的に結びついた標準化された活性値があるため、構造活性相関や創薬の問題に最適です。 ### ZINCは商用利用も無料ですか？ UCSFのZINCライセンスによれば、ZINCは企業を含めて誰でも無料で利用・ダウンロードできます。制限は再配布で、ZINCチームの書面による許可なしにZINCの主要部分を再配布することはできません。化合物そのものは掲載されている販売業者から購入する必要があります。 ### NMRスペクトルがある無料のデータベースは？ nmrshiftdb2が主要な無料NMRデータベースで、271,817の構造について70,030の実測スペクトルがあり（2026年10月確認）、¹Hと¹³Cの予測機能も備えています。PubChemの化合物ページも他のソースのスペクトルにリンクしており、NIST Chemistry WebBookはNMRではなくIRとマススペクトルを扱っています。 ### マススペクトルがある無料のデータベースは？ MassBankには139,006件の実験マススペクトルのレコードがあり（2026年10月確認）、ほとんどが低分子のMS/MSスペクトルで、レコードごとのクリエイティブ・コモンズライセンスで提供されています。NIST Chemistry WebBookでは、多くの低分子の電子イオン化マススペクトルをオンラインで見られます。 ### 化学データベースを構造で検索できますか？ はい。PubChem、ChEMBL、ChEBI、ZINC、RCSB PDB、nmrshiftdb2、COCONUT、SureChEMBLはいずれも構造検索に対応しており、通常は描画またはSMILESの貼り付けで検索します。MolDrawで分子を描いてSMILESをコピーし、データベースの構造検索に貼り付けるか、APIで完全一致、部分構造、類似性のクエリを使えます。 ### 学生に最適な化学データベースは？ 名前、物性、安全性データにはPubChem、定義や化合物の分類にはChEBI、3D構造にはRCSB PDBから始めましょう。3つとも無料でアカウント不要、わかりやすいウェブインターフェースを備えています。薬理学を学ぶときはChEMBLを、NMRを学ぶときはnmrshiftdb2を加えましょう。 ### 生物活性データベースとは？ 生物活性データベースは、IC50、Ki、EC50などの値として測定された化合物の生物学的標的への作用を、アッセイやタンパク質と結びつけて保存しています。ChEMBLは代表的な無料の生物活性データベースで、PubChem BioAssayには研究室やスクリーニングセンターが登録したスクリーニング結果が収録されています。 ### DrugBankは無料ですか？ DrugBankはオンラインで無料で閲覧でき、学術ユーザーは登録後にCC BY-NC 4.0ライセンスでデータセットをダウンロードできます。商用製品やサービスでの利用を含む商用利用には、DrugBankの有料ライセンスが必要です。 ### PubChem CIDをChEMBL IDに変換するには？ UniChemを使います。化合物のInChIKey（PubChemのすべての化合物ページに表示）を調べ、UniChemのcompounds APIに送ると、対応するChEMBL、ChEBI、DrugBank、PDBなどの識別子が返されます。アスピリンの場合、InChIKey BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-NによりCID 2244がCHEMBL25に対応付けられます。 ## 出典 - PubChem：[pubchem.ncbi.nlm.nih.gov](https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) · [PUG-RESTのドキュメント](https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/pug-rest) · Kim S. *et al.* PubChem 2025 update, *Nucleic Acids Res.* 2025, [doi:10.1093/nar/gkae1059](https://doi.org/10.1093/nar/gkae1059) - ChEMBL：[ebi.ac.uk/chembl](https://www.ebi.ac.uk/chembl/) · [APIのドキュメント](https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/docs) · [ライセンスと概要](https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/about) · [ChEMBL 37リリースの投稿](https://chembl.blogspot.com/2026/05/chembl-37-is-here-bigger-cleaner-and.html) - ChEBI：[ebi.ac.uk/chebi](https://www.ebi.ac.uk/chebi/) · [ChEBI 2.0の公開](https://www.ebi.ac.uk/about/news/updates-from-data-resources/chebi-2-0-launches/) · ChEBI: re-engineered for a sustainable future, *Nucleic Acids Res.* 2026, [academic.oup.com/nar/article/54/D1/D1768/8349173](https://academic.oup.com/nar/article/54/D1/D1768/8349173) - ZINC：[CartBlanche22](https://cartblanche22.docking.org/) · Tingle B. 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Model.