---
title: "Urutan Peptida dan DNA ke Struktur: SMILES, Rumus, dan Massa | Blog MolDraw"
url: https://www.moldraw.com/id/blog/peptide-dna-sequence-to-structure-guide.html
description: "Bagaimana ikatan peptida dan tulang punggung fosfodiester DNA dan RNA mengubah urutan menjadi struktur, dengan contoh perhitungan rumus, massa eksak, pI, kadar GC, dan Tm, plus alat gratis."
lang: id
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
---
# Dari Urutan ke Struktur: SMILES, Rumus, dan Massa Peptida dan DNA, dengan Alat Gratis

Diterbitkan: 19 Okt 2026 · Penulis: Scidart Academy · Waktu baca: ~8 menit

![Struktur kerangka tetrapeptida Tyr-Gly-Gly-Phe dengan ikatan peptida dan rumus molekulnya](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/peptide-dna-sequence-to-structure-guide.webp)

Tyr-Gly-Gly-Phe, empat residu pertama enkefalin, dibangun dari urutannya.

**Jawaban singkat:** Struktur peptida adalah asam-asam aminonya yang disambung ikatan peptida, ditulis dari ujung N ke ujung C. Struktur DNA atau RNA adalah nukleotida-nukleotidanya yang disambung ikatan fosfodiester 3′-5′, ditulis 5′ ke 3′. Tempelkan urutan ke alat [urutan peptida dan DNA ke struktur](https://www.moldraw.com/id/tools/free-chem-tools/peptide-dna-sequence-to-structure.html) untuk mendapatkan SMILES isomerik lengkap, gambar, rumus, dan massanya. GGG adalah C6H11N3O4 (189,0750 Da), dan 5′-ATGC-3′ adalah C39H50N15O22P3 (1173,82 g/mol).

## Istilah kunci, masing-masing satu baris

| Ikatan peptida | Ikatan amida C(=O)–NH antara karbon karboksil satu asam amino dan nitrogen amino asam amino berikutnya. |
| --- | --- |
| Residu | Asam amino di dalam rantai: asam amino bebas dikurangi satu H2O. |
| Ujung N, ujung C | Ujung amino bebas dan ujung karboksil bebas. Urutan ditulis dari N ke C. |
| Nukleotida | Basa pada karbon 1′ suatu gula, dengan fosfat. DNA memakai 2-deoksiribosa, RNA memakai ribosa. |
| Ikatan fosfodiester | Ikatan O–P–O dari oksigen-3′ satu gula ke oksigen-5′ gula berikutnya. |
| Massa monoisotopik | Massa yang memakai isotop paling melimpah dari setiap unsur. Cocok dengan puncak pertama pada MS resolusi tinggi. |
| Massa rata-rata | Massa yang memakai kelimpahan isotop alami. Gunakan untuk penimbangan dan molaritas. |

## Dari urutan peptida ke struktur

Setiap ikatan peptida melepas satu air. Jadi rumus peptida linear adalah jumlah rumus residunya ditambah satu H2O untuk kedua ujung bebasnya.

**Contoh hitungan, GGG:** glisin adalah C2H5NO2. Tiga glisin memberi C6H15N3O6. Dua ikatan peptida menghilangkan 2 H2O. Hasil: **C6H11N3O4**, 189,0750 Da monoisotopik.

Urutan itu penting. Asp-Phe (DF) memiliki NH2 bebas pada asam aspartat, sedangkan Phe-Asp (FD) memilikinya pada fenilalanina. Keduanya molekul berbeda dengan rumus yang sama.

Setiap karbon alfa adalah L. Menurut aturan CIP, itu berarti S untuk semua residu standar kecuali sisteina, yang R karena belerang berprioritas lebih tinggi daripada gugus karboksil. Glisin tidak memiliki pusat stereo. Isoleusina (2S,3S) dan treonina (2S,3R).

