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title: "Visualizza strutture proteiche PDB in 3D nel browser: il plugin Protein viewer | Blog MolDraw"
url: https://www.moldraw.com/it/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html
description: "Carica qualsiasi voce PDB tramite il suo ID di quattro caratteri, mostrala come cartoon o superficie, assegna stili ai residui dalla sequenza ed esporta immagini. Guida pratica al Protein viewer gratuito di MolDraw."
lang: it
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
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# Visualizzare strutture proteiche dalla PDB in 3D con il Protein viewer di MolDraw

Pubblicato: 15 ott 2026 · Autore: Scidart Academy · Tempo di lettura: ~5 min

![Cartoon di una proteina con un nastro di alfa-elica e una freccia di filamento beta sopra una striscia della sequenza di amminoacidi con un tratto di residui evidenziato](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/protein-viewer-plugin.webp)

Il Protein viewer mostra le strutture PDB come cartoon e ti permette di selezionare residui dalla sequenza.

**Risposta breve:** apri la scheda **Protein** accanto a Structure, scrivi un ID PDB di quattro caratteri come 1HHO e premi **Go**. La struttura si carica come cartoon colorato per catena. Usa **Display** e **Surface** per cambiare la vista, seleziona residui nella striscia della sequenza per assegnare loro uno stile e usa **Export** per salvare un'immagine o un file. Il visualizzatore è attivo per impostazione predefinita e non richiede un account.

## Perché guardare una proteina in 3D?

La funzione di una proteina dipende dalla sua forma. La sequenza di amminoacidi si ripiega in eliche e foglietti, che si impaccano in una struttura tridimensionale con solchi e tasche. Un farmaco a piccola molecola di solito agisce inserendosi in una di queste tasche. Niente di tutto ciò si vede in una sequenza o in un disegno 2D.

La [Protein Data Bank](https://www.rcsb.org/) (PDB) è l'archivio pubblico delle strutture determinate sperimentalmente di proteine, DNA e RNA. Ogni voce ha un ID di quattro caratteri, come 1HHO per l'emoglobina. Il Protein viewer di MolDraw carica queste voci accanto al tuo disegno, così puoi passare da un ligando al suo bersaglio senza aprire un altro programma.

Viste diverse rispondono a domande diverse. Un **cartoon** traccia lo scheletro e mostra la struttura secondaria: eliche come spirali e filamenti β come frecce. I **bastoncini** mostrano i singoli atomi, che servono per catene laterali e contatti di legame. Una **superficie** mostra la forma esterna della molecola, rendendo facili da vedere tasche e solchi.

## Che cosa offre il visualizzatore

![Protein viewer di MolDraw che mostra l'emoglobina PDB 1HHO come catene cartoon verdi e blu, con i controlli Open, ID, Go, Display, Surface ed Export e la striscia della sequenza di amminoacidi sotto](https://www.moldraw.com/docs/img/plugin-proteins-annotated-screenshot.webp)

Emoglobina (PDB 1HHO) come cartoon con ogni catena nel proprio colore. La striscia della sequenza si trova sotto il visualizzatore.

| Caricamento | Scrivi un ID PDB e premi **Go** per scaricarlo da RCSB, premi **Open** per un file PDB locale oppure trascina un file sul visualizzatore. |
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| Visualizzazione | Cartoon, Ribbon, Stick, Ball & stick, Sphere, Line o Cross. Colora per Chain, Amino acid, Shapely, Secondary structure, Hydrophobicity, B-factor o Spectrum, oppure scegli un colore. Imposta l'opacità. |
| Superficie | Mostra o nascondi una superficie, scegli SAS, SES, VDW o MS e impostane l'opacità. |
| Striscia della sequenza | Sequenza a una lettera per ogni catena. Seleziona residui per dare loro uno stile proprio. |
| Esporta | GLB, PNG, JPG, PDB, SDF, XYZ, X3D e OBJ, con un'opzione Hi-res. |

## Come ottenere il Protein viewer

Vuoi dare un'occhiata veloce senza aprire l'editor? Il [visualizzatore autonomo di strutture proteiche assegna stile, colore e visibilità a ogni catena singolarmente](https://www.moldraw.com/it/blog/protein-structure-viewer-guide.html).

Non devi installare nulla. Il Protein viewer è attivo per impostazione predefinita e funziona senza account. Se lo hai disattivato in precedenza:

1. Apri l'[editor MolDraw](https://www.moldraw.com/it/).
2. Fai clic su **Settings** (l'ingranaggio), poi su **Plugins**.
3. Fai clic su **Install** accanto a Proteins. La scheda **Protein** compare accanto a Structure.