* 2023, [doi:10.1021/acs.jcim.2c01253](https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c01253) · [UCSF ZINCライセンス](https://wiki.docking.org/index.php?title=UCSF_ZINC_License) - RCSB PDB：[rcsb.org](https://www.rcsb.org/) · [Data API](https://data.rcsb.org/) · [Search API](https://search.rcsb.org/) · [利用ポリシー](https://www.rcsb.org/pages/usage-policy) - UniChem：[ebi.ac.uk/unichem](https://www.ebi.ac.uk/unichem/) · [APIのドキュメント](https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/docs) - nmrshiftdb2：[nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de](https://nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de/) - MassBank：[massbank.eu](https://massbank.eu/MassBank/) · [MassBank API](https://massbank.eu/MassBank-api/) · [レコード形式とライセンス](https://github.com/MassBank/MassBank-web/blob/main/Documentation/MassBankRecordFormat.md) - COCONUT：[coconut.naturalproducts.net](https://coconut.naturalproducts.net/) · Chandrasekhar V. *et al.* COCONUT 2.0, *Nucleic Acids Res.* 2025, [doi:10.1093/nar/gkae1063](https://doi.org/10.1093/nar/gkae1063) - SureChEMBL：[surechembl.org](https://www.surechembl.org/) · [SureChEMBL 2.0の発表](https://www.ebi.ac.uk/about/news/updates-from-data-resources/surechembl-2-0-is-here/) · [FAQとライセンス](https://chembl.gitbook.io/surechembl/faq) - DrugBank：[go.drugbank.com](https://go.drugbank.com/) · [学術ライセンス](https://www.drugbank.com/academic_research) - NIST Chemistry WebBook：[webbook.nist.gov/chemistry](https://webbook.nist.gov/chemistry/) · [NIST SRDのライセンス](https://www.nist.gov/open/license) ## 関連するMolDrawのツールとガイド [MolDrawエディター](https://www.moldraw.com/ja/) [構造式からSMILESへ](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/structure-to-smiles-converter.html) [SMILESからInChIKeyへ](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/smiles-to-inchikey-converter.html) [InChIKeyからSMILESへ](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/inchikey-to-smiles-converter.html) [CIDからSMILESへ](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/cid-to-smiles-converter.html) [CASからSMILESへ](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/cas-number-to-smiles-converter.html) [名前から構造式へ](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/name-to-structure.html) [構造式からNMRへ](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/structure-to-nmr.html) [マススペクトル予測ツール](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/mass-spectrum-predictor.html) [リピンスキー計算ツール](https://www.moldraw.com/ja/tools/free-chem-tools/lipinski-rule-calculator.html) [タンパク質ビューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/protein-viewer/) [アスピリンの分子ページ](https://www.moldraw.com/ja/blog/molecules/aspirin.html) [無料化学ツールガイド](https://www.moldraw.com/ja/blog/free-chemistry-tools-and-calculators.html) **Rafeeque Mavoor**、MolDrawのプロダクト・開発責任者。数値は2026年10月に公式サイトとライブAPIで確認しました。[編集ガイドライン](https://www.moldraw.com/ja/pages/editorial-guidelines.html)をご覧ください。 最終更新：2026年10月14日 ## 関連ツールとガイド [**NMRスペクトルビューア**1H・13C NMRファイルを開く](https://www.moldraw.com/ja/tools/nmr-viewer/)[**マススペクトルビューア**同位体、付加イオン、脱離](https://www.moldraw.com/ja/tools/mass-spec-viewer/)[**IRスペクトルビューア**ピークと官能基を見つける](https://www.moldraw.com/ja/tools/ir-viewer/)[**分子のページ**構造と物性](https://www.moldraw.com/ja/blog/molecules/)[**すべての化学ツール**変換ツール、計算ツール、ビューア](https://www.moldraw.com/ja/tools/)[**無料の化学ツールと計算ツール**適切なツールをすばやく選ぶ](https://www.moldraw.com/ja/blog/free-chemistry-tools-and-calculators.html)[**MolDrawエディター**ブラウザで構造式を描く](https://www.moldraw.com/ja/)