Gugus ujung mengubah rumus:

- **Asetil ujung N:** + C2H2O, +42,0106 Da.
- **Amida ujung C:** −OH menjadi −NH2, −0,9840 Da.
- **Siklik kepala-ke-ekor:** satu ikatan peptida tambahan, −H2O, −18,0106 Da.
- **Ikatan disulfida:** −2 H per ikatan S–S, −2,0157 Da.

## pI, muatan, dan koefisien ekstingsi

Muatan bersih peptida adalah jumlah dari semua gugus terionkan. Gugus basa menambah +1 / (1 + 10pH − pKa). Gugus asam menambah −1 / (1 + 10pKa − pH). **Titik isoelektrik (pI)** adalah pH saat muatan bersih nol.

Alat ini memakai set pKa EMBOSS: ujung N 8,6, ujung C 3,6, Asp 3,9, Glu 4,1, His 6,5, Cys 8,5, Tyr 10,1, Lys 10,8, Arg 12,5. Untuk GGG, satu-satunya gugus adalah kedua ujungnya, jadi pI = (3,6 + 8,6) / 2 = 6,10.

Koefisien ekstingsi molar pada 280 nm berasal dari Trp, Tyr, dan sistina: ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(sistina) M−1 cm−1 (Pace dkk., 1995). Peptida tanpa Trp, Tyr, atau Cys tidak menyerap pada 280 nm.

## Dari urutan DNA atau RNA ke struktur

Setiap nukleotida memiliki basa pada karbon 1′ gula: adenina dan guanina melalui N9, sitosina, timina, dan urasil melalui N1. Semua gula adalah β-D. Fosfat menyambungkan oksigen-3′ satu nukleotida ke oksigen-5′ nukleotida berikutnya, sehingga setiap untai memiliki ujung 5′ dan ujung 3′.

**Contoh hitungan, 5′-ATGC-3′:** keempat deoksinukleosida adalah dA C10H13N5O3, dT C10H14N2O5, dG C10H13N5O4, dan dC C9H13N3O4, bersama-sama C39H53N15O16. Setiap dari 3 ikatan fosfodiester menambah H3PO4 dan menghilangkan 2 H2O, bersihnya PO2 dikurangi satu H. Hasil: **C39H50N15O22P3**, 1173,82 g/mol. Fosfat-5′ menambah HPO3 (+79,9663 Da).

RNA memiliki 2′-OH pada setiap ribosa, satu oksigen lebih banyak per nukleotida, dan U sebagai pengganti T.

- **Kadar GC:** (G + C) / N × 100 %.
- **Komplemen:** A berpasangan dengan T (U pada RNA), G dengan C, dibaca 3′ ke 5′.
- **Komplemen balik:** komplemen yang ditulis 5′ ke 3′.
- **Tm, aturan Wallace (di bawah 14 nt):** 2 × (A + T) + 4 × (G + C) °C.
- **Tm, rumus GC dasar (14 nt atau lebih):** 64,9 + 41 × (G + C − 16,4) / N °C.

## Cara menggunakan alat urutan ke struktur MolDraw

1. Buka halaman [urutan peptida dan DNA ke struktur](https://www.moldraw.com/id/tools/free-chem-tools/peptide-dna-sequence-to-structure.html) dan pilih **Peptida** atau **DNA atau RNA**.
2. Ketik atau tempel urutannya. Spasi, angka, tanda hubung, dan baris header FASTA diabaikan. **Format masukan** mendeteksi kode satu atau tiga huruf dengan sendirinya.
3. Untuk peptida, centang **Asetil ujung N (Ac-)**, **Amida ujung C (-NH₂)**, **Siklik kepala-ke-ekor**, atau **Ikatan disulfida (Cys 1–2, 3–4…)** sesuai kebutuhan. Untuk DNA atau RNA, centang **5′-phosphate** jika ujung 5′ terfosforilasi.
4. Tekan **Bangun struktur**. Hasil diperbarui saat Anda mengetik.
5. Gunakan **Salin SMILES**, **Unduh MOL**, **Unduh SDF**, atau **Buka di editor MolDraw**. Hingga 30 residu atau nukleotida akan digambar. Urutan yang lebih panjang, hingga 2000, tetap memberi rumus, massa, dan SMILES.