## Come caricare una proteina e assegnarle uno stile

1. Fai clic sulla scheda **Protein**. Per prima si carica una piccola struttura di esempio, la crambina (1CRN).
2. Scrivi un ID PDB nella casella **ID**, per esempio `1HHO`, e premi **Go** o Invio.
3. Apri **Display**. Mantieni Cartoon e scegli **Secondary structure** per colorare eliche e filamenti in modo diverso, oppure scegli **Chain** per distinguere le subunità.
4. Apri **Surface**, premi **Show** e abbassa l'opacità in modo che il cartoon resti visibile sotto.
5. Nella striscia della sequenza, fai clic su un residuo, trascina su un intervallo o usa Ctrl/Cmd+clic per aggiungere o togliere un residuo. Nel pannello di stile che si apre, imposta **Style** su Stick e scegli un colore.
6. Apri **Export**, spunta **Hi-res** se ti serve un'immagine grande e scegli PNG.

## Come usarlo a lezione e nella ricerca

- **Insegnare la struttura delle proteine:** carica 1HHO, colora per struttura secondaria e indica le eliche. Poi colora per catena per mostrare che l'emoglobina ha quattro subunità.
- **Nucleo idrofobico:** colora per Hydrophobicity per mostrare come i residui apolari tendano a stare all'interno del ripiegamento.
- **Bersagli dei farmaci:** carica 6LU7, la proteasi principale di SARS-CoV-2, aggiungi una superficie e discuti dove potrebbe legarsi un inibitore.
- **Figure:** mostra alcuni residui chiave come bastoncini su uno sfondo cartoon ed esporta un'immagine ad alta risoluzione per una slide o una relazione.
- **Passi successivi:** calcola la massa di una catena con il [calcolatore del peso molecolare delle proteine](https://www.moldraw.com/it/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html), oppure prepara un recettore per il docking con [da PDB a PDBQT](https://www.moldraw.com/it/tools/free-chem-tools/pdb-to-pdbqt-converter.html).

## Consigli e limiti

- Buoni ID per iniziare: 1HHO (emoglobina), 1BNA (B-DNA), 6LU7 (proteasi principale di SARS-CoV-2) e 1GFL (proteina fluorescente verde).
- Ogni selezione a cui assegni uno stile diventa una regione a sé, così puoi colorare diversi siti in modo diverso. Usa **Remove style** o **Clear selection** nel pannello di stile per annullare.
- La colorazione per B-factor mostra quanto variano le posizioni degli atomi nel modello. Valori alti indicano spesso anse flessibili.
- Per aprire una struttura salvata in precedenza, trascina il file .pdb dal tuo computer sul visualizzatore.

Il recupero per ID richiede una connessione a internet, perché il file proviene da RCSB. Il visualizzatore richiede WebGL e mostra un messaggio se il browser non lo supporta. La striscia della sequenza elenca solo i residui amminoacidici, quindi ligandi, acqua e acidi nucleici non vi compaiono. Una voce PDB è un modello sperimentale e la sua qualità dipende da metodo e risoluzione, che puoi verificare nella pagina RCSB della voce.

Vuoi invece vedere una piccola molecola in 3D? Leggi [come visualizzare le molecole in 3D](https://www.moldraw.com/docs/analyze/how-to-view-molecules-in-3d/).

## Domande e risposte

### Serve un account per visualizzare le proteine?

No. Il Protein viewer è installato per impostazione predefinita e funziona senza accedere.

### Da dove provengono le strutture?

Quando scrivi un ID PDB e premi Go, il plugin scarica la voce dalla RCSB Protein Data Bank. Puoi anche aprire un file PDB dal tuo computer.

### Come evidenzio un sito attivo o alcuni residui?

Seleziona i residui nella striscia della sequenza sotto il visualizzatore. Si apre un piccolo pannello di stile in cui puoi passarli a bastoncini, cambiarne il colore o aggiungere una superficie.

### Quali formati di esportazione sono disponibili?

Il menu Export offre GLB, PNG, JPG, PDB, SDF, XYZ, X3D e OBJ. Spunta Hi-res per un'immagine più grande.

## Altri plugin di MolDraw

[Documentazione del Protein viewer](https://www.moldraw.com/docs/plugins/protein-viewer-plugin-view-pdb-structures-in-3d/) [Ricerca della bioattività in ChEMBL](https://www.moldraw.com/it/blog/chembl-plugin-bioactivity-lookup.html) [pKa e microspecie](https://www.moldraw.com/it/blog/pka-plugin-protonation-states-microspecies.html) [Simmetria e gruppi puntuali](https://www.moldraw.com/it/blog/symmetry-plugin-point-groups-3d.html) [Tutti i plugin](https://www.moldraw.com/docs/plugins/moldraw-plugins-overview-and-how-to-install/)

Ultimo aggiornamento: 15 ottobre 2026