## Contoh soal

### Contoh 1: angiotensin II untuk spektrometri massa

DRVYIHPF memberi C50H71N13O12. Massa monoisotopik 1045,5345 Da, [M+H]+ 1046,5418, [M+2H]2+ 523,7745. pI 7,54, muatan +0,22 pada pH 7. Satu Tyr memberi ε280 = 1490 M−1 cm−1.

### Contoh 2: oksitosin dengan disulfida dan amida

Ketik CYIQNPCLG dan centang **Amida ujung C** dan **Ikatan disulfida**. Cys1 dan Cys6 tersambung, menutup cincin beranggota 20. Hasil: C43H66N12O12S2, 1007,19 g/mol, monoisotopik 1006,4365 Da.

### Contoh 3: primer sekuensing M13 forward

5′-GTAAAACGACGGCCAGT-3′ memiliki 17 nt dengan 9 G atau C, jadi GC = 52,9 %. Dengan 14 nt atau lebih, rumus GC dasar berlaku: Tm = 64,9 + 41 × (9 − 16,4) / 17 = **47,1 °C**. Komplemen baliknya adalah 5′-ACTGGCCGTCGTTTTAC-3′.

### Contoh 4: situs EcoRI

5′-GAATTC-3′ adalah komplemen balik dirinya sendiri, seperti umumnya situs restriksi. GC = 33,3 %, Tm Wallace = 2 × 4 + 4 × 2 = 16 °C. Sebagai untai tunggal dengan ujung bebas, rumusnya C59H75N22O34P5, 1791,22 g/mol.

## Tabel ringkasan

| GGG | C6H11N3O4, 189,0750 Da, pI 6,10 |
| --- | --- |
| Asp-Phe (DF) | C13H16N2O5, 280,1059 Da, pI 3,75 |
| Angiotensin II | C50H71N13O12, 1045,5345 Da, pI 7,54 |
| Oksitosin | C43H66N12O12S2, 1007,19 g/mol |
| DNA ATGC | C39H50N15O22P3, 1173,82 g/mol, GC 50 %, Tm 12 °C |
| Primer forward M13 | 17 nt, GC 52,9 %, Tm 47,1 °C |

## Kesalahan umum

- **Menulis peptida dari ujung yang salah.** YGGFL adalah Leu-enkefalin. LFGGY adalah peptida yang berbeda.
- **Menambahkan satu air per residu.** Rantai linear hanya mendapat satu H2O secara total, bukan satu per residu. Peptida siklik tidak mendapat sama sekali.
- **Memakai massa rata-rata untuk puncak MS.** Puncak resolusi tinggi cocok dengan massa monoisotopik.
- **Lupa disulfida.** Setiap ikatan S–S bernilai −2,016 Da.
- **Mencampuradukkan T dan U.** T untuk DNA, U untuk RNA.
- **Memesan primer sebagai komplemen biasa.** Oligo disintesis dari 5′ ke 3′, jadi biasanya Anda memerlukan komplemen baliknya.
- **Memakai aturan Wallace untuk primer panjang.** Aturan ini menaksir Tm terlalu tinggi di atas sekitar 14 nt.

## Tanya jawab

### Bagaimana cara mengubah urutan peptida menjadi struktur kimia?

Sambungkan asam-asam amino dengan ikatan peptida dari ujung N ke ujung C, dengan melepas satu air per ikatan. Alat MolDraw melakukannya untuk Anda: ketik DRVYIHPF atau Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe dan alat mengembalikan SMILES isomerik, gambar, rumus, dan massanya.

### Apa rumus molekul dan massa GGG?

Triglisin (GGG) adalah C6H11N3O4. Massa monoisotopiknya 189,0750 Da dan massa molar rata-ratanya 189,17 g/mol.

### Berapa massa eksak angiotensin II?

Angiotensin II, DRVYIHPF, adalah C50H71N13O12. Massa monoisotopiknya 1045,5345 Da, ion [M+H]+ berada pada m/z 1046,5418, dan massa rata-ratanya 1046,18 g/mol.

### Mengapa urutan DNA ditulis dari 5' ke 3'?

Setiap nukleotida tersambung dari oksigen-3' suatu gula ke sisi karbon-5' gula berikutnya melalui fosfat. Karena itu untai memiliki ujung 5' dan ujung 3', dan menurut konvensi ditulis mulai dari ujung 5'.

### Bagaimana menghitung Tm suatu primer?

Untuk kurang dari 14 nukleotida gunakan aturan Wallace, Tm = 2(A+T) + 4(G+C) dalam °C. Untuk 14 atau lebih gunakan Tm = 64,9 + 41(G+C − 16,4)/N. Primer M13 forward GTAAAACGACGGCCAGT (17 nt, 9 G atau C) memberi 47,1 °C.

### Apa itu komplemen balik urutan DNA?

Tukar setiap basa dengan pasangannya (A dengan T, G dengan C) lalu balik urutannya sehingga hasilnya terbaca 5' ke 3'. Komplemen balik 5'-ATGC-3' adalah 5'-GCAT-3'. GAATTC, situs EcoRI, adalah komplemen balik dirinya sendiri.

### Nilai pKa mana yang dipakai untuk pI peptida?

Set EMBOSS: ujung N 8,6, ujung C 3,6, Asp 3,9, Glu 4,1, His 6,5, Cys 8,5, Tyr 10,1, Lys 10,8, dan Arg 12,5. Set pKa lain memberi nilai pI yang berbeda beberapa persepuluh satuan.

### Apakah ikatan disulfida mengubah massa peptida?

Ya. Setiap ikatan S–S menghilangkan dua atom hidrogen, sehingga massa monoisotopik turun 2,0157 Da. Oksitosin dengan satu disulfida dan amida ujung C adalah C43H66N12O12S2, 1007,19 g/mol.

## Alat terkait

[Sekuens peptida dan DNA ke struktur](https://www.moldraw.com/id/tools/free-chem-tools/peptide-dna-sequence-to-structure.html) [Pencarian kemiripan molekul dan substruktur](https://www.moldraw.com/id/tools/free-chem-tools/molecular-similarity-substructure-search.html) [Kalkulator berat molekul protein](https://www.moldraw.com/id/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html) [Kalkulator massa eksak](https://www.moldraw.com/id/tools/free-chem-tools/exact-mass-calculator.html) [Konverter SMILES ke SDF](https://www.moldraw.com/id/tools/free-chem-tools/smiles-to-sdf-converter.html) [Kalkulator hukum Beer–Lambert](https://www.moldraw.com/id/tools/free-chem-tools/beer-lambert-law-calculator.html) [Penampil protein](https://www.moldraw.com/id/tools/protein-viewer/)

## Panduan terkait

[Panduan kemiripan Tanimoto dan SMARTS](https://www.moldraw.com/id/blog/tanimoto-similarity-substructure-search-guide.html) [Panduan penampil struktur protein](https://www.moldraw.com/id/blog/protein-structure-viewer-guide.html) [Plugin penampil protein](https://www.moldraw.com/id/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html) [Panduan penampil spektrum massa](https://www.moldraw.com/id/blog/mass-spectrum-viewer-guide.html) [Plugin pKa dan mikrospesies](https://www.moldraw.com/id/blog/pka-plugin-protonation-states-microspecies.html) [Semua alat kimia gratis MolDraw](https://www.moldraw.com/id/blog/moldraw-all-free-chemistry-tools-guide.html)

Terakhir diperbarui: 19 Oktober 